Вторым направлением при переходе к третьему этапу было начало внедрения принципа субординации, согласного с идеей развития и всеобщей связи явлений природы. Здесь также имелось два различных решения.
А. Разработка принципа субординации на идеалистической основе как принципа развития духа (но не природы) И. Кантом, Ф. В. Шеллингом и особенно Г. Гегелем. Гегель выдвинул триадное деление, что соответствовало общему духу его философской системы, которая делилась на логику, философию природы и философию духа, причём вторая подразделялась далее на механизм — механика, астрономия, химизм — физика, химия, организм — биология. При всей искусственности эта система отразила, хотя и в извращённом виде, идею развития природы от низших её ступеней до высших, вплоть до порождения ею мыслящего духа.
Б. Развитие принципа субординации и подход к теоретическому синтезу знаний на материалистической основе. Это имело место в России. Для осуществления синтеза наук в середине 19 в. необходимо было устранить навязанный позитивистами разрыв между философией и естественными науками (так шёл А. И. Герцен) и ликвидировать разрыв между естественными и гуманитарными науками (Н. Г. Чернышевский). Для Герцена историзм в понимании природы органически сочетался с историзмом во взглядах на развитие познания природы, что давало глубокую методологическую основу для осуществления синтеза Н. То же и у Чернышевского, который, как до него В. Г. Белинский, критиковал ограниченность контовских воззрений.
В конце 19 в. в разработке немарксистских систем классификации Н. резко выявилась идеалистическая линия, связанная с начавшимся кризисом естествознания. В основе классификации Н. сохраняется, как правило, общий принцип координации. Во Франции совершается эволюция от Конта к махистским (см. Махизм ) схемам А. Пуанкаре , Э. Гобло, А. Навиля и др. В Германии эклектические принципы классификации выдвигали Е. Дюринг , В. Вундт и др., в Чехии — Т. Г. Масарик . Разработка классификации Н. велась и с позиций неокантианства , исходившего из разрыва между науками о природе (явления которой считались закономерными) и об обществе — истории (события которой представлялись хаосом случайностей). Г. Коген . отчасти Э. Кассирер и П. Наторп видели задачу в том, чтобы внести единство в многообразие при помощи математически сконструированных понятий. Соответственно этому математика превращалась в главную науку. Махисты и энергетисты строили классификацию Н. на отрицании специфики общественных явлений, считая их лишь усложнёнными биопсихическими (Р. Авенариус , Э. Мах ) или энергетическими биофизическими (В. Оствальд ) явлениями. Формальный подход к классификации Н. нашёл отражение в выдвижении какой-либо одной стороны общей связи наук (соответственно явлений мира) и принятии её заглавную, определяющую. Таково географическое направление, принимающее за главную пространственную связь вещей и явлений (Е. Чижов, И. Мечников, Л. Берг — в России, А. Гетнер, Ф. Ратцель — в Германии).
В России распространились классификации Н., основанные на координации принципов координации (М. М. Троицкий, Н. Я. Грот и др.). Во Франции и Швейцарии классификация Н. отражена в работах Э. Мейерсона и Ж. Пиаже , который пытается развить эпистемологию генетическую в противовес обычной, статической точке зрения на человеческие знания. В результате он приходит к циклической схеме, учитывающей переход от объекта к субъекту и обратно.
В связи с распространением неопозитивизма классификация Н. разрабатывается на логико-позитивистской основе (П. Оппенгейм — Германия, Ф. Франк — Австрия, Г. Бергман — США, А. Дж. Айер — Великобритания). Холисты (Я. Х. Смэтс , А. Мейер-Абих) пытались поставить в центр классификации Н. жизнь, духовное, формальную и релятивистскую схему классификации Н. выдвинул швейцарский спиритуалист А. Реймон.
После 2-й мировой войны 1939—45 в странах Запада значительно возросло влияние не только неотомизма на Н., в том числе на классификацию Н., но и объективного идеализма (например, Н. Гартман ). Папа Пий XII писал о трёх орудиях истины (наука, философия, откровение); высшим является третье, к которому должны приспособляться первые два. Этих же позиций придерживаются неотомисты (например, Э. Жильсон и его ученик М. де Вульф, который строит 3-этажную пирамиду: частные науки — внизу, общие, или философия, — в середине, теология — вверху).
Особое место занимают логические и математико-логические исследования в области структуры научного знания (например, Л. Берталанфи ), тесно примыкающие к проблеме классификации Н.
Марксистская классификация наук. В трудах основоположников марксизма нашёл своё полное отражение третий этап истории классификации Н. В вопросе о классификации наук К. Маркс и Ф. Энгельс, опираясь на созданный ими диалектико-материалистический метод, преодолели ограниченности каждой из предшествующих двух крайних концепций классификации Н. (идеализм у Гегеля, метафизичность у Сен-Симона) и критически переработали то ценное, что в них содержалось. В результате были выработаны новые принципы, органично сочетавшие два основных момента: объективный подход и принцип субординации (или принцип развития). Открытием основных законов материалистической диалектики был заложен фундамент общего теоретического синтеза Н., который охватил прежде всего три главные области знания — о природе, обществе и мышлении. Этот синтез предполагал решение двух проблем, касающихся соотношения философии и естествознания и естественных и общественных наук. Т. о. определялось и место технических наук в общей системе знаний, поскольку они являются связующим звеном между естественными и общественными Н., находясь на стыке между ними. Единым, общим для всех областей природы понятием «форма движения» Энгельс охватил различные виды энергии, действующие в неживой природе, и жизнь (биологическую форму движения). Отсюда следовало, что науки располагаются естественным образом в единый ряд: механика... физика... химия... биология. Энгельс показал, что последовательность форм движения отвечает последовательным ступеням как развития самой природы в целом, так и истории Н. Совпадение исторического и логического в познании природы и применительно к развитию самой природы вело к решению методологических проблем классификации Н. и периодизации истории Н. Дальнейшее развитие классификации Н. Энгельсом состояло в учёте материальных носителей (субстратов) различных форм движения. Тем самым классификация Н. приходила в контакт с учением о строении материи (с атомизмом ). Определяя носителей отдельных форм движения, он получил, казалось, полное совпадение между рядом усложняющихся форм движения материи и общим рядом их носителей, образующихся один из другого при делении исходных масс. Однако гипотетическое допущение «эфирных частиц» в качестве предположительных носителей световых и электрических явлений нарушало стройность всей системы, поскольку предполагалось, что эти частицы, будучи физическими, должны возникать при делении атомов на более мелкие части. Тем самым оказывалось, что только молекулярная физика предшествует химии в общем ряду Н., а физика «эфира» следует за химией. В 20 в. это подтвердилось благодаря возникновению субатомной (ядерной и квантовой) физики. Осложнение в выработанную классификацию Н. вносило признание раздвоенности линии развития природы прежде всего на неживую и живую.
Разработанные В. И. Лениным принципы марксистской диалектической логики имели прямое отношение к задаче классификации Н. Важное значение имеют ленинские указания о необходимости соблюдать единство исторического и логического, учитывать раздвоение единого на противоречивые части, переходы и связи явлений, взаимодействие теории и практики. В первые годы Советской власти получили распространение классификации Н., авторы которых ещё придерживались в той или иной мере принципов обычных формальных классификаций. Исключением являлись работы К. А. Тимирязева, в которых классификация Н. базировалась на историко-эволюционистской основе и приближалась к марксистской. Лишь в 1925 благодаря публикации «Диалектики природы» Ф. Энгельса стала известна его классификация Н. Однако первые попытки опереться на идеи Маркса, Энгельса и Ленина в области классификации Н. кончались часто неудачно, так как авторы фактически становились на позиции механицизма . С позиций, близких к гегельянству, дал классификацию наук В. Рожицын. Решению проблемы классификации Н. в целом способствовало исследование места отдельных Н. в общей системе Н. и определение их предмета (например, исследование Н. Н. Семенова о границах между физикой и химией с точки зрения определения этих Н. Энгельсом). О. Ю. Шмидт в своей классификации Н. пытался применить ленинское положение о движении познания от живого созерцания к абстрактному мышлению и от него к практике. Шмидт особо рассмотрел стыковую область между естествознанием и техникой, показав, что грань между ними стирается. Общие идеи марксистской классификации Н. были изложены Б. Бархашем и С. Турецким. В ряде случаев проводился догматический подход к классификации Н. Энгельса, делались попытки удержать её схему без учёта совершившихся в науке изменений. В др. работах подчёркивалась необходимость изменения конкретной схемы Энгельса, особенно в части, касающейся субатомной физики, при сохранении и развитии разработанных Энгельсом общих диалектико-материалистических принципов. Некоторые авторы (С. Г. Струмилин и др.) разрабатывали идею циклической классификации Н. Большую работу по библиотечно-библиографической классификации с обоснованием её на принципах марксистской классификации Н. провели Е. И. Мамурин, З. Н. Амбарцумян, О. П. Тесленко и др.