Управление территориями, входившими в Санкт-Петербургскую губернию, принципиально отличалось от воеводской системы: деятельность должностных лиц здесь определялась не распоряжениями и наказами Разрядного приказа, исполнение которых было трудно контролировать, а именными указами Петра I и распоряжениями А. Д. Меншикова, обладавшего самыми широкими полномочиями.

Одной из основных задач губернских властей всех уровней было участие в «Балтийском корабельном строении». В конечном счете это привело к приписке ряда районов к Олонецкой верфи, деятельность которой была подчинена интересам военно-морского ведомства. В распоряжение Адмиралтейства передавались Олонец, Каргополь, Белоозеро, Устюжна. Местные коменданты уступали свое место адмиралтейским комиссарам. Таким образом, эти территории составили особый Адмиралтейский округ.

Основная задача комиссаров в округе заключалась в организации сбора налогов и обеспечении кораблестроения «работными людьми». Несмотря на то, что на приписные города распространялась компетенция военно-морского ведомства, губернская канцелярия не устранялась полностью от управления ими. Авторитет и положение А. Д. Меншикова позволяли ему преодолевать ведомственные и территориальные границы. Губернские администраторы вместе с комиссарами участвовали в расследованиях уголовных дел, судопроизводстве, сборе податей, мобилизации «работных людей». Все это создавало определенную двойственность в ведомственной принадлежности приписных городов и уездов.

Параллельно с Адмиралтейским округом в крае существовало и другое чрезвычайное административное образование — Олонецкий горный округ. Власть в нем с начала XVIII в. осуществлялась канцелярией Олонецких Петровских заводов, находившейся в слободе Петровского завода. Канцелярия ведала вопросами заводского производства, осуществляла контроль за сбором податей, распоряжалась высылкой приписных крестьян на заводские работы, творила суд и расправу над мастеровыми и населением приписанных к заводам погостов и волостей. В соответствии с сенатским указом от 6 июня 1712 г. олонецкие железоделательные заводы со всеми мастеровыми и ремесленными людьми поступали в ведение Адмиралтейства, которое с помощью высылаемых на места комиссаров обязывалось осуществлять контроль за проведением сборов и ходом «корабельного строения». В документе также говорилось о передаче доходов, причитающихся с Олонецкого уезда, начиная с 1713 г., от губернской администрации в распоряжение военно-морского ведомства.

В сентябре 1713 г. Олонецким комендантом и руководителем производства на горных заводах был поставлен В. И. Геннин. Его отчеты Адмиралтейству содержат разнообразные сведения о деятельности администрации приписных городов, а также о территориальных изменениях, происходивших в пределах округа. В. И. Геннин предоставлял информацию о производстве и отправке корабельных орудий, заготовке смолы, подвозе железа, корабельного леса, изготовлении оснастки, литье ядер. Контроль за проведением данных мероприятий вменялся в обязанность адмиралтейским комиссарам и комендантам, которые, кроме того, должны были заниматься поставками необходимого оборудования и комплектованием заводского персонала.

В распоряжении коменданта и канцелярии Олонецких Петровских заводов имелся батальон солдат, расквартированный в Петрозаводской слободе. Формально батальон предназначался для защиты заводов от шведов, но поскольку театр военных действий все более отдалялся от расположения заводов, то значительная часть солдат работала на Петровском заводе, а остальные выполняли полицейские функции и несли караульную службу. Солдат направляли и в приписные селения для взимания налогов и высылки крестьян на заводские работы.

Посадское население также было подчинено Олонецкому коменданту и выполняло заводские повинности. Однако имущие слои получали льготы, предоставляемые правительством купечеству. В начале 1720-х гг. богатые жители Олонца избрали городовой магистрат, состоявший из бургомистра и ратманов и ведавший сбором налогов и судом над горожанами.

С окончанием Северной войны Олонецкие Петровские заводы утратили свое стратегическое значение и пришли в упадок. В 1727 г. из ведения Адмиралтейства они отошли к Бергколлегии, а Олонецкий уезд вошел в состав Новгородской губернии. В Олонце была восстановлена воеводская канцелярия, и власть воеводы распространилась на большую часть уезда. В подчинении канцелярии остался один Кончезерский завод и приписные погосты и волости с населением около 26 тыс. душ обоего пола.

Инструкция от 12 сентября 1728 г. по сути зафиксировала и закрепила уездное деление, а также соединила управление и суд, которые в губернии возглавляли губернаторы, а в провинциях и уездах — воеводы. Губернаторы и воеводы управляли через соответствующие канцелярии, в которых было восстановлено старинное деление на столы — повытья. Воеводы сменялись сначала через два, потом через пять лет. В то же время инструкция 1728 г. привнесла в местное управление и новые черты. В частности, непосредственное сношение уездов с верховной властью, и без того уже ставшее крайне затруднительным с начала XVIII в., отныне совсем запрещалось.

Анализ делопроизводства Олонецкой воеводской канцелярии показывает, что она ведала, во-первых, судопроизводством по уголовным делам и занималась решением имущественных споров. Во-вторых, воевода утверждал «мирских» должностных лиц, избранных крестьянами. Наконец, воеводская канцелярия контролировала составление налоговых документов (ревизских сказок) и исполнение натуральных повинностей (включая рекрутскую). Канцелярия не располагала никакими промежуточными органами власти и имела дело непосредственно с крестьянскими «мирами».

Довольно специфичная система управления сохранялась в этот период на небольшой по размеру, но чрезвычайно важной в административном, стратегическом и экономическом отношении территории Поморья. Здесь выдающуюся роль играл Соловецкий монастырь. Одной из возложенных на него управленческих функций была организация таможенного дела. Как видно из доношения архимандрита Соловецкого монастыря в Правительствующий Сенат, датированного 1728 г., Соловецкий монастырь имел право взимать торговые пошлины «в поморских вотчинах в Сумской, да в Кемской, и в иных монастырских Соловецких волостях с приезжих всяких торговых людей».

Кроме того, монастырь располагал полномочиями, которые сближали его с воеводской канцелярией. Прежде всего это утверждение «мирских» должностных лиц, контроль за набором рекрутов, поставка служителей к соляным сборам. С другой стороны, обители вменялась в обязанность организация обороны Поморья. Так, по данным «тетрати записной выдачи солдатам муницыи и ружья Сумского острога и Кемского городка», Соловецкий монастырь закупил для находящихся в Поморье воинских подразделений 33 фузеи, 10 бердышей, 64 шпаги, 63 портупеи, 13 «немецких» кафтанов и 62 кафтана сермяжных. Также монастырь поставлял продовольствие на Воицкий рудник, осуществлял ремонт Кемского городка и Сумского острога.

Началом новых административных преобразований Карелия обязана усилиям новгородского губернатора Я. Е. Сиверса, назначенного на этот пост в 1764 г. Новгородская губерния составляла в то время одну из самых значительных и обширных областей империи. В ее состав входил и весь Олонецкий край с двумя городами — Олонцом и Каргополем. Вскоре после назначения Я. Е. Сиверс отправился в путь для обследования вверенной ему губернии и разработки мер, призванных улучшить деятельность местной администрации.

Находясь в Олонце, губернатор обнаружил многочисленные непорядки в деятельности «тамошней канцелярии и магистрата». Особо он отметил «чрезвычайно высокую доимку» (недоимку), вынудившую его «отрешить присутствующих», т. е. сменить всех чиновников, занимающих ответственные посты. Однако одними кадровыми перестановками губернатор ограничиваться не собирался. Из-за обширности территории, на которой единственным значительным административным центром остается Олонец, по мнению Я. Е. Сиверса, и в дальнейшем мало надежды «как ко взысканию той великой доимки, так и к заведению общего порядка и тишины». «Сколь тягостен, — писал он, — с одной стороны, нещастному обывателю платеж государственных податей, столко им и несносно быть должно такое отдаление от присудственного места, не имея при себе никого, кто бы об общем порядке попечение имел».