В целом движение раскола по всему Северу в большой степени подогревалось самодержавной, закрепостительной внутренней политикой царизма. Старообрядцы относились непримиримо не только к «никонианам», но и к изменениям в общественном строе. Деспотичный диктат государства мало совмещался со сложившимся устройством северного крестьянского мира как сообщества хозяев, чьим идеалом являлось стремление решать сложные вопросы не силой, а соглашениями.

С окончанием шведской интервенции Карелия продолжала играть определенную роль во внешней политике России и Швеции. В 1620-е-1640-е гг. в русско-шведских отношениях доминировали мирные дипломатические связи, а не военно-политическое соперничество. В целом шведские правящие круги удовлетворились стратегическими приобретениями на востоке, Россия же не имела достаточных сил для возвращения балтийского побережья. Неизбежно возникавшие споры (о порядке взаимной торговли, о беглецах из шведских владений в Россию) решались за столом переговоров. Русские послы выезжали в Стокгольм, а Швеция посылала своих представителей в Москву.

Главной нерешенной внешнеполитической проблемой для России оставалась Речь Посполитая. Ее король Сигизмунд III Ваза (1587-1632 гг.) предъявлял претензии на русский престол. Он же как сын шведского короля Юхана III претендовал и на трон Шведского королевства. Противодействие Польше сближало интересы правящих домов России и Швеции. В европейской Тридцатилетней войне 1618-1648 гг. Речь Посполитая участвовала на стороне Габсбургского (католического) союза, а Швеция и северогерманские княжества составляли антигабсбургскую протестантскую коалицию. Россия поддерживала Швецию посредством скрытого субсидирования шведской экономики, поставляя ей стратегические товары: селитру, смолу, пеньку и хлеб. Хлеб продавался в Швецию по заниженным ценам. Так продолжалось до русско-польской Смоленской войны 1632-1634 гг., в результате которой русским не удалось отвоевать Смоленск, но польский король отказался от претензий на русский престол.

Очередное перемирие с Речью Посполитой, а также временная победа Габсбургского союза и гибель в 1632 г. в бою шведского короля Густава II Адольфа заставили Россию перейти от политики скрытой поддержки Швеции к строгому нейтралитету. В частности, с 1634 г. Россия перестала поставлять Швеции дешевый хлеб, так нужный ей в войне, и все просьбы Стокгольма о возобновлении поставок остались без ответа. На фоне охлаждения русско-шведских отношений обострились проблемы, накопившиеся с 1617 г. Главная из них — массовое переселение в Россию жителей бывших русских уездов, перешедших под власть Швеции.

Бывший Корельский уезд стал наместничеством шведской короны во главе со штатгалтером. В 1629 г. его объединили с Ижорской землей и Ливонией в одно генерал-губернаторство. В руках генерал-губернатора сосредоточилась административно-судебная и военная власть. Стокгольм относился к новой восточной приграничной земле, как к оккупированной территории. Местные жители не получили даже тех незначительных политических прав представительства в риксдаге (парламенте) Швеции, которыми пользовались шведы соседнего Выборгского лена и Финляндии. Власти с подозрением, а зачастую и враждебно воспринимали карельское население. Карелам запрещалась служба в шведской армии.

При шведской власти в Кексгольмском лене произошли коренные демографические, этнические и социальные сдвиги. Крепостная система Финляндии распространилась на шведскую часть Карелии. Почти все земли были розданы в ленные владения — поместья, а черносошные крестьяне превратились в крепостных у помещиков из шведов и немцев. Основная феодальная рента стала взиматься натурой и с помощью барщины (отработок на помещика), что значительно тормозило развитие товарно-денежных отношений. Кроме того, жители платили государству значительный рекрутский налог. Практиковались и единовременные денежные сборы по разным поводам. Зачастую сбор налогов Стокгольм передавал на откуп помещикам, сразу получая от них нужное количество денег в казну и не обращал внимания на злоупотребления своих откупщиков.

Такая регулярная система фиска напоминала худшие времена опричнины и смуты в России. К тому же за 1620-е—1640-е гг. величина податей многократно увеличилась, разоряя жителей. Так, в одной из жалоб они писали, что «десять податных крестьян вместе раньше платили меньше, чем теперь... требуют с одного бедного крестьянина» (1634 г.). В конце XVII в. положение с податями в Кексгольмском лене не улучшилось: «Им от свейских людей чинятся великие поборы и разоренье и емлют с них они, свеяне, великие поборы по три рубля з дыму [семьи] на год».

В Карелии местная торговля развивалась с помощью скупщиков продукции крестьянских промыслов. Такая традиция существовала и в Кексгольмском лене. Но в 1633 г. шведы решили создать тут новые города Сортавалу и Салми на месте центров старинных Сердобольского и Соломенского погостов и принялись заселять их крупными сельскими купцами и ростовщиками. По шведским средневековым законам торговым предпринимательством разрешалось заниматься лишь в городах; в фискальных целях Стокгольм стремился установить надежный контроль над торговыми операциями. Многочисленные местные торговцы воспротивились. Тогда власти развернули решительную борьбу с сельской торговлей, что подрывало систему промыслов и вело к еще большему обнищанию. Часть купцов удалось переселить в города. В руках новых очень немногих мещан-купцов сосредоточились основные скупочные и торговые операции в лене. Только крестьянского сукна и полотна они вывозили по несколько тысяч локтей в год.

Третьим источником постоянного раздражения населения выступала политика Швеции в области религии и национального самосознания. Коренные православные жители лена подчинялись в духовных делах новгородскому митрополиту. Теперь они столкнулись с усиленным насаждением Стокгольмом лютеранского вероисповедания. «Чистое евангельское учение», по мысли властей, более способствовало политическому приобщению жителей к королевству, «откалывая» их от православной России. Православным же священникам предписывалось проводить богослужения только на финском языке. В основном на финском языке в Кексгольме печаталась и религиозная лютеранская литература, навязываемая приходам. Но православное население воспринимало все это как насилие над своими религиозными и национальными чувствами и не желало переходить в протестантизм. Поэтому даже в конце XVII в. один из наиболее энергичных лютеранских епископов Ю. Гецелиус-Младший признавал, что в деле насаждения лютеранства «результат наших больших усилий и расходов был почти ничтожным».

Наиболее ощутимо сопротивление жителей-карелов проявилось в их бегстве в Россию. Еще на Столбовских переговорах русские настаивали на включении в текст договора условия Выборгского соглашения 1609 г. о свободном уходе в Россию всех желающих переселиться туда жителей, но шведы заблокировали это предложение. Москва, ставшая на путь налаживания мирных связей со Швецией, не могла открыто принимать переселенцев. С 1620-х гг. даже действовала грозная инструкция новгородским властям, которая гласила: перешедших в Россию новых шведских подданных, чье местопребывание стало известно шведам, следует направлять на границу и передавать их, после телесного наказания, шведской стороне. Остальных же обнаруженных воеводой беглецов предписывалось увозить тайно («не шумно») в глубь страны, не объявляя о них шведам. Но выдача Швеции даже заведомо известных перебежчиков ставилась в зависимость от обмена на «русских воров», бежавших в королевство.

Выговор за несоблюдение секретности при укрывании беглецов-карелов получил от царя Кольский воевода в 1628 г. Тогда карелы из Кестеньги и Топозера Кольского уезда приютили у себя сбежавших из Швеции соплеменников, а воевода распорядился переправить их в Кереть. Неудовольствие царя вызвало не само участие воеводы в судьбах беженцев, а содержание их так близко от границы. Москва принимала и более суровые решения. Так, отмена поста воеводы Заонежских погостов в 1630 г. произошла после жалобы новгородских властей царю о препятствовании оштинского начальника работе по розыску перебежчиков.