Не претерпела сколько-нибудь значительных изменений политическая система. Ведущей политической силой оставалась партия. Партийная организация республики быстро восстановила и увеличила свои ряды. Уже к 1949 г. число первичных партийных организаций в Карелии возросло по сравнению с довоенным 1940 г. в 1,5 раза. В конце 1950 г. в республике работало 1500 первичных парторганизаций и кандидатских групп, в которых состояло на учете 17,2 тыс. коммунистов. Возобновился регулярный созыв партийных собраний и активов, пленумов партийных комитетов, однако в жизни партии по-прежнему процветали формализм, подмена государственных и хозяйственных органов. Практически отсутствовал принцип выборности, и подавляющее большинство партийных работников было кооптировано в руководящие органы.
С окончанием войны началась перестройка государственного аппарата: изменились структура, полномочия, формы и методы деятельности государственных органов в центре и на местах, были упразднены чрезвычайные и другие органы власти, вызванные потребностями военного времени. Несколько ослабла жесткая централизация управления, восстанавливались нарушавшиеся в годы войны принципы выборности в органы власти на местах.
В феврале 1946 г. состоялись первые послевоенные выборы в Верховный Совет СССР, в феврале 1947 г. — выборы в Верховные Советы республик, а в декабре 1947 г. — в местные Советы депутатов трудящихся. В 24 районных, 12 городских, 3 районных Совета г. Петрозаводска, 245 сельских и 17 поселковых Советов республики было избрано 4050 депутатов, из них члены и кандидаты в члены партии составляли 45,7%. Состоявшаяся в апреле 1947 г. первая сессия избрала Президиум Верховного Совета и образовала правительство республики. Председателем Президиума Верховного Совета КФССР был вновь избран О. В. Куусинен (в этой должности — до 1957 г.), председателем Совета Министров назначен П. С. Прокконен (а после окончания Высшей партийной школы при ЦК ВКП(б), с 1950 по 1956 гг., — вновь председатель Совета Министров республики, в 1956-1979 гг. — председатель Президиума Верховного Совета КАССР).
Советы сосредоточили внимание на восстановлении и дальнейшем развитии экономики и культуры республики, решении социальных вопросов. Однако вскоре верх вновь стали брать испытанные в чрезвычайных условиях методы партийного диктата, прямой подмены парторганами Советов и их исполкомов. Партийные организации определяли повестку дня и сроки проведения сессий Советов, выдвигали кандидатов в депутаты, осуществляли подбор и расстановку советских кадров. Депутаты слабо привлекались к подготовке сессий, все больше превращающихся в расширенные ведомственные совещания. Обсуждение проблем на сессиях носило формальный характер, а критические замечания депутатов игнорировались.
Беспрерывно шел процесс создания и упразднения новых ведомств, росла численность управленческого аппарата. В 1946 г. была разработана новая система номенклатурных должностей, которая формировалась с учетом таких критериев, как партийность, национальность, социальное происхождение, образовательный уровень. Одним из важнейших качеств работника считалось беспрекословное исполнение директив, исходящих свыше.
В начале 1948 г. в номенклатуру ЦК КП(б) республики входило 1335 должностей в госаппарате и общественных организациях, а в номенклатуру горкомов и райкомов партии — 7150 должностей, из них карелы, финны и вепсы занимали соответственно 25 и 30% должностей. В национальных районах республики карелы, финны и вепсы составляли 68% среди руководящих работников.
По-прежнему велика была роль органов внутренних дел и госбезопасности. В их компетенцию официально входило не только обеспечение государственной безопасности, охрана общественного порядка и социалистической собственности, но и управление автомобильным транспортом, шоссейными и грунтовыми дорогами, лагерями ГУЛАГа, руководство переселенческим делом, органами ЗАГСа и архивами и т. д.
Были предприняты попытки оживить деятельность общественных организаций. 23-24 октября 1948 г. в Петрозаводске состоялась первая межсоюзная конференция профсоюзов Карелии, на которой присутствовало 110 делегатов, представлявших 113 тыс. членов профсоюзов республики (80% рабочих и служащих). Конференция избрала республиканский совет профсоюзов и его председателя Н. И. Бесперстова.
Комсомольская организация республики выросла за послевоенную пятилетку втрое и насчитывала в 1951 г. около 30 тыс. человек. На предприятиях, в строительстве, на транспорте были созданы комсомольско-молодежные бригады, стремившиеся к достижению высоких показателей в работе. Регулярно проводились республиканские слеты пионеров. Первый такой слет прошел в г. Петрозаводске 19-20 августа 1945 г.
Государственную церковную политику послевоенных лет при всей ее непоследовательности можно охарактеризовать как политику религиозного возрождения в СССР. Постановлением СНК СССР 22 августа 1945 г. патриархии, епархиальным управлениям и приходским общинам предоставлялось право юридического лица: они могли открывать финансовые счета, заключать сделки, покупать строения, создавать предприятия.
В июле 1945 г. было зарегистрировано православное религиозное объединение Екатерининской церкви в г. Петрозаводске. В 1946 г. прошли регистрацию еще две православные общины — Успенской церкви в г. Олонце и Никольской церкви в г. Сортавале. В 1947 г. открылись церкви в пос. Соломенное, в с. Великая Губа Заонежского района и с. Паданы Сегозерского района. К 1950 г. в республике насчитывалось 9 церквей, 15 служителей культа. Начавшееся в годы войны улучшение отношений между церковью и государством нашло свое продолжение в роспуске в 1947 г. Союза воинствующих безбожников, существовавшего в Карелии с 1925 г. Функции антирелигиозной пропаганды перешли к Всесоюзному обществу по распространению политических и научных знаний. Оживление религиозной жизни в республике было связано также с притоком значительного числа переселенцев из других регионов страны. В республике сложились 3 обособившиеся группы лютеран (в г. Петрозаводске и п. Чална Пряжинского района), которые позднее, в 60-е годы, объединились. Заметно увеличилось количество крещений детей и отпеваний умерших, престольные праздники отмечались массовым посещением церквей.
Однако наряду с послаблениями в церковной политике сохранялось недоверие к служителям церкви, стремление ограничить их влияние на население. В 1946 г. закрываются 3 церкви и 2 часовни. Из 29 ходатайств об открытии церквей, поступивших в местные органы власти с января 1947 по сентябрь 1949 г., было удовлетворено лишь 3. Отклонены ходатайства верующих об открытии церквей в г. Беломорске, несмотря на более чем 500 подписей, Пудоже — 119 подписей, селах Пряже, Нюхче и др.
С 1948 г. власти вновь стали запрещать молебствия на полях, крестные ходы из села в село. В 1953 г. митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий, исполнявший обязанности епархиального архиерея Олонецкой епархии, обратился к патриарху Московскому и всея Руси Алексию с жалобой на местные власти Карелии, которые категорически, под страхом лишения регистрации, запрещали служителям религиозного культа выезжать по просьбе верующих для исполнения обрядов в те районы, где не было действующих храмов.
Спустя два-три года после окончания войны четко обозначился рост критических настроений людей, связанный с откладыванием решения социальных проблем, ухудшением ситуации на потребительском рынке. Все чаще на партийных, колхозных собраниях, лекциях поднимались острые вопросы: «Будут ли голосовать репатриированные граждане?», «Почему наше правительство оказывает помощь другим странам, не обеспечив запаса внутри страны?», «Что рентабельнее для нашего государства, колхозы или совхозы?», «Почему в одном и том же районе существуют разные нормы питания для рабочих?», «Почему не дают молока всем рабочим совхоза, а только администрации?» и др.
Растущее недовольство отражало назревшую в обществе необходимость решения ряда острых проблем, однако вместо принятия соответствующих конкретных решений правящий режим решил вновь начать кампанию против «врагов» народа. Кроме политических причин возобновления репрессий существовали и экономические причины. Значительную часть рабочей силы, причем весьма дешевой, составляли заключенные. Хотя в мае 1947 г. Совет Министров СССР по ходатайству правительства Карелии освободил 3788 спецпоселенцев (раскулаченных) и, таким образом, категория «бывших кулаков» на территории республики перестала существовать, будучи уравнена в правах с остальными гражданами, тем не менее в Карелии на спецпоселении оставались «власовцы», «немцы» и некоторые другие категории спецпоселенцев. В первые послевоенные годы применялся в республике и труд военнопленных. Силами заключенных и спецпоселенцев МВД только за два года послевоенной пятилетки из общего объема капитальных работ, предусмотренных пятилетним планом, было выполнено 40% работ.