Административная комиссия президиума губисполкома, 17-19 августа обстоятельно обсудив варианты территориального устройства различных частей губернии, предложила включить в состав коммуны оставшиеся за ее пределами все волости Повенецкого и Петрозаводского уездов, а также западную часть Пудожского уезда, а остальные районы губернии присоединить к соседним Архангельской, Вологодской и Петроградской губерниям. Губисполком поддержал это предложение, дополнительно высказавшись за передачу коммуне почти всей оставшейся части Олонецкой губернии — Лодейнопольского уезда и большей части Пудожского и Вытегорского уездов. Однако если для Повенецкого и Пудожского уездов такое решение имело достаточные основания (из-за бездорожья они были отрезаны от территорий соседних губерний и не смогли бы развиваться вне Карелии), то в отношении Лодейнопольского, тяготевшего в своем развитии к Петроградской губернии, и Вытегорского, издавна связанного с Вологодчиной, являлось, скорее всего, недостаточно обоснованным.
30 августа межведомственная комиссия при Наркомате внутренних дел РСФСР при участии представителей Наркомата земледелия, Главлескома и Олонецкого губисполкома рассмотрела проекты административного устройства оставшейся части Олонецкой губернии. Комиссия не согласилась с мнением Олонецкого губисполкома об упразднении губернии и присоединении всех ее уездов к КТК. 10 сентября 1920 г. сложившаяся ситуация рассматривалась на заседании Совнаркома, а 11 сентября ВЦИК и СНК РСФСР приняли совместное постановление, подписанное В. И. Лениным и М. И. Калининым. В нем указывалось на необходимость сохранить губернию и общие для нее и коммуны органы управления экономикой — совнархоз, земельный и продовольственный отделы.
Несмотря на то, что границы КТК были как будто бы определены и упорядочены основополагающие нормы существования ее автономии, Карельский ревком осенью 1920 г. испытывал многочисленные затруднения, вызванные неразграниченностью сфер влияния в хозяйственных и организационных вопросах между вновь создававшимися органами Карельской коммуны и действовавшими структурами Олонецкой губернии. До сентября 1922 г., то есть до упразднения Олонецкой губернии, Петрозаводск оставался административным центром обоих образований. Ряд хозяйственных учреждений находился в двойном подчинении, не говоря о том, что прежние кадры доминировали в аппарате ревкома. Еще в конце августа 1920 г. в соответствии с постановлением Карревкома и Олонецкого губисполкома об управлении территорией КТК в состав объединенного президиума губисполкома и ревкома вошли П. Ф. Анохин, В. Т. Гурьев, Э. А. Гюллинг, О. К. Кантер, В. М. Куджиев. Председателем президиума был избран П. Ф. Анохин.
Постановлением Оргбюро ЦК РКП(б) в сентябре 1920 г. был образован объединенный Карело-Олонецкий комитет РКП(б) на правах губкома партии. В сентябре 1921 г. объединенный Карело-Олонецкий комитет партии разделился на два временных комитета: Карельский областной и Олонецкий губернский.
Размещение в Петрозаводске органов управления как коммуны, так и губернии вызывало трения между ними, которые оказывали заметное влияние на ход событий в Карелии, поскольку два однородных, равных по статуту органа преследовали разные задачи. Работники аппарата управления в Петрозаводске делились на две группы, получившие условное название «русских» и «карелов». Но и «карелы» не были едины в вопросах национальной политики. Они, в свою очередь, делились на «русских карелов» и «финнов». К началу 1921 г. оформились две противостоящие друг другу группировки — сторонников Гюллинга и сторонников Куджиева (так называемая «русско-карельская оппозиция»).
Процесс становления карельской автономии характеризовался разными подходами к целям ее создания и перспективам развития. Куджиев соглашался с внешнеполитической целесообразностью и экономической возможностью существования КТК как административно-территориального образования. Однако он и его сторонники, в отличие от поддержавших Гюллинга, рассматривали созданную КТК как временное образование. Гюллинг положительно оценивал создание Карельской Трудовой Коммуны, имея в виду решение национального вопроса с точки зрения как внутриполитических, так и внешнеполитических задач. Исходя из перспектив строительства КТК, намеченных им в докладе Всекарельскому съезду представителей трудящихся карелов, коммуна призвана была осуществить «социальное освобождение трудящихся масс Карелии», претворить в жизнь «право самоопределения карельского народа, в противовес завоевательным стремлениям финнов стать охраной западной границы РСФСР», способствовать подъему «экономического благосостояния Карелии», ее хозяйственной жизни и производительных сил и, наконец, содействовать революционной пропаганде в Финляндии и Скандинавии: «Трудовой народ Карелии, образуя трудовую коммуну, должен бросить клич в соседние страны Запада: Финляндию, Швецию и Норвегию о присоединении и их трудового народа к нашим стремлениям освободиться от ига капиталистов».
Осенью 1920 г. ситуация в Карелии во многом зависела от исхода длившихся уже около полугода мирных переговоров между Советской Россией и Финляндией. В ходе переговоров в Тарту финская делегация поначалу предлагала провести границу между двумя государствами по линии Ладога — Свирь — Онежское озеро — Белое море, а также предоставить карельскому населению возможность определить свою судьбу путем референдума. Советская сторона настаивала на границе, существовавшей в 1914 г. накануне Первой мировой войны. Что же касается неоднократно поднимавшегося финляндской делегацией вопроса о праве жителей Восточной Карелии на самоопределение, то советские участники переговоров заявляли, что такое право населению этой территории уже предоставлено фактом образования Карельской Трудовой Коммуны, и отказались внести пункт о самоопределении в мирный договор, считая это внутренним делом России. Вокруг карельского вопроса, ставшего козырной картой в игре и Финляндии, и карельских сепаратистов, сложилась напряженная обстановка. ВЦИК стремился выбить у них из рук этот козырь и в то же время не обострять чрезмерно отношения с Финляндией в преддверии подписания мирного договора. Финны вскоре удовлетворились минимальной программой, согласно которой Восточная Карелия оставалась автономной территорией в составе России, но население Поросозера и Ребол должно было получить возможность решить вопрос о присоединении к Финляндии путем народного голосования. Однако советская сторона с этим не согласилась и готова была отказаться от Печенги (Петсамо) на Мурманском побережье в обмен на Поросозеро и Реболы, а также пойти на некоторые другие варианты территориальных уступок. Финляндский президент К. М. Столберг, во многом определявший позицию финской делегации на переговорах, счел возможным вернуть России Ребольскую и Поросозерскую волости, получив взамен выход к Ледовитому океану в районе Печенги. Переговоры в Тарту были доведены до конца именно с учетом этой программы, и Финляндия отказалась от каких бы то ни было территориальных притязаний на Восточную Карелию.
14 октября 1920 г. РСФСР и Финляндская республика заключили Тартуский мирный договор, который, помимо прочего, определял новую границу между соседними государствами. В достигнутом соглашении говорилось, что карельскому населению Архангельской и Олонецкой губерний были предоставлены: право образования автономной во внутренних делах области, входящей в состав Российского государства; дела, касающиеся этой области, подлежат решению органа народного представительства, который будет избран местным населением, карельский язык признается языком административного законодательства и народного просвещения. Соглашением предусматривалось право Восточной Карелии устраивать свою экономическую жизнь в соответствии с местными потребностями; вводилась милиционная система для нужд местной обороны.
При подписании мирного договора в протокол были включены заявления советской делегации о беженцах, о Ребольской и Поросозерской волостях и др. О беженцах было сказано, в частности, что бежавшим с родины карелам из Олонецкой и Архангельской губерний даруется полная политическая амнистия и предоставляется право возвратиться на родину. В заявлении относительно Ребольской и Поросозерской волостей говорилось, что «если на финляндской стороне у границ этой области не будут сосредоточиваться войска и если этот район не будет находиться под угрозой военной опасности, Россия не будет содержать в пределах этих волостей в течение следующих двух лет войск или иных вооруженных отрядов, за исключением небольшой стражи, необходимой для несения пограничной и таможенной службы».
