Если Совет предполагал, что адмирал Бофорт немедленно вернется к исполнению своих обязанностей канцлера, то он сильно ошибался. В день возвращения Томаса в Стратфордское аббатство Джон Уайкеринг, Хранитель свитков и документации канцелярии Англии, попытался вручить ему Большую печать. Однако, видимо, из-за усталости от своих усилий и отсутствия мотивации для работы на этом посту, Томас обратился к королю и смиренно попросил дать ему краткую передышку от исполнения канцлерских обязанностей, на что король Генрих милостиво согласился. Уайкеринг, в течение следующей недели несколько раз тщетно пытался передать печать Томасу, и адмирал наконец принял ее утром 20 июня, после чего вернулся в Вестминстер, чтобы приступить к исполнению своих обязанностей канцлера[246].

Хотя партия принца оказалась дееспособной, во многом благодаря мудрому руководству Генри Бофорта и компетентности в военном деле Томаса Бофорта, статус-кво явно не мог сохраняться бесконечно, особенно когда король, уже не в первый раз за время своего правления, проявил признаки выздоровления от болезни. Отважный воин, ранее командовавший армиями по всей Европе и на Ближнем Востоке, король Генрих собрал все свои оставшиеся силы в решительной попытке вернуть себе контроль над своим королевством. Этот всплеск энергии мог быть ответом на растущие слухи о заговорах с целью его низложения. English Chronicle (Английская хроника) подробно описывает один из таких заговоров, в котором обвинялись принц и Генри Бофорт:

Неизвестно, обращались ли к королю с предложением отречься от трона, и существовал ли вообще такой план. Несомненно лишь то, что, хотя гниющее тело короля подводило его на протяжении последних шести лет, Генрих Болингброк не был готов отказаться от власти. Ведь он был первым королем из дома Ланкастеров и внуком двух величайших английских рыцарей XIV века, Эдуарда III и Генриха Гросмонта. Если и был в королевстве человек, чувствительный к смещению короля его подданными, то это был Генрих IV, который сам низложил своего предшественника.

21 сентября 1411 года король созвал Парламент, который должным образом собрался 3 ноября в Вестминстере. С самого начала Генрих IV занял главенствующую позицию, предупредив спикера Томаса Чосера, кузена Бофортов, о необходимости избегать каких-либо новшеств в ходе заседания и упреждая любое намерение поднять  тему о отречении от престола. Король не тратя времени, выразил благодарность Совету и принцу за их заслуги по управлению страной в течение предыдущих восемнадцати месяцев и освободил их от обязанностей. 20 декабря, на следующий день после завершения работы Парламента, Томас Бофорт был официально отстранен от должности канцлера, а заменой ему стал архиепископ Арундел. Был назначен новый Совет, в котором не нашлось места ни принцу, ни Бофортам. Это было унизительное падение для амбициозной троицы, которую сочли ненужной и задвинули на второй план[248].

Хотя конфликт между двумя ланкастерскими партиями оказался горьким, ошибочно полагать, что эта ссора безвозвратно испортила отношения между Бофортами и их братом-королем. Мнения о том, как должно управляться королевство, явно разделились, но как только король вновь обрел реальную власть, обе партии решили трудиться сообща ради общего блага. Однако расстроенный принц Уэльский подвергся политическому остракизму со стороны отца.

2 марта 1412 года Томас Бофорт, все еще занимавший должность адмирала, получил от короля поручение провести расследование "всех грабежей, разбоев и набегов, совершенных кем-либо из лордов на море", которые нарушали любой из договоров, заключенных между англичанами и герцогом Бретонским. С поимкой Прендергаста, пиратство явно не было искоренено. Томасу было поручено вернуть бретонцам все награбленное имущество, включая суда, вина и соль, а также наказать тех злоумышленников, которые могли испортить отношения короля с его союзником[249]. Тем временем брат Томаса, Генри, 3 июня получил королевское согласие на избрание в его епархии Алисы Пэрис настоятельницей бенедиктинского приорства Уэрвелл[250].

Оба акта свидетельствуют о том, что Бофорты не стали персонами нон грата для короля Генриха и участвовали в текущем управлении королевством. Возможно, это было связано с тем, что, помимо того, что они регулярно доказывали свою незаменимость для своего брата-короля на протяжении всего его правления, Генрих IV просто не располагал людьми необходимого уровня, чтобы заменить Бофортов. Их исключение из Совета явно было краткосрочной мерой, возможно, чтобы польстить архиепископу Арунделу.

Напряженные отношения короля со старшим сыном осложнялись их разной позицией во внешней политике, особенно в вопросе о том, какую сторону поддержать в ожесточенной гражданской войне во Франции между Бургундским и Орлеанским домами, борьбе за власть между двумя партиями, стремившимися получить контроль над психически больным королем Карлом VI. Бургундцев возглавлял кузен Карла VI Иоанн, известный под прозвищем Бесстрашный, а Орлеанскую партию — младший брат короля, герцог Людовик, до его жестокого убийства в 1407 году, а затем, номинально, молодой герцог Карл, племянник короля, поддерживаемый своим тестем, графом Арманьяком.

Обе партии стремились к союзу с англичанами, причем как принц, так и его отец, поначалу предпочитали заключить соглашение с бургундцами. Однако, к большому разочарованию принца, 18 мая 1412 года Генрих IV официально заключил союз с Орлеанско-Арманьякской партией, подписав Буржский мирный договор. В обмен на военную помощь герцог Орлеанский и граф Арманьяк поклялись признать английские претензии на суверенитет над герцогством Аквитания. Болезнь не позволила Генриху IV лично возглавить армию для похода во Франции, и, поскольку для командования кампанией требовалось назначение нового командующего, ожидалось, что эта обязанность будет возложена на принца Уэльского. Однако к неудовольствию принца, эта честь досталась его младшему брату Томасу.

Хотя Бофорты, как и принц Генрих, также выступали за союз с бургундцами, их сомнения были успокоены назначением Томаса Бофорта 10 июня одним из главных командиров экспедиции, которому было поручено собрать свиту из 240 латников и 700 лучников[251]. Это была возможность для тридцатипятилетнего адмирала, который всегда был в душе воином, утвердить свою репутацию одного из самых умелых королевских военачальников. Ланкастеры были семьей, зацикленной на воинской славе, и Томас ничем не отличался от своего отца и братьев.

Король Генрих не мог отправить во Францию двух нетитулованных полководцев в качестве своих военных представителей, поэтому были быстро разработаны планы по присвоению Томасу Ланкастеру и Томасу Бофорту титулов, соответствующих их статусу. 5 июля 1412 года младший из братьев Бофортов был возведен в пэрство и торжественно опоясан, своим единокровным братом, графским поясом[252]. Присвоенный ему титул, граф Дорсет, напоминал, что его старший брат Джон, во время правления Ричарда II, недолго носил титул маркиза Дорсет. Тем временем его племянник принц Томас был возведен в герцоги Кларенс, титул, который ранее, в 1360-х годах, носил Лайонел Антверпен, и графы Омаль, спорный французский титул, на который когда-то претендовал самый младший сын Эдуарда III, Томас Вудсток. Если не считать возведение старшего сына короля в принцы Уэльские (в 1399 году), это были единственные новые инвеституры в правление Генриха IV.