В отличие от Наварры, герцогство Аквитания и графство Фландрия были оккупированы военным путем. Попав под контроль короля, эти территории постигла разная участь. Аквитания была поручена "сенешалю Гаскони", который перенял титул и функции представителей королей Англии. По логике, эти должности были очень похожи на губернаторов Наварры: Жан де Бюрла, сенешаль Гаскони между 1294 и 1298 годами, был отправлен в Каркассон около 1287 года, после чего был назначен магистром арбалетчиков. Несомненно, из-за продолжения военных действий и без возможности точно разделить обязанности, "губернатор герцогства Аквитания" упоминается наряду с сенешалем Гаскони. Остается неясным отвечал ли губернатор за войсковые операции? Стоял ли он выше сенешаля Гаскони? В это можно поверить, учитывая статус первого губернатора, Роже-Бернара, графа Фуа, назначенного в 1295 году Карлом де Валуа "ректором, губернатором, а также прецептором" герцогства Аквитания[257]. Однако, два его преемника (возможно, были и другие), Гишар де Марзе и Роберт де Ваврен, не занимали столь высокого положения в иерархии знати: первый был сенешалем Тулузы, второй — крупным фламандским сеньором, близким к графу Артуа. Более того, дублирование функций не являлось неизменным правилом, поскольку Роберт де Ваврен, по крайней мере некоторое время, являлся одновременно губернатором герцогства Аквитания и исполняющим обязанности сенешаля Гаскони — но он сохранил за собой оба поста, что подразумевает, что действительно были задуманы две разные функции[258]. Последнее, что необходимо принять во внимание, заключается в том, что три военачальника, сменявшие друг друга в Аквитании, коннетабль Рауль де Клермон, граф Валуа и граф Артуа, осуществляли верховное командование, скорее всего, с титулом "лейтенант короля", что хорошо засвидетельствовано в случае с Робертом д'Артуа[259].

Во Фландрии, оккупированной королевской армией летом 1297 года, основными операциями командовали два принца, Роберт д'Артуа и Карл де Валуа. В октябре перемирие в Виве-Сен-Бавон приостановило военные действия. Управление оккупированной частью графства Фландрия было поручено Раулю де Нель, коннетаблю Франции, которому помогал Ги, граф Сен-Поль, и на которого, похоже, было возложено командование оккупационными войсками. Когда 6 января 1300 года срок перемирия истек, граф Валуа принял командование армией, которая завершила оккупацию графства и тогда ему, несомненно, был присвоен титул "лейтенант короля". Фламандская хроника говорит, что Карл де Валуа находился во Фландрии in plenaria regis potentia (с полной властью от короля). После капитуляции Ги де Дампьера, 18 мая 1300 года король назначил Жака де Шатийона, единоутробного брата Роберта д'Артуа и дядю королевы Жанны Наваррской, правителем оккупированной Фландрии, хотя неизвестно, был ли отстранен от управления Рауль де Клермон. Приказа о назначении Жака де Шатийона не сохранились, и поэтому мы не знаем объем его полномочий. Но он, безусловно, мог носить титул "лейтенант короля". В Grandes chroniques (Больших хрониках) он именуется "хранителем Фландрии", в Chronique artésienne (Артуасской хронике) — "стражем короля в земле Фландрии", в Chronique tournaisienne (Турнейской хронике) — "лейтенантом короля"; в Chronographia (Хронографии) он назван "верховным правителем Фландрии" (supremus gubernator Flandrie). Хронист-францисканец из Гента так характеризует функции Жака де Шатийона: он был "как проконсул и протектор или великий бальи" (quasi proconsulem et presidem, vel superiorem ballivum). Другими словами, функции губернатора и лейтенанта короля, не были четко разграничены, и частично пересекались. То же самое относится и к его предшественнику, Раулю де Клермону, который часто именуется как губернатор графства, но иногда называется "занимающим место нашего господина, короля Франции, в его завоевании Фландрии"[260].

Весной 1302 года, когда в Брюгге и Генте уже начались первые волнения, Шатийону временно помогали два представителя короля, епископ Осера Пьер де Беллеперш и канцлер Пьер Флот. После Брюггской заутрени Роберт д'Артуа, назначенный лейтенантом короля, принял командование армией, а граф Булонский сменил Жака де Шатийона на посту губернатора, теперь эти две функции были четко разделены. 17 июля, как только стало известно о катастрофе при Куртре, король назначил графа Сен-Поля своим лейтенантом во Фландрии, единственного из великих баронов, кто выжил в битве. Теперь вся Фландрия вышла из-под контроля короля, и губернатор больше не был необходим, и не похоже, что король хотел снова ввести эту должность[261].

Трудно определить намерения Филиппа Красивого в отношении оккупированных территорий. Историки обычно считают, что он никогда не собирался оставить за собой герцогство Аквитания. С другой стороны, его позиция в отношении Фландрии кажется более двусмысленной. Высокий статус двух сменявших друг друга губернаторов графства, Рауля де Клермона и Жака де Шатийона, позволяет предположить, что Фландрия имела большее значение, чем Аквитания, которой приходилось довольствоваться администраторами, менее высокого статуса. Интересно, если бы не Брюггская заутреня и битва при Куртре, стало бы графство Фландрия частью королевского домена?

Можно подумать, что из-за расстояний, медлительности коммуникаций и отсутствия реальной центральной администрации губернаторы были предоставлены сами себе. Это не так однозначно, если обобщить случай Наварры при Филиппе III, который особенно хорошо задокументирован[262]. Сменявшие друг друга губернаторы переписывали полученные от короля приказы в реестры (так называемые mandements). За период с 1276 по 1282 год насчитывается более двухсот реестров, которые, несомненно, представляют собой лишь часть инструкций, полученных губернаторами. К сожалению, ничего не сохранилось от переписке последних с королем. Однако в свете этих сотен писем нет сомнений в том, что между обеими сторонами происходил оживленный обмен сообщениями, который определял политику губернатора Наварры, находившегося в восьмистах километрах от короля. Кроме того, посланники короля регулярно ездили в Памплону. В 1276–1277 годах, а затем в 1280–1282 годах Эмбер де Божё, коннетабль Франции, провел много времени в Наварре. Его главной задачей, по-видимому, было обеспечение территориальной целостности пиренейского королевства и его защита от кастильцев и арагонцев. В те же годы в Наварре появились еще две фигуры: Клеман д'Оне и Гуго де Конфлан, оба были назначены губернаторами Наварры, первый в 1283 году, второй в 1286 году. Причины их  назначения ясны: они считались специалистами по наваррским делам. В Наварре также упоминаются несколько чиновников более скромного происхождения: два сержанта, Роже д'Эспьер и Рауль де Таверни, и камердинер королевского Двора, некий Ханнекен. Их точную роль трудно оценить, но можно предположить, что по возвращении они докладывали королю о ситуации в Наварре. Таким образом, главная роль отводилась губернатору. Его действия не только направлялись инструкциями, полученными от короля, но и контролировались его многочисленными посланниками. Следует добавить, что в письмах, отправленных королем губернатору, два человека часто фигурируют как советники, чье мнение имело значение, когда речь шла о делах Наварры, это Эсташ де Бомарше, первый губернатор, ставший сенешалем Тулузы, и Эмбер де Божё, коннетабль. Оба они провели какое-то время в Наварре и их опыт считался ценным для руководителей королевской политики.