После снятия с работы в Смоленске Жуков более полутора лет ждал назначения, находясь в резерве, но в итоге не проиграл: бериевский отдел кадров пригласил его в центральный аппарат НКВД на должность начальника отделения. Это означало, что обошлось даже без понижения. Хоть в 1940 г. вопрос об аресте Жукова трижды (!) ставился особой комиссией НКВД СССР, но такими ценными кадрами товарищ Берия разбрасываться не пожелал. Законникам всё же швырнули косточку: в начале 1941 г. по приказанию Л. П. Берии и В. Н. Меркулова Жукову дали 20-суточный арест за нарушения законности в 1937–1938 гг.

С февраля 1941 г. Жуков работал замначальника 1-го отдела Второго (контрразведывательного) управления НКГБ СССР, а в августе получил пост начальника 4-го отдела Второго управления НКВД СССР. О функциях этого отдела может дать представление перечень обязанностей, возложенных на пять его отделений. Первое отделение «обслуживало» агентурным наблюдением польское, чешское, югославское, греческое, шведское и норвежское посольства и миссии, а также колонии, военные миссии и атташат. Второе занималось организацией агентурной работы по линии польских нелегальных организаций в генерал-губернаторстве, польской ссылкой и лагерями, польскими колониями за рубежом. Третьему отделению была поручена следственная работа, четвёртое ведало представительством свободной Франции и испанской эмиграцией. На пятое отделение была возложена закордонная работа.

С мая 1943 г. комиссар госбезопасности 3-го ранга Жуков возглавлял 7-й отдел Второго управления НКГБ, имевший аналогичные задачи. С 17 августа 1941 г. по сентябрь 1944 г. он одновременно был заместителем уполномоченного Генштаба по делам иностранных военных формирований, уполномоченным СНК СССР по иностранным союзным формированиям на территории СССР и уполномоченным Ставки ВГК по этим вопросам. В январе 1942 г. ему добавили должность главного офицера связи НКВД при командовании Чехословацкой армии. С июля 1944 по 19 сентября 1944 г. Жуков был заместителем представителя правительства СССР в Польше (г. Люблин). Его работа требовала постоянного контакта с верховной властью: как свидетельствует журнал посещений Верховного Главнокомандующего, в 1942–1944 гг. комиссар госбезопасности Жуков в течение 21 раза встречался со Сталиным[373].

Хорошо запомнил генерала Жукова один из соратников Тито М. Джилас, впоследствии написавший любопытные мемуары и важную книгу о коммунистической номенклатуре «Новый класс», что стоило ему многих лет в югославской тюрьме. Согласно мемуарам М. Джиласа, встречавшегося с Жуковым в 1944 г., «стройный и бледный блондин, всё ещё молодой и очень находчивый, Жуков не был лишён чувства юмора и изысканного цинизма — качеств нередких для сотрудников секретных служб. Говоря о Югославской бригаде, он сказал мне: «Неплохо, учитывая материал, с которым нам пришлось работать» […] Жуков был прекрасным государственным служащим, и на основе опыта на него большее впечатление производила сила, нежели идеология, в качестве средства достижения коммунизма. Отношения между нами достигли известной степени близости, хотя в то же время были и сдержанными, потому что ничто не могло отодвинуть в сторону расхождений в наших привычках и взглядах… Жуков подарил мне офицерский ручной пулемёт — подарок скромный, но полезный в военное время».

Вспоминая о встрече со Сталиным, Джилас упомянул эпизод с обсуждением вопроса о широких поставках югославским партизанам советского оружия. Сталин посетовал, что Черноморский флот уничтожен и вооружения перевозить нечем. Жуков предложил перебросить корабли с Дальнего Востока на Чёрное море, но вождю не угодил: «Сталин грубо и категорически оборвал его. Из сдержанного и почти озорного человека вдруг выглянул совсем другой Сталин:

— О чём только вы думаете? Вы в здравом уме? На Дальнем Востоке идёт война. Безусловно, кое-кто не упустит возможности потопить эти корабли. В самом деле! Корабли придётся закупить… Египет продаст — Египет продаст что угодно, поэтому они точно продадут нам корабли.

[…] Генерал Жуков быстро и молча сделал заметку о решениях Сталина. Но закупка кораблей и поставка югославам советских судов так и не состоялась… — Красная армия вскоре достигла югославской границы и, таким образом, могла оказывать помощь Югославии на суше»[374].

Особенно «изысканный цинизм» пригодился генералу НКВД при общении с поляками, которых требовалось «агентурно обслуживать». Когда после начала войны СССР восстановил дипотношения с Польшей и постановил амнистировать арестованных поляков, то разнообразную помощь разбросанным по СССР более чем 300 тыс. поляков оказывали курируемые польским посольством 807 различных организаций с 2.639 сотрудниками. Их работа тревожила НКВД. В августе 1941 г. майор госбезопасности Жуков предписал «подобрать представителей для связи с польским посольством по оказанию помощи полякам… за счёт проверенной и не расшифрованной среди поляков агентуры».

К сентябрю 1942 г. отдел Жукова составил подробный список военнослужащих польской армии, оставшихся на советской территории после ухода армии Андерса в Иран. Это были более двухсот офицеров и солдат, которые либо дезертировали, либо находились на излечении или в командировке. Все они подозревались в шпионаже. По мнению современного исследователя М. А. Тумшиса, 20–30 % из них были готовы приступить к «активной разведывательной работе». При этом расчёте Тумшис опирается на факты обнаружения польских агентурных сетей в Узбекистане и Казахстане. Но вряд ли официальные отчёты о работе контрразведки военных лет можно так легко принимать на веру. Например, алтайские чекисты в 1942 г. сфабриковали дело на большую «шпионскую группу» из польских граждан, которое впоследствии было прекращено как совершенно необоснованное[375].

Организовывая польские войска, Жуков одновременно участвовал в большой лжи вокруг катынской трагедии. В своих письмах в январе 1942 г. к Г. С. Жукову командующий польской армией генерал Владислав Андерс писал, до какой степени бесплодные поиски пропавших военнопленных затрудняют организацию армии, как сильно морально угнетают и его самого, и его сотрудников. Позднее Андерс вспоминал: «С момента эвакуации тех трёх лагерей (Старобельск-1, Козельск-1 и Осташково) в апреле-мае 1940 года не осталось и следа от 15000 военнопленных (среди которых было 8 тысяч офицеров). Нам тогда еще и в голову не приходило, что 15 тысяч военнопленных убиты, мы упорно, каждый день спрашивали о них каждого. Слухов о том, что большевистские власти провели массовую хладнокровную ликвидацию, мы поначалу даже не хотели принимать во внимание…» В операции по уничтожению польских граждан принимало участие большое количество энкаведешников, так что Жуков наверняка знал о судьбе тех, кого безуспешно разыскивало эмигрантское польское руководство.

Секретарём в отделе Жукова работала Г. И. Маркина, недавно вспомнившая отдающий апокрифом эпизод с вызовом к Сталину Жукова и генерала Андерса, который должен был возглавить создающуюся польскую армию: «Берия представляет Сталину Жукова: майор госбезопасности. Сталин уточняет: «Не майор, а генерал-майор. Не может майор работать с генералом польской армии». Трудно поверить, но всё так и было. Я, как секретарь, провожала его к Сталину майором. Возвращается, идет по коридору и посвистывает. Открывает дверь, руку под козырек: «Генерал-майор Жуков прибыл в ваше распоряжение!» Мы вскочили и вытянулись — генерал же перед нами…»

На самом деле Жуков получил приравнивавшееся к комбригу звание майора госбезопасности именно в августе 1941 г., как раз к моменту начала работы с поляками, и с этого времени действительно мог считать себя генералом. Следующий чин — комиссара госбезопасности — достался ему в 1943 г., а комиссара ГБ 3-го ранга — в 1944-м.