Новое жестокое поражение японцы потерпели летом 1939 года на реке Халхин-Гол при попытке оккупации части территории Монгольской Народной Республики. Вооруженный конфликт в Монголии начался с нескольких японских провокаций на границе с Маньчжурией в мае 1939 года и получил в Японии название Номон-Ханский инцидент (Номонхан дзикэн), по названию монгольской деревни Номон-Хан-Бурд-Обо, где развернулись события. К концу июня японское командование подтянуло к месту повторявшихся боевых действий крупную армейскую группировку, которая в три раза превосходила по численности монгольские соединения и советские войска, находящиеся в МНР в соответствии с договором о взаимной помощи. В ночь со 2-го на 3-е июля японцы форсировали Халхин-Гол и заняли высоту Баян-Цаган, создав тем самым угрозу окружения и уничтожения советско-монгольских частей на восточном берегу реки. Однако успеха июльское наступление японцам не принесло. Контратака советских и монгольских войск расстроила планы агрессора. В начале августа японское командование, значительно усилив свою группировку людьми, артиллерией, бронетехникой и авиацией, начало готовить новое наступление. Советские и монгольские войска также получили подкрепление, особенно в танках, бронемашинах и самолетах. Бои начались 20 августа. К исходу 23 августа советские войска, которыми командовал комкор Г.К. Жуков (1896–1974), и монгольские, под руководством X. Чойбалсана, окружили основные силы генерала Риппо, разбили их по частям, и к 31 августа освободили монгольскую территорию от противника.

Бои на реке Халхин-Гол показали превосходство советских механизированных соединений над японскими. 23-я дивизия Квантунской армии была разбита полностью. В начале сентября японцы попытались вновь перейти государственную границу МНР, но опять потерпели неудачу, потеряв большое количество людей и техники. В общей сложности потери японских войск за период с мая по сентябрь, по советским сведениям, составили свыше 60 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными (по японским данным, было убито и пропало без вести 17450 солдат). Советско-монгольские войска потеряли примерно 18500 человек. И международная обстановка была не в пользу Японии. 23 августа Советский Союз и Германия подписали пакт о ненападении. Еще через пять дней кабинет Хиранума Киитиро ушел в отставку. Все это заставило японское правительство попросить перемирия. Договоренность о прекращении огня была подписана в Москве 15 сентября и на следующий день боевые действия с обеих сторон были прекращены.

Поражение Японии на северо-западе в 1939 году было первой крупной военной неудачей с момента создания японской армии нового типа, очень позорной для империи, не испытывавшей до этого проигрышей. Японскими националистами неудачи в Монголии были объяснены тем, что японцам не хватило в сражениях «японского воинственного духа».

Поражения в столкновениях с Советским Союзом в 1938 и 1939 годах существенно повлияли на дальнейшие агрессивные планы милитаристских сил Японии в отношении территорий Монголии и СССР и направлений японской экспансии. Огромные расстояния Сибири и степей Монголии, суровые климатические условия, с которыми японцы уже были знакомы, боевой характер русских и монгольских воинов, большой экономический потенциал Советского Союза, возросшая военная мощь Красной армии заставили японских стратегов пересмотреть основные концепции завоеваний к северо-западу от Китайского государства. Правящие круги Японии провели временную переориентацию в своей внешней политике. На одном из главных мест стояло продолжение сильно затянувшейся войны в Китае вопреки ожиданиям кругов, начавших эту войну с целью его окончательного захвата. Война в Китае являлась развитием ранее разработанной «северной доктрины экспансии» (хокусинрон) с оккупацией Кореи и Маньчжурии. Другим пунктом экспансионистской политики Японии было перемещение наступательных усилий на юг, в сторону Южных морей, на юго-запад Тихого океана (Нанъё) и в Юго-восточную Азию, на азиатские колонии европейских стран, богатые стратегическим сырьем. Эта доктрина (нансинрон) начала свое развитие еще в период Эдо и заняла важное место в внешнеполитических планах японского руководства начиная со времени Мэйдзи. «Южный» вариант японских устремлений предполагал захват континентальных территорий на юго-востоке Азии и островов Тихого океана, входящих в сферу интересов Японии. В первую очередь, он предусматривал оккупацию всех островов, расположенных к северу от экватора. Одной фразой эта политика выражалась с помощью слов «охрана севера и продвижение на юг» (хокусю нансин). Первая мировая война уже предоставила Японии чрезвычайно подходящие условия для осуществления южной экспансионистской доктрины. Почти вся Микронезия стала японской.

В сентябре 1939 года началась Вторая мировая война. Развязавшая ее Германия одерживала одну победу за другой. Япония в условиях начавшейся войны четко определила для себя цели, вписывающиеся в доктрину завоеваний. Европейские государства — противники Германии, были заняты войной на европейском театре военных действий и не могли эффективно защищать свои колонии в Азии, которые и стали легкой добычей японцев.

После оккупации в 1940 году немцами Франции и Голландии, Япония удачно воспользовалась ситуацией и добилась разрешения от «правительства Виши» па размещение на севере Французского Индокитая (территория современного Вьетнама) своих войск, а в июле 1941 года оккупировала вместе с ним и Южный Индокитай. Это было необходимо Японии для того, чтобы лишить китайцев сообщения со странами Юго-восточной Азии и использовать захваченные территории с целью наступления на Китай с юга. В стратегическом отношении Индокитай важен был для вторжения в Малайю. Затем планировалось захватить Нидерландскую Индию (Индонезию). Колониальная Франция, поверженная Германией, вынуждена была смириться с потерями. Стремительная оккупация колониальных владений в Юго-восточной Азии, осуществленная при поддержке гитлеровской Германии и фашистской Италии, ускорила заключение военного союза Японии с европейскими государствами-агрессорами.

27 сентября 1940 года в Берлине состоялось подписание Тройственного пакта (Нитидокуй сангоку домэй) Японией, Германией и Италией. Военный Тройственный пакт стал кульминационным пунктом отношений между тремя странами, продолжением антисоветской и антикоммунистической конфронтации, начатой с подписания Антикоминтерновского договора, и представлял собой открытый вызов антифашистским государствам. Пакт практически определял сферы влияния трех держав: Германии и Италии — в Европе и Африке, Японии — в Азии. Он предусматривал для союзников политическую, экономическую и военную помощь в случае необходимости и без каких-либо оговорок был направлен против Советского Союза, Великобритании и Соединенных Штатов Америки. Подписание пакта предполагало совместную борьбу трех держав, подписавших его, за передел мира.

В Японии в связи с этим началась активная фашизация социально-экономической структуры, были распущены все политические партии и ликвидированы профсоюзы. Вместо распущенных организаций в октябре 1940 года была создана Ассоциация помощи трону, которую возглавлял сам премьер-министр Японии.

Несмотря на военные успехи на юге, уже в конце 1940 — начале 1941 года стало очевидным, что Японии придется вести нелегкую борьбу с европейскими державами, противостоящими в войне Германии. В ближайшем будущем, по активно разрабатываемым планам, предстояла война с Америкой. Перспектива сражаться в Азии одной на несколько фронтов Японию не устраивала. Такого напряжения сил, даже будучи «божественным» народом, японцы могли не выдержать. Поэтому Япония решила вступить в нейтральные отношения с Советским Союзом. 13 апреля 1941 года между Японией и СССР был подписан Советско-японский пакт о нейтралитете (Ниссо тюрицу дзёяку). С советской стороны договор подписал министр иностранных дел СССР В.М. Молотов, с японской — министр иностранных дел Японии Мацуока Ёсукэ и посол Такэкава Ёсицугу. В свете ожидаемого нападения на Советский Союз со стороны Германии, в целях стабилизации обстановки в Дальневосточном регионе и предотвращения войны с Японией этот договор устраивал и СССР. Ведение войны на европейском и дальневосточном фронтах одновременно Советскому Союзу ничего хорошего не сулило.