Военачальники и советники хана предлагали всевозможные проекты переброски на острова монгольской конницы, некоторые из этих проектов были трудновыполнимыми или просто фантастическими. В частности, по одному из предложений, между Корейским полуостровом и Японскими островами надлежало построить плавающий подвижный мост, по которому массы монгольских всадников должны были достичь острова Кюсю. Разумеется, этот вариант был неприемлем из-за огромного количества плавсредств, необходимых для устройства такого моста.

К тому же, ежегодно над Японией проносится более двадцати тайфунов, приблизительно по два раза в месяц (иногда они следуют один за другим через очень короткие промежутки времени, по четыре-пять подряд), что также смертельно опасно для конных войск, которые могли во время передвижения по мосту попасть под действие одного из ураганов. Ведь никто не мог знать, когда разразится тот или иной тайфун.

После долгих дискуссий и споров монголы приняли решение переправить воинов, амуницию, боевых коней, осадные орудия и провиант с континента на Японские острова, используя большие китайские и корейские корабли и китайских и корейских моряков, которые управляли бы ими. Продовольствие и снаряжение также должны были обеспечить корейцы и китайцы. В качестве рабочей силы для постройки кораблей, их оснащения и загрузки планировалось использовать все прибрежное население Кореи, мобилизованное монголами. После принятия решения о вторжении в Корее началась подготовка флота и десанта для военной экспедиции, для чего монгольские правители максимально начали использовать мирных жителей. Над Японией нависла страшная угроза.

Прежде всего, опасность заключалась в том, что японцы никогда не сталкивались с монгольской тактикой ведения боевых действий, да и вообще с действиями иностранных армий. На протяжении столетий японцы воевали только между собой и с аборигенным населением Японии, не имевшим государственности, вытесняя его в течение столетий все дальше на север архипелага. Вооружением пеших айнских воинов были копья, сабли, простые луки и стрелы. Японцы не применяли в сражениях крупные конные соединения. В противоположность монголам, они редко использовали большие воинские подразделения, так как у японских воинов были свои традиции.

Японский самурай всегда был воином-одиночкой, индивидуалистом, стремившимся выделиться среди других и тем самым прославить свое имя, заслужить почет, славу и получить вознаграждение от своего сюзерена. В соответствии с этим строились и принципы ведения боя самураями. Перед любым сражением воины первым делом выпускали в сторону противника свистящую стрелу, называвшуюся «кабурая». Это означало начало битвы и вызывало тем самым врага на поединок. Для единоборства с каждой стороны выступали вперед лучшие воины. Затем на поле боя выходили сто рыцарей и вступали в сражение с таким же числом неприятеля. И наконец, в бой переходило все войско того или иного феодала. Обычным для японских воинов было громко произносить перед неприятелем свое имя. Врага легко распознавали по флагам с гербами и окраске доспехов.

Мужество и смелость отдельных японских воинов были бессильны перед напором массы монгольского войска, все подразделения которого воевали во взаимодействии друг с другом, при общем командовании, широко используя фланговые действия — обходы и окружения. Японцам были незнакомы многие образцы осадной техники монголов, в частности, китайская огнеметная артиллерия — баллисты и другие машины метательного типа, посылавшие в неприятеля сосуды с зажигательной смесью, а также большие шары, начиненные порохом, со страшным грохотом взрывавшиеся в расположении оборонявшихся и убивая, калеча и обжигая солдат противника. Во время наступления монголы, прикрывая передовые наступающие отряды своих войск, выпускали в неприятеля большое количество отравленных стрел.

Монгольские воины на поле боя не соблюдали тех правил воинской чести, которые были приняты в самурайской среде. Монголы группой окружали одиночных японских воинов и убивали их. У японцев не было эффективной тактики обороны против монголов, и они не могли в достаточной степени воспрепятствовать масштабному вторжению завоевателей. К тому же, японцы уже более полувека, с 1221 года, когда окончилось военное противостояние экс-императора Го-Тоба и сёгуната, не воевали на Японских островах, в то время как монголы имели постоянную боевую практику. Однако отсутствие междоусобиц одновременно играло на пользу японцам, так как они были относительно едины под властью Камакурского сёгуната.

Правда, и у монголов были свои слабые места: до того у них не было опыта десантных операций, не везде можно было использовать крупные соединения конницы, нельзя было полностью полагаться на корейских и китайских союзников. К тому же монголам сильно вредили их самомнение, самонадеянность и недооценка сил противника. Войск, которые Хубилай предназначал для покорения Японии, было совершенно недостаточно для того, чтобы выполнить значительные боевые задачи даже на Кюсю. Монголы, являясь в XIII столетии лучшими воинами Евразии, во многих случаях побеждали многочисленного противника и малым числом. Но они никогда раньше не воевали с японцами и не представляли, что это были за воины.

Как бы там ни было, японские профессиональные воины быстро воспользовались угрозой монгольской агрессии для того, чтобы доказать свою преданность военным идеалам самурая. Японские воины готовились к вторжению, питая к нему отвращение и взращивая на нем национальную гордость. Они доказали впоследствии, что такое дзэнское самообладание и как помогает владение воинскими искусствами.

Японцы не знали, когда именно произойдет вторжение, хотя в Южном Китае и Корее было достаточно осведомителей, передававших информацию на острова. Монголы всегда старались следовать своему принципу неожиданного нападения. Поэтому, сразу же после ультиматума Хубилая Ходзё Токимунэ отдал приказ об усилении обороны юго-запада Японии, мобилизации воинов на Кюсю и патрулировании побережий. Напряженное ожидание агрессии длилось несколько лет.

В начале ноября 1274 года с южной оконечности Корейского полуострова из порта Хаппо (современный Масан) к Японским островам вышла армада монголо-китайско-корейского флота, насчитывавшая около 900 кораблей, с более чем 40 тысячами воинов. Ядро армии вторжения составляли монголы (в том числе воинственные татары). Китайские, корейские, чжурчжэньские войска направились в этот поход по принуждению. Это монгольское нашествие известно в японской истории как Моко сюрай или Гэнко. 

Первыми на пути захватчиков были острова Цусима (Камидзима и Симодзима) и остров Ики (в настоящее время эти острова являются частью префектуры Нагасаки). На островах агрессорам противостояла всего лишь небольшая группировка самураев (около 200 воинов), возглавляемая Сукэкуни Сё из рода Тайра, потомка Тайра Томомори. Монголы быстро сломили японское сопротивление. В сражениях при небольших населенных пунктах Комода на острове Симодзима и Кацумото на Ики малочисленные самурайские дружины были перебиты. С гражданским населением островов монголы расправились с такой жестокостью, что она ужаснула даже самураев. В Японии воины всегда сражались только против воинов, но не против мирного населения. Половина пути до Японского архипелага была преодолена и ключевые позиции для дальнейшего продвижения заняты.