Сам Иэясу правил страной недолго, до 1605 года, сложив полномочия верховного главнокомандующего сёгуната в пользу своего третьего сына Хидэтада (1579–1632), правившего с 1605 по 1623 год. Однако авторитета и влияния Иэясу не потерял, продолжая заниматься иностранными делами военного правительства.

Заслуга Иэясу и четырнадцати сегунов рода Токугава, правивших после него, заключалась в том, что объединенная Япония после долгого периода междоусобных войн XIV–XV веков жила в мире. Исключение составило военное противостояние 1614–1615 годов и два сражения в городе Осака, где войска сёгуната разбили восставшего против верховного правителя сына Тоётоми Хидэёси Хидэёри.

Умер Иэясу 1 июня 1616 года. Говорят, что он объелся своим любимым блюдом тэмпура (ломтики рыбы, креветки или овощи, зажаренные во взбитом тесте из муки с яйцом и водой). Через год после смерти останки Иэясу были перенесены из Кунодзан и захоронены в городе Никко, в специально построенном мавзолее в святилище рёбу Синто Тосёгу Окончательное строительство храма было закончено в 1636 году при третьем сегуне бакуфу, внуке Иэясу, Токугава Иэмицу (1604–1651), правившем с 1623 по 1651 год.

Государственная деятельность Иэясу была оценена очень высоко. В соответствии с декретом императора, он был канонизирован и получил посмертный титул Тосё Дайгонгэн (Великое воплощение, освещающее Восток).

Эпоха Эдо была наивысшей точкой развития системы военного правления, и Иэясу был творцом правительства клана Токугава. В 1615 году он обнародовал два основных документа своего правления: «Букэ сёхатто» («Законы военных домов») и «Кинтю набари ни кугэ сёхатто» («Законы управления императорским двором и дворянством»). Иэясу предоставил феодальным князьям полную свободу действий в своих владениях при условии, что они будут преданы его режиму. Не довольствуясь одними только клятвами верности, глава сёгуната, а затем и его последователи, внимательно следили за обстановкой в стране, не допуская образования враждебных власти союзов и заговоров. Одним из самых действенных способов такой политики был институт заложничества. В соответствии с этой системой феодальные князья определенное время обязаны были проводить на службе в столице сёгуната Эдо, а члены их семей (жены, дети и ближайшие родственники) — жить там.

При Токугава окончательно было закреплено деление японского общества на сословия, введенное еще Хидэёси. Система сословных различий по роду занятий, разработанная в средневековом Китае, была перенесена на японскую почву. В соответствии с ней общество подразделялось на четыре основные категории: самураев, крестьян, ремесленников и торговцев и выражалось, соответственно, формулой «си — но — ко — сё». При этом переход из одного сословия в другое запрещался законом. Самураи, как опора режима Токугава, стояли на вершине общественной лестницы. Однако положение господствующего сословия было весьма противоречивым. Огромная масса профессиональных воинов в мирной Японии представляла собой аномальное явление.

Другой характерной особенностью времен сёгуната Токугава была искусственная самоизоляция страны, с помощью которой островная страна добровольно отгородилась от остального мира и которая оказала существенное влияние на последующую историю Японии. Ни одно другое государство не было так долго обособлено от других стран мира. Благодаря этой изоляции военное правительство рода Токугава так долго продержалось у власти, но именно из-за нее Япония отстала в своем развитии от многих других капиталистических стран, продолжая идти по пути феодализма.

В чем же заключались причины самоизоляции Японии? Сегуны Токугава опасались не только внутренних, враждебных режиму коалиций, но и союзов местных феодалов с иноземными силами и чуждыми Японии идеями, способными разрушить традиционное японское общество с его ценностями и лишить бакуфу власти.

Первые иностранцы проникли в Японию в середине XVI столетия. Это были португальцы, судно которых село на мель в 1542 (или в 1543) году у острова Танэгасима, находящегося у южного побережья Кюсю. Вслед за португальцами в Японию начали прибывать голландцы, испанцы, англичане. Всех европейских иностранцев, независимо от национальности, японцы, на китайский манер, называли южными варварами (намбандзин), по подобию с южными по отношению к ним жителями Индокитая, Индонезии, Филиппин, так как португальцы и испанцы, которые активно внедрялись в пределы Юго-Восточной Азии, пришли в Японию именно с юга. Позже европейцев стали обозначать презрительным термином «комодзин» (рыжеволосый) или бранной кличкой «кэтодзин» (волосатый).

Сначала контакты развивались по линии торговли. Японцев интересовали новинки европейской науки и техники, особенно огнестрельное оружие. Первые португальцы привезли в Японию аркебузу — стрелковое оружие, заряжавшееся через дуло. Аркебуза, поражающая цель на дальнем расстоянии, привела японцев в восторг. Впоследствии они очень эффективно использовали европейскую новинку в феодальных войнах. Воины Ода Нобунага, применив в сражении 1575 года против конницы князя Такэда мушкеты, выиграли его, уничтожив ружейным огнем лучшую часть конных самураев противника.

Но почти одновременно с торговцами на острова стали прибывать христианские миссионеры — проповедники римской католической церкви, в частности, священнослужители из монашеского ордена иезуитов (от латинского самоназвания Societas Jesu — Общество Иисуса), задачей которых было распространение католицизма, защита и упрочнение власти папства. Иноземных священнослужителей-католиков, принесших на острова христианство (кирисутокё), японцы начали называть «батэрэн», от португальского «падре». Первым в Японии начал читать проповеди испанец Франциск Ксавье (Франциско де Джавье, 1506–1552) с двумя братьями-иезуитами. Его католическая миссия (каторикку сэнкёси) была основана на юге Кюсю и просуществовала на островах с 1549 по 1551 год. Впоследствии христианские общины были основаны на Хонсю, но наиболее активно миссионеры действовали на юге Японии, особенно в городе Нагасаки.