Существует легенда, в которой рассказывается, что Ёсицунэ достиг Монголии, получил там власть и уважение, и что он и Чингисхан являлись одним и тем же лицом. В судьбах этих двух знаменитых персонажей много похожего. Даты их рождения приходятся приблизительно на одно и то же время: Чингисхан родился около 1155 года, Ёсицунэ — в 1159. Оба были удачливыми людьми, способными и талантливыми полководцами, известными в народе и популярными в войсках. Но на этом совпадения заканчиваются. Людям всегда хотелось и хочется верить в чудеса, однако аргументы в пользу того, что Ёсицунэ остался жив, да еще и превратился в Чингисхана, вызывают большие сомнения. Маловероятно, чтобы в Монголии, где в среде степной аристократии шла постоянная борьба за власть, ее отдали бы, пусть даже и талантливому, но одиночке-иноземцу, не знающему ни традиций, ни языка монголов.

После гибели Ёсицунэ препятствий для единовластного правления Ёритомо уже не было. В 1192 году Минамото-но Ёритомо принял титул «Сэйи тай сёгун», то есть Великий полководец, покоритель варваров (имелось в виду его завоевание северного Хонсю и подчинение японской власти аборигенного айнского населения). Все было обставлено так, что Ёритомо получил титул сегуна на совершенно законных основаниях из рук тринадцатилетнего императора Го-Тоба (правил с 1183 по 1198 годы), признававшего де-факто военное правление Минамото. Главой сёгуната — военного правительства бакуфу (от «баку» — открытая, без верха, палатка, занавес и «фу» — главная ставка, управление) был сам сёгун, считавшийся наместником императора, правившим Японией де-юре. Минамото Ёритомо и правившие после него от имени императоров сегуны, преследовали якобы их интересы и исполняли их волю.

Ёритомо не стал переносить свою столицу в Киото, а оставил ее в своей бывшей военной ставке на востоке острова Хонсю в городе Камакура (современная префектура Канагава). В начале войны Гэмпэй это была маленькая деревня, располагавшаяся поблизости от залива Сагами. С 1192 года город Камакура превратился в центр политической деятельности Японии. Топонимическое обозначение дало название почти 150-летнему периоду японской истории, длившемуся до 1333 года. Период Камакура приблизительно соответствовал существованию первого, или Камакурского сёгуната. Всего в Японии было три сёгуната: Камакурский (1192–1333), Асикага или Муромати-бакуфу (1338–1573) и Токугава (1603–1867). Новая система правления просуществовала в Японии семь столетий, вплоть до 1868 года (до реставрации Мэйдзи — восстановления власти императора, когда Япония пошла по пути капиталистического развития), являясь режимом военной диктатуры. Она характеризовалась безраздельным господством провинциального военного дворянства (буси, букэ или самурайства) в политической, социальной и экономической областях жизни страны, с типичными только для этого сословия признаками, со строгой иерархией феодалов и вассалов.

Уже в конце борьбы между Тайра и Минамото штаб Ёритомо в Камакура превратился во внушительную организацию, состоящую из трех больших частей. Она включала в себя «самураи-докоро» (самурайский приказ) — отдел, занимавшийся делами самураев, дисциплиной и контролем над вассалами. Вторая, «кумондзё», — являлась ведомством государственных документов. Позднее это ведомство было поглощено административной коллегией, именовавшейся «мандокоро», главным правительственным органом. Третья часть представляла собой учреждение, в задачи которого входило слушание и рассмотрение исков, проведение судебных процессов. Этот отдел носил название «монтюдзё» — министерство расследований.

Победив врагов, Ёритомо предпринял ряд дополнительных мер для усиления своей власти. Он назначил Кудзё Канэдзанэ императорским регентом (сэссё), собрал из симпатизировавшей ему придворной знати Совет аристократов (гисо), поставил в качестве военного правителя столицы (сюго) одного из своих свойственников Итидзё Ёсиясу. В 1193 году Ёритомо избавился от своего брата Нориёри.

Японское общество в те времена структурно подразделялось на три основные категории: киотоскую аристократию, самурайство и народ (крестьяне, ремесленники, горожане). Первые две категории являлись правящим классом, третья — эксплуатируемым.

Император на протяжении всей истории Японии считался божественным потомком национальной солнечной богини Аматэрасу. Таковым он считался и в эпоху Камакура, управляя страной формально. Император и его окружение в лице аристократии со времени учреждения сёгуната отрываются от управления Японией практически до второй половины XIX века. Но в силу того что император уже изначально считался потомком богов, он номинально рассматривался как лицо, стоявшее во главе всего японского народа. Аристократия Киото (кугэ) занимала высшее положение в иерархической системе японского феодального общества по принципу аристократического престижа и «благородства». Реальная же власть и сила были сосредоточены в руках военного сословия Японии, которое внешне демонстрировало абсолютную преданность трону.