Врагов у жестокого объединителя Японии было много, в том числе и среди его вассалов. В 1582 году Ода Нобунага в возрасте сорока девяти лет погиб после предательского нападения одного из его военачальников Акэти Мицухидэ в Киото, в храме Хоннодзи. Самураи Мицухидэ, имея большое численное преимущество, окружили храм, в котором Ода остановился для отдыха. Когда стало понятно, что конец окруженных близок, главнокомандующий поджег храм и совершил харакири. Его тело после пожара найдено не было, и враги на смогли надругаться над останками князя.

После гибели Ода Нобунага процесс объединения страны завершил его преемник Тоётоми Хидэёси (1537–1598), один из наиболее выдающихся полководцев диктатора, выходец из крестьянской семьи, сын одного асигару (асигару — легконогие, или пешие воины, в войнах периода Муромати играли исключительно важную роль, были вооружены пиками или луками и набирались из крестьян). Хидэёси отомстил Мицухидэ за Ода Нобунага и утвердил свою власть сначала в центральных районах Хонсю, а затем, в течение последующих восьми лет, подчинил себе практически всех князей Японии. К 1590 году он контролировал территории от Кюсю на юго-западе до Тохоку на северо-востоке.

Объединив страну под своим началом, Хидэёси почувствовал, что он способен на большее. Он, подобно Чингисхану и Хубилаю, видел в себе величайшего полководца, исторической задачей которого было покорение если не всего мира, то хотя бы Восточной Азии — Кореи и Китая. Не исключался захват Индокитая и продвижение на запад с целью оккупации Индии. Начать Хидэёси решил с Кореи, которая была ближайшим к Японии государством, пригодным для завоевания. К тому же у японцев к корейцам была давняя неприязнь за их участие против Японии на стороне монголов. Корейская армия по подготовке уступала дееспособной и организованной японской. Агрессии Японии мог противостоять только корейский военный флот с бронированными (покрытыми толстыми листами железа) большими кораблями, которые корейцы называли «черепахами» (кобуксонами). Но Хидэёси это не смущало, так как он надеялся осуществить операцию по захвату Кореи неожиданно и стремительно.

Многие века в Японии тенденции захвата соседних территорий не проявлялись, хотя японское общество было в большей степени военизированным, чем общества других стран Азии и Европы. Феодальная Монголия, в которой все мужское население были воинами, являлась исключением. В отдельные временные отрезки сословие воинов составляло около 10% всего населения Японии, в то время как в средневековой Англии или Франции число рыцарей едва ли составляло 1–2% жителей страны. Однако воинственной Японии мешала феодальная разобщенность, многолетние междоусобицы и отсутствие общей идеи завоеваний. В объединенной Японии, управляемой одним правителем, в мирное время многочисленное самурайское сословие оказалось не у дел. К тому же, японские феодалы мечтали об обогащении. Поэтому для Хидэёси почти не составляло труда организовать завоевательную экспедицию. Самураи с большой охотой выплеснули свои силы за пределы Японии, устремившись в захватнический поход.

Первую военную кампанию Хидэёси начал весной 1592 года, включив в экспедиционную армию 160 тысяч воинов. Начало войны было удачным. японцы быстро и без особого труда овладели Пусаном и еще несколькими портами и крепостями Кореи. Через три недели два авангардных отряда под командованием полководцев Хидэёси Кониси Юкинага и Като Киёмаса с двух сторон одновременно достигли столицы Кореи Сеула и взяли ее 11 июня. В середине лета Кониси овладел Пхеньяном, а отряд Като вышел в конце августа на границу с Китаем. Однако к осени положение изменилось в пользу корейцев. Талантливый корейский флотоводец Ли Сун Син (1545–1598), по-японски — Ри Сюнсин, считающийся одним из самых главных героев времен корейской династии Ли (1392–1910), на кораблях-черепахах одержал несколько побед над японцами в Желтом море и приступил к уничтожению японских плавательных средств, снабжавших всем необходимым японскую армию. В тылу японцев началась партизанская война. Затем корейцы попросили помощи у минского Китая. Союзная китайская армия, имевшая значительное численное превосходство над японским экспедиционным корпусом, перешла в наступление на позиции японцев. Положение осложнялось не только из-за потерь, но и вследствие усталости войск от непрерывных боев. Стороны прекратили боевые действия, начав переговоры, длившиеся с 1593 по 1596 год. Но переговоры о мире результатов не дали, так как никто не хотел уступать.

В 1597 году Хидэёси начал второй военный поход в Корею, отправив туда 140 тысяч самураев. Опять вначале японское войско одерживало победы. Но затем, как и в первый раз, военная удача изменила им. К тому же, осенью 1598 года скончался главнокомандующий японской армией, отдав перед смертью приказ об отступлении. Оставшись без командования Хидэёси, японские войска вынуждены были оставить Корею, понеся большие потери. Завоевание Корейского полуострова провалилось. После смерти Хидэёси его режим пал. Началась очередная смута. Хидэёри, пятилетний наследник главнокомандующего, не мог управлять государством. Наиболее приемлемым кандидатом на эту роль был влиятельный и могущественный феодал Токугава Иэясу (1543–1616), сторонник Хидэёси, служивший одно время под его началом. В истории Японии Иэясу считается одним из наиболее великих деятелей, которому удалось, используя успехи, достигнутые его предшественниками Ода и Хидэёси, окончательно объединить страну.

Когда родился Иэясу, Япония была уже долгое время погружена в непрекращающиеся изнурительные междоусобицы. Становление личности Иэясу и его путь к вершинам власти были нелегки, но упорство в достижении цели помогало ему преодолевать все препятствия. Не случайно девизом жизни Иэясу были слова: терпение и выдержка. В одном из своих последних наставлений, широко известном в Японии, Иэясу высказал свое отношение к жизни: «Жизнь подобна долгому пути с тяжелой поклажей. Да будет твой шаг неспешен и тверд, чтобы не споткнуться. Убеди себя, что несовершенство и неудобство — естественное бремя человека, и в сердце твоем не найдется места недовольству и отчаянию. Когда в твоем сердце возникают тщеславные желания, вызови в памяти тяжкие дни, которые тебе пришлось пережить. Терпеливость — корень спокойной уверенности. Смотри на гнев, как на своего врага. Горе тебе, если ты знаешь лишь как побеждать, но не знаешь, что такое быть побежденным. Это сослужит тебе худую службу. Ищи ошибки у себя, а не у других. Лучше обладать малым, чем многим». Мудрые слова много повидавшего и много узнавшего человека. 

В последние месяцы 1599 года Токугава Иэясу начал готовиться к решительной схватке с противником — группой даймё, возглавляемых Исида Мицунари. Собрав большие силы в своих владениях, располагавшихся на востоке Японии, в районе города Эдо (современный город Токио), он предпринял наступление на войска других претендентов на центральную власть. Эта борьба завершилась в октябре 1600 года после нелегкой битвы в центральной провинции Хонсю Мино (современная префектура Гифу) при Сэкигахара (Сэкигахара-но татакай). Иэясу, руководивший армией в 104 тысячи человек, одержал верх над соперниками. Оставшиеся в живых главные противники нового властителя Японии покончили собой или были истреблены победителями. В 1603 году с санкции императора Го-Ёдзэй (Гоёдзэй), Иэясу провозгласил себя сегуном, основав третий сёгунат, получивший название Эдо бакуфу или сёгунат Токугава. Военное правительство сегунов Токугава просуществовало 264 года — с 1603 по 1867 год. Период правления Японией из новой столицы Эдо получил также название Эдо дзидай — эпоха Эдо, которая охватывала период с 1600 по 1868 годы.