Некоторые японские стратеги, окрыленные победой, предложили Токимунэ не ждать новой атаки монголов и опередить их, высадив свои войска на Корейском полуострове. Сначала эта идея была одобрена, однако потом от планов упреждающего удара для устрашения противника пришлось отказаться из-за трудностей со снабжением экспедиции и из-за того, что японцы не смогли бы отправить в Корею достаточно крупный контингент войск, а малый десант был бы обречен на уничтожение. Японцы решили сконцентрировать свои усилия именно на обороне, а не на наступлении.

Долго ждать не пришлось. Уже в следующем, 1275 году, Хубилай возобновил свои притязания к Японии. На острова вновь были отправлены послы, которые, конечно же, тоже знали, что их ожидает после резни, устроенной завоевателями на Японских островах осенью прошлого года. Тем не менее, они держали себя уверенно, как подобает представителям великой страны. Окончательное решение опять пришлось принимать сиккэну Ходзё Токимунэ, руководившему военным правительством, и двору монарха Японии, формальным главой которого был Камэяма, отрекшийся от престола в пользу своего малолетнего сына Го-Уда (Гоуда) в 1274 году. Решения принимал не восьмилетний Го-Уда, а императорский двор Киото от его имени.

Ни угрозы, ни ультиматумы не возымели своей силы. По приказу военного правительства Японии послы были обезглавлены. Второе нашествие становилось реальностью, надо было торопиться.

Ожидая повторного вторжения, стратеги бакуфу приступили к тщательному изучению тактики ведения монголами боевых действий. Они учитывали и анализировали просчеты и недостатки прошедших боев. Во время первого вторжения японцам мешала традиция индивидуального ведения боя, в противоположность широкомасштабным маневрам монгольских войск. Перед новым походом монголов самураи уже знали манеру ведения боя врагами и в последующих сражениях ничем не уступали захватчикам. Сёгунатом была запланирована срочная реорганизация системы береговых укреплений на севере острова Кюсю и юго-западном побережье Хонсю. Решено было удлинить прежние сооружения и построить новые. Для этого в прибрежные районы правительство стало сгонять большое количество крестьян из ближайших и отдаленных земель. Правительство Камакура отправило письмо сёгунским комиссарам Кюсю от 10 марта 1276 года с напоминанием о том, что они должны организовать на острове строительство каменных оборонительных стен силами местного населения. Строители приступили к возведению вокруг залива Хаката оборонительных валов из земли и камней. В местах предполагаемой высадки монгольского десанта началось сосредоточение самурайских дружин.

Японцами была разработана специальная тактика морских сражений. Для борьбы с противником на воде были сформированы специальные подвижные отряды малых атакующих боевых лодок, предназначением которых было препятствовать высадке монголов на берег. Натренированные японские воины должны были брать крупные монгольские корабли на абордаж, уничтожать на них живую силу врага и сжигать его суда.

Японцы ожидали, что монголы вернутся туда, где их постигла неудача. Так оно впоследствии и произошло. Монголы, будучи мастерами шпионажа, должны были знать, что японцы готовятся к обороне и строят укрепления. Проще было высадиться в другом месте. Однако они пришли туда, где все было готово для отражения нападения.

В 1279 году Хубилай, считавший себя одним из величайших императоров в мире, в последний раз попытался дипломатическим путем склонить Японию к смирению перед своей могущественной империей. Посланники великого хана, прибывшие в столицу сёгуната Камакура, держали себя надменно и нагло. На этот раз они потребовали еще большей дани и грозили еще более страшными карами в случае отказа. Но все попытки монголов были тщетны. Угрозы только еще больше раздражали японских правителей. Подобно предыдущим представителям хана, присланным к Ходзё Токимунэ, иноземные послы были обезглавлены, а их головы отправлены в мешках хозяину. Хубилай был взбешен. Он понял бесполезность и бесперспективность всех переговоров, объявил Японию провинцией своей империи и отдал приказ о подготовке новой военной экспедиции с целью уничтожения непокорного государства и физической ликвидации ее глав. На этот раз Хубилай решил расправиться с Японией окончательно и выделил для ее захвата значительные силы.

Второе нашествие было назначено на весну — лето 1281 года. В это время тайфунов около Кюсю бывает меньше. В начале 1281 года по приказу верховного правителя полководцы Хубилая начали формировать новую армаду кораблей и приступили к разработке конкретных планов операции захвата Японских островов. Весь Южный Китай с его корабельными верфями был в руках монголов, что позволило им строить руками китайских судостроителей новые корабли. Постройка военных судов началась незамедлительно. На этот раз монгольское командование располагало почти в пять раз большим количеством кораблей, чем в 1274 году.

К западным берегам острова Кюсю, где должны были происходить боевые операции, по планам завоевателей, предполагалось на этот раз подойти одновременно с двух сторон. В первой флотилии (восточной группе) было 900 кораблей и примерно 42 тысячи монгольских, корейских и китайских воинов на борту. Как и прежде, она выходила из корейского порта Хаппо, вторая флотилия — главные силы (южная группа), насчитывала около 100 тысяч человек, разместившихся на 3500 кораблях, и выдвигалась из китайского портового города Нинбо (современная провинция Чжэцзян). Общее командование военными действиями Хубилай возложил на монгольского полководца Алахана.

Никогда ни прежде, ни впоследствии в истории не составлялось армии вторжения больше, чем монгольский флот 1281 года, ни по количеству кораблей, ни по численности войск. Достаточно отметить для сравнения, что знаменитая испанская армада, направленная тремя столетиями позже к берегам Англии, имела в своем распоряжении только 130 кораблей и 27 500 воинов.

Второй флот Хубилая состоял из больших, средних и малых военных кораблей, а также большого числа вспомогательных судов, предназначенных для транспортировки продовольствия и питьевой воды. Большие корабли монгольских завоевателей имели довольно внушительные размеры, превышая по длине 70 метров. Помимо пеших войск на кораблях монголов размещались конные соединения монгольской кавалерии, были приготовлены новейшие по тому времени осадные орудия, предназначенные для сокрушения городских стен, установлены всевозможные метательные машины для обстрела береговых укреплений. Кроме того, на ряде судов имелись небольшие кузницы для изготовления подков для коней, ремонта оружия и военного снаряжения. Прочные корпуса боевых кораблей снаружи укреплялись еще и металлическими листами, а на верхних палубах были сооружены специальные конструкции с прикрепленными к ним шкурами животных, предназначенными для защиты воинов от стрел неприятеля. Для маневрирования в прибрежных водах корабли снабжались веслами и гребными колесами.

За годы, прошедшие со времени первого нашествия монголов, японцы строили оборонительные сооружения и готовились к отражению атак с моря. Они правильно рассчитали намерения врага, который опять избрал остров Кюсю исходным пунктом вторжения. Намного лучше были подготовлены конные воины и пехотинцы.

Основой подготовленных оборонительных укреплений японцев был ряд защитных линий, из которых самую большую продолжительность имела массивная стена, возведенная вокруг бухты Хаката — высотой 2,5 метра протяженностью в 20 километров. Стена достаточно эффективно прикрывала побережье от противника. Береговые укрепления были построены таким образом, чтобы защитить стенами синтоистские святыни, в числе которых были храмы Сумиёси дзиндзя, Хакодзаки гу, сожженный монголами во время первого нашествия и вновь восстановленный, и Касии гу. На берегу залива были воздвигнуты башни и сторожевые вышки, с которых велось постоянное наблюдение за водной поверхностью. Между морем и защитными сооружениями японцы устроили массу всевозможных ловушек, которые должны были препятствовать врагу в продвижении вперед. Небольшие, но чрезвычайно подвижные гребные военные суда, построенные японскими мастерами в ожидании вторжения, стояли наготове в разных местах бухты, ожидая приближения неприятеля. В постоянной боевой готовности находились и сухопутные силы японцев. Армия сёгуната на Кюсю состояла из ста тысяч самураев, двадцать пять тысяч человек располагались на соседнем острове Хонсю в резерве.