Боевой дух японских войск был очень высок. Даже японские пираты — вако (дословно — японские бандиты), состоявшие из деклассированных элементов (ронинов) и контрабандистов, которые в течение первой половины XIII века терроризировали прибрежное население Кореи, временно оставили свое преступное ремесло и присоединились к правительственному флоту. Бакуфу на противостояние монголам направляло вако, которые были, в основном, выходцами с островов Цусима и провинции Хидзэн (современные префектуры Сага и Нагасаки).

Япония была готова к отражению нового завоевания. Были готовы к вторжению монгольских орд и острова Цусима и Ики, гарнизоны которых, как и в 1274 году, должны были погибнуть первыми. Знало об этом и гражданское население островов, по мере своих сил помогавшее военным в сооружении укреплений. Никакой надежды на спасение и помощь с Кюсю и Хонсю у местного населения не было, и жители Цусима и Ики готовились отдать свои жизни за как можно более дорогую цену.

Тем временем японские шпионы сообщали с континента малоутешительные вести о масштабах готовящейся агрессии и об идущей полным ходом подготовке к походу. Войск, предназначенных для вторжения, было так много, что их невозможно было сосчитать даже приблизительно. Сутками люди заполняли суда грузами, необходимыми для экспедиции. К лету корабли и войска были подготовлены к выходу в море.

В июне 1281 года из портов Хаппо и Окпо на Корейском полуострове вышла первая группа кораблей. Приблизительно в это же время началась погрузка на корабли второй группы, которая должна была выйти из Южного Китая.

Во время второго вторжения захватчики обошли острова Цусима и Ики с востока. Первое сражение произошло около деревни Сэкаимура на острове Камидзима архипелага Цусима. Как и прежде, малочисленные самурайские отряды дрались отчаянно, обороняя свои позиции, и смерть встретили достойно. Следующая схватка произошла около поселка Кацумото на острове Ики. Японский гарнизон был полностью уничтожен во много раз превосходящими его силами наступавших.

После повторного опустошения Цусима и Ики монгольский флот приблизился к острову Кюсю. 23 июня монголы, как и в первый раз, вошли в бухту Хаката. Видимо, монголы все же не знали о фортификационных сооружениях японцев, хотя должны были догадываться, что их ждут. Войска монголов высадились прямо перед оборонительной стеной на побережье, где сразу же попали под жестокий удар со стороны японских лучников. Сотни монголов не успели сделать по японской земле и нескольких шагов. На место погибших подоспели новые отряды атакующих. Корабли с метательными машинами начали приближаться к берегу.

Началось ожесточенное сражение, в котором японцы имели преимущество, несмотря на то, что огнем китайской метательной артиллерии многие береговые укрепления были сожжены. Битва длилась несколько дней с небольшими передышками. Монголы, подобно волнам морского прибоя, обрушивали свои атаки на защитников побережья. Нападавшие осыпали японцев отравленными стрелами и копьями, которые они бросали с большой дистанции, а в ближнем бою применяли боевые палицы, мечи и арканы. Японцы также использовали луки и стрелы, сражались мечами и копьями, укрываясь за большими, в рост человека, щитами. Монголы бросали в бой все новые и новые силы, которые уплотнили и без того тесные ряды войск и мешали тем самым отступлению или отводу понесших урон соединений и выносу раненых. Однако никакой напор, казалось, не мог сломить стойкость обороняющихся.

Такая же ожесточенная борьба шла на море, где монгольский флот был атакован японскими боевыми лодками. Преимущество и здесь было на стороне японцев, так как громоздкие монгольские корабли не имели больших возможностей для маневра на воде. Военные лодки японцев были чрезвычайно подвижными и легкими. Несмотря на тучи стрел и каменных снарядов, выпускаемых монголами из катапульт, японские суда старались подойти к кораблям противника вплотную. Самураи, прячась за бортами своих плавательных средств и щитами, приближались к неприятельским кораблям и, оказавшись в непосредственной близости от них, быстро вставали, молниеносно взбирались на монгольские суда, часто используя мачты своих лодок, и уничтожали находившихся на них воинов-десантников и матросов.

Борьба на море шла не только днем, но и ночью. И японские воины достигали своей цели. В сумерках, во время ночных рейдов на лодках им часто удавалось проникнуть на неприятельские корабли, перебить команду и сжечь хотя бы один из них. Поэтому, чтобы как-то обезопасить себя от таких нападений, монголы стали соединять суда корабельными цепями, создавая подобия крепостей на воде.

Японцы воевали с презрением к смерти, и это помогало им в борьбе. Монголы и их союзники не были так подготовлены к самопожертвованию, на которое шли японские воины. Самураи побеждали в единоборстве на небольшом пространстве, так как были лучше обучены индивидуальному ведению боя, нежели тяжеловооруженные монголы.

История донесла до нас множество эпизодов героической борьбы японцев с монгольскими захватчиками. В сражении на воде особенно отличился самурай Кусано Дзиро. На боевую лодку Кусано противник обрушил град стрел и ядер, одно из которых оторвало ему левую руку. Тем не менее, Кусано продолжал руководить боем, и его команда взяла на абордаж монгольский корабль. Если верить историческому источнику, раненый воин, превозмогая боль, смело вступил в схватку с врагом на палубе неприятельского судна и собственноручно убил 21 человека, а затем предал враждебный корабль огню, что еще больше воодушевило японцев.

Японский военачальник Коно Митиари перед схваткой с монголами написал молитву богам, прося их покарать ненавистного врага. Затем он сжег бумагу с текстом молитвы, а пепел проглотил. Под руководством Митиари были снаряжены две гребные военные лодки, на которые он посадил избранных воинов, отличавшихся отвагой и боевым мастерством. Самураи спрятали свои мечи в складках одежды, и Митиари направил лодки к флагманскому кораблю монголов. Те ошибочно подумали, что японцы безоружны и приближаются для того, чтобы вести переговоры или сдаться в плен. Это позволило японцам беспрепятственно подойти к врагу. Когда лодки самураев оказались в непосредственной близости от монгольского корабля, японцы молниеносно взлетели на его палубу. Началась кровавая рукопашная схватка. Многие в этом бою пали, но другим все же удалось поджечь неприятельский корабль. В результате отчаянной схватки в плен к японцам попал командующий монгольским флотом.

Сражение на море и на побережье продолжалось почти без перерывов несколько недель. Встретив со стороны японцев такое неожиданно упорное сопротивление и понеся при этом существенные потери, монголы и их союзники отошли от залива Хаката. Содействовали такому решению начавшиеся в условиях страшной жары и скопления на кораблях большого числа монгольских и китайских войск инфекционные болезни, унесшие несколько тысяч жизней. По изменившемуся плану, агрессоры должны были выйти в море и продвинуться на запад для встречи со вторым соединением, которое запоздало с выходом из Китая, для перегруппировки сил и нанесения нового удара по Кюсю.