В 1933—1937 гг. Советское правительство и Центральный Комитет партии неоднократно рассматривали вопросы работы транспорта, вникая в самые различные области транспортного хозяйства, выявляя причины недостатков и изыскивая средства и методы их устранения. В поле зрения Советского государства были такие важнейшие стороны деятельности транспорта, как управление и планирование перевозок, организация системы заработной платы и материального положения транспортников, улучшение материально-технического снабжения отрасли, подготовка квалифицированных кадров транспортных рабочих, развитие стахановского движения. Большое внимание было уделено улучшению деятельности отдельных дорог, имеющих важное народнохозяйственное значение (например, Донецкой, Пермской, Курской и др.), а также отдельных отраслей железнодорожного транспорта (например, путевого хозяйства, депо, вагонного хозяйства).

Реорганизация управления была осуществлена на основании постановлений СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О перестройке органов управления железнодорожного транспорта» (8 июля 1933 г.) и «О реорганизации органов управления водного транспорта» (15 марта 1934 г.)¹⁰⁸¹.

Необходимость перестройки управления вызывалась тем, что сложившаяся к тому времени так называемая функциональная система управления привела к излишней дробности руководства между структурными подразделениями наркоматов. Наркоматы занимались зачастую отдельными сторонами производственного процесса и не могли осуществлять руководство отраслью в целом.

В НКПС имелось множество ненужных отделов и секторов, что приводило к обезличке управления, вместо необходимого укрепления единоначалия и централизации. На транспорте такая система привела к искусственному изъятию из ведения отраслевых производственных управлений таких, например, функций, как организация труда, заработной платы и т.д.

Так, Управление труда оказалось оторванным от важнейших отраслевых управлений — эксплуатации, паровозного хозяйства, вагонного хозяйства и других, что снижало уровень руководства и приводило к безответственности.

Реорганизация управления касалась всех участков железнодорожного транспорта: и аппарата НКПС, и дороги, и управления района, и управления основного паровозного депо. Она предусматривала ликвидацию многих функциональных отделов в аппарате НКПС (например, Управления реконструкции Московского узла, Управления техпропаганды, Комитета по реконструкции транспорта и др.). Штат НКПС сокращался, освобождающиеся при упразднении отделов и управлений инженеры и техники переводились на работу в депо, на станции, т.е. непосредственно на линию. Вместе с тем поднималось значение дороги, которая признавалась основной хозяйственной единицей. Она являлась хозрасчетным предприятием: средства, отпускаемые НКПС дороге, должны были находиться в полном распоряжении начальника дороги, который должен был обеспечить действенное руководство линией, трудовую дисциплину и выполнение финансового и производственного плана.

Для укрепления сознательной дисциплины, для укрепления единоначалия и усиления ответственности руководителей за порученное дело на железных дорогах была создана система политотделов. В постановлении СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О политотделах на железнодорожном транспорте» (10 июля 1933 г.) указывалось: «Задача политотдела заключается в том, чтобы обеспечить на основе убеждения, мерами организованного и идейно-политического воздействия создание на железнодорожном транспорте «сознательной железной дисциплины» (Ленин), нового мощного подъема социалистического соревнования и ударничества, поднять всю партийно-политическую работу среди рабочих и служащих железнодорожников на высший уровень»¹⁰⁸². Политотделы стали центрами партийно-массовой работы. На водном транспорте были упразднены всесоюзные объединения и ликвидированы районные управления. Пристани, затоны и участки пути подчинялись непосредственно начальникам пароходств.

Для освоения регулярного судоходства по Северному морскому пути на всем его протяжении потребовалось создание специальной организации — Главного управления Северного морского пути (ГУСМП). Функции ГУСМП состояли в окончательном освоении Северного морского пути от Белого моря до Берингова пролива и обеспечении безопасности плавания по нему. На Главсевморпуть возлагалось изыскание и строительство портов арктического побережья, строительство мощных ледоколов и т.д.

Вторая пятилетка явилась, как было показано выше, периодом быстрого роста автомобильного парка. В таких условиях прежняя система руководства перевозками через Союзтранс не была достаточно гибкой для оперативного обеспечения всего многообразия перевозок на местах. Организационные формы использования автотранспорта были изменены постановлением СНК от 19 января 1933 г. Для обслуживания перевозок местного значения были образованы при исполкомах автогужевые тресты. Всего было создано 37 автогужевых трестов, которым было передано около 3 тыс. автомобилей, 16 тыс. лошадей, значительная складская площадь, гаражи и т.д.¹⁰⁸³

На Союзтранс возлагалось обслуживание крупнейших центров и узлов, курортных сообщений, трактов большой протяженности. В нем оставались наиболее крупные автотранспортные предприятия общего пользования. В 1931 г. Союзтранс объединял 21 крупное автохозяйство (с числом автомобилей более 100 единиц), в 1934 г. их стало 48. Рост числа автохозяйств составил соответственно 41 и 95¹⁰⁸⁴.

В 1936 г. Цудортранс и Союзтранс были упразднены. Цудортранс — Центральное управление шоссейных и грунтовых дорог и автомобильного транспорта — с 1931 г. являлось самостоятельным Всесоюзным управлением при Совнаркоме СССР на правах союзного наркомата. Теперь единого органа, ведающего строительством автомобильных дорог, не стало. Предприятия Союзтранса перешли в ведение краевых и областных исполнительных комитетов и Советов народных комиссаров союзных и автономных республик. Эта перестройка оказалась неудачной, так как привела к отсутствию единой технической политики в развитии и управлении автотранспорта при высоких темпах автомобилестроения.

К началу второй пятилетки сложилось такое положение, при котором планированием занималось множество различных организаций: районные управления оперативного планирования и регулирования перевозок (РУПР) при НКПС, междуведомственные совещания при этих управлениях, местные совещания по перевозкам при исполнительных комитетах и Советах народных комиссаров союзных и автономных республик, краевые и областные комитеты по перевозкам.

Сложившаяся система планирования перевозок приводила к местничеству, недооценке общегосударственных интересов, отсутствию ответственности планирующих органов за выполнение плана перевозок, плохому использованию подвижного состава. Недооценивалась роль водного транспорта — грузы слабо привлекались к перевозке речным флотом, были велики простои судов.

Учитывая эти недостатки, Советское правительство в течение второй пятилетки принимало меры к улучшению системы планирования перевозок. Совет Народных Комиссаров издал постановление «Об оперативном планировании железнодорожных и водных перевозок» (от 26 сентября 1933 г.)¹⁰⁸⁵. Совместно с ЦК ВКП(б) Совет Народных Комиссаров 23 марта 1934 г. приняли постановление «О планировании перевозок и улучшении работы местных органов Народного комиссариата путей сообщения»¹⁰⁸⁶. В соответствии с ним составление годовых, квартальных и месячных планов перевозок по всей железнодорожной сети СССР возлагалось на Народный комиссариат путей сообщения с последующим утверждением их СТО.