В отместку за операцию Хаттаба, с 31 мая по 1 июня 1996 года под руководством генерала Шаманова федеральными силами была проведена зачистка Шали, в результате которой 14 боевиков было задержано и 1 убит. Захвачен мобильный телевизионный центр с передатчиком. В ночь на 1 июня Аслан Масхадов спешно покинул Шали. Вспоминает участник: «Обо всех операциях, проводимых на территории Чечни, боевики узнают дня за два, прячут оружие или уходят вместе с ним в другое место, чтобы потом снова вернуться. Таким образом, зачистки заканчиваются, как правило, нулевым результатом. Операция проходила при непосредственном участии 166-й мотострелковой бригады, той самой бригады, батальоны которой сражались в Бамуте. Бойцы под прикрытием БТРов и БМП подошли к Шали. Еще четыре часа участвующие в операции федеральные части ждали приезда чеченской милиции, так как без участия местных силовых структур зачистку проводить запрещено. Наконец они появились…
Уже на окраине села вспыхнула ожесточенная перестрелка. Восемь сотрудников шалинского РОВД, имевших разрешение от российских властей на ношение оружия и регулярно получающих зарплату из российского бюджета, спровоцировали стрельбу по российским солдатам. В итоге — по два убитых с каждой стороны, шестеро чеченских милиционеров, участвовавших в перестрелке, были задержаны.
Военный комендант Шали подполковник Аркадьевич по этому случаю сказал: «Чеченские милиционеры наведением порядка в селе не занимаются. Во время заварухи от них всегда можно ожидать выстрела в спину». Я сам был свидетелем того, как начальники чеченского РОВД искали различные поводы, чтобы сорвать совместное патрулирование улиц Шали. Не прошло и десяти дней, как за арестованными «милиционерами» приехал их начальник и увез из фильтрационного пункта Грозного. По этому случаю в здании шалинского РОВД был праздник, на который съехалось много местных боевиков». Однако полностью зачистить Шали так и не удалось из-за предвыборного «перемирия». Генерал Шаманов, руководивший операцией в Бамуте и Шали и обещавший «пустить под русский паровой каток» все села, где будут «непримиримые», был резко кем-то отозван в Москву, а отряд боевиков совершил нападение на блокпост в районе села Шуани и взял в плен 27 военнослужащих ВВ МВД РФ. 19 июня произошло столкновение федеральных сил с отрядом НВФ в районе поселка Алхан-Юрт. 20 июня А. Масхадов отдал приказ не предпринимать никаких вооруженных действий до окончания второго тура выборов президента России. 22 июня совместным приказом министра обороны, министра внутренних дел, директора Федеральной службы безопасности и директора Федеральной пограничной службы на период отпуска В.В. Тихомирова командующим временными объединенными силами был назначен генерал-лейтенант К.Б. Пуликовский.
25 июня Ельцин подписал указ о поэтапном выводе с территории Чечни к 1 сентября соединений и частей, входящих в состав Ленинградского, Московского, Приволжского и Уральского военных округов. 28 июня начался выход из Чечни 245-го мотострелкового полка — первой воинской части, выводимой из зоны конфликта в рамках «мирного плана». 1 июля командование чеченской стороны заявило, что намерено после 7 июля осуществлять «меры оборонительного характера», поскольку разблокирование населенных пунктов так и не началось: федеральная сторона не ликвидировала ни одного блокпоста. 3 июля в селе Новые Атаги состоялась последняя встреча рабочей группы по решению блока военных вопросов. Федеральная сторона заявила, что блокпосты ликвидируются и идет плановый вывод воинских подразделений из Чечни. 6 июля представитель А. Масхадова заявил, что если к концу следующего дня в Чечне не будут ликвидированы все блокпосты федеральных сил, как это предусмотрено протоколом, подписанным в Назрани, чеченская сторона будет считать себя свободной от всех принятых на себя обязательств.
7 июля федеральная сторона ответила, что полного снятия блокпостов не будет: командование федеральных войск увязывает этот вопрос «с общей нормализацией обстановки».
8 июля В.В. Тихомиров предъявил ультиматум: если 3. Яндарбиев не даст «пояснения по всем фактам» и «завтра к 18.00 не будут возвращены все пленные, находящиеся в руках у боевиков», он примет «адекватные меры». В тот же день в Чечню прибыл исполняющий обязанности командующего Объединенной группировкой генерал К.Б. Пуликовский. Федеральное командование объявило, что вводит в Чечне с 10 июля комендантский час — с 21.00 до 05.00. 9 июля 1996 года полномасштабные боевые действия были возобновлены. По «подпольному» телеканалу, который «почему-то», в случае надобности, глушил все остальные, выступил «и.о. Дудаева» — Зелимхан Яндарбиев. Он сообщил об «отказе вести переговоры» бандитской стороной и призвал чеченцев «уничтожать членов правительства Чеченской республики, сторонников этого правительства и всех русских, проживающих в республике», после чего заявил о необходимости «вести войну до победного конца» (52). С 9 по 12 июля федеральными силами была проведена операция в селе Гехи против отряда Д. Махаева, заместителя командующего войсками юго-западного направления НВФ. 11 июля Д. Махаев погиб в ходе боев. 11 июля на мине в районе села Гехи погиб заместитель командующего Северо-Кавказским округом ВВ МВД генерал-майор Н.В. Скрыпник. С 10 по 16 июля федеральные войска провели операцию в селе Махкеты, где располагался штаб 3. Яндарбие-ва. В селе была захвачена база подготовки НВФ. 13–16 июля федеральные войска проводили операцию в селах Аллерой, Центорой, Бачи-Юрт. 14 июля федеральные войска блокировали села Веденского района.
17–18 июля прошло заседание Совета обороны НВФ, после которого было заявлено, что принято постановление, которое «носит закрытый характер». 18 июля в 22.00 в Грозном на 1-м канале ТВ начал работу телепередатчик чеченских сепаратистов. 20 июля федеральные войска начали операцию в горах юго-западнее Шатоя, которая продолжалась до первой декады августа. 24 июля исполняющий обязанности командующего Объединенной группировкой К.Б. Пуликовский заявил, что переговоры с чеченской стороной «могут вестись только о прекращении сопротивления и сдаче оружия». В ночь на 26 июля произошло столкновение между федеральным и чеченским отрядами в селе Бамут. 31 июля 1996 года в ставке Масхадова в селении Старые Атаги Урус-Мартановского района состоялось совещание руководства бандформирований, на котором обсуждались тактический план нападения на Грозный, задачи отдельных отрядов в ходе операции. В разработке операции были использованы полученные ранее разведданные по обстановке в городе и размещению позиций российских войск. На совещании присутствовали: Яндарбиев, Басаев, Гелаев, ряд командиров крупных группировок.
Были намечены объекты первоочередного нападения, коридоры входа-выхода по линиям Алхан-Юрт — Грозный и Алхан-Кала — Грозный. В лесу у селения Алхан-Юрт был сформирован резервный отряд до 300 человек под руководством Джабы. В селениях Ермоловский, Гехи, Алхан-Кала позднее собрались около 200 боевиков из Сунженского и Наурского районов и Ингушетии. К началу августа 1996 года из проживавших в Чечне до воцарения там Дудаева 400 тысяч русских осталось не более 50 тысяч. Причем половина из них в Грозном, а остальные в Наурском и Шелковском (наиболее оппозиционных Дудаеву) районах. К началу августа произошли и некоторые кадровые изменения в руководстве федеральных сил.
Генерал-майор В. Шаманов уехал учиться в Москву — в Академию Генштаба, его место занял генерал-лейтенант К. Пуликовский (командир 67-го корпуса СКВО), а командующим Объединенной группировкой войск стал генерал В. Тихомиров (по штату — один из замов командующего войсками СКВО), который в конце июля уехал в отпуск, и руководство всей ОГВ фактически легло на плечи генерала К. Пуликовского. Ровно через 5 месяцев после первого штурма начался второй штурм Грозного, ставший копией предыдущего. Вновь о его подготовке все было известно заранее. Еще 1 августа 1996 года газета «Грозненский рабочий» напрямую сообщила, что боевики готовят штурм города. По словам Г. Трошева, «накапливание боевиков в пригородах Грозного началось задолго до августа, часть из них проникала в город под видом мирных жителей и беженцев. Таким образом, к началу операции они успешно выполнили первую задачу — блокировали части внутренних войск и подразделения милиции в местах дислокации, умело использовав недостатки в обороне города. Так, например, большинство блокпостов оказались зажатыми в узком пространстве между близлежащими домами, поэтому отряды боевиков могли свободно перемещаться по маршрутам, которые фактически не прикрывались блокпостами. Это позволило неприятелю сосредоточить внимание на захвате важнейших объектов города»
