К началу июня большая часть территории Чечни была очищена российской армией от формирований Дудаева. 3 июня федеральные войска овладели стратегически важным пунктом Ведено, где на протяжении нескольких последних месяцев располагались различные структуры военного командования чеченских НВФ: комендатуры, особый отдел, главный штаб, а также находился дом командующего Южным фронтом боевиков Шамиля Басаева. Боевые действия велись также у сел Аллерой, Махкеты, Агишты. После падения Ведено чеченская группировка оказалась разрезанной на две — Шатойскую и Ножай-Юртовс-кую. На этих направления и развернулись последние ожесточенные бои первой чеченской войны. 4 июня Б.Н. Ельцин подписал указ о формировании постоянно дислоцирующейся на территории Чечни 58-й общевойсковой армии (формирование которой завершилось 1 июня). 5 июня ожесточенные бои велись в окрестностях районных центров Шатой и Ножай-Юрт, а также села Бамут. Вечером 11 июня командование федеральными войсками высадило северо-восточнее Шатоя тактический воздушный десант, перекрывший возможные пути подхода боевиков. К вечеру 13 июня Шатой был полностью блокирован выдвинувшимися к нему подразделениями 324-го и 245-го мотострелковых полков. 13 июня федеральные войска заняли райцентры Шатой и Ножай-Юрт. Боевики, как пишут эксперты, «оставили населенный пункт». Это «оставление» представляется довольно загадочным (ведь подходы к Шатою, а стало быть, и выходы из него были блокированы). Шатой пал 14 июня, и с поднятием над ним российского флага, как сообщали официальные инстанции, «завершилась последняя фаза горной войны в Чечне». По словам А Квашнина, «в горах остались разрозненные группы наемников». Утром 14 июня 1995 года война в Чечне казалась оконченной.

В тот же день, 14 июня 1995 года, когда над Шатоем был поднят российский флаг, а война казалась оконченной, в городке Буденновск, находящемся в 220 километрах юго-восточнее Ставрополя, сотрудники Буденновской ГАИ препроводили к зданию местной милиции два подозрительных КамАЗа. Вместо заявленного «груза-200» в кузовах оказались около 50 чеченских боевиков из «абхазского батальона» во главе с Шамилем Басаевым, оружие и ящики боеприпасов. В городе их уже ждали «неизвестно как попавшие туда» свои люди. В совокупности под началом у Басаева оказалось более 150 боевиков.

В прачечной городской больницы их ждал склад боеприпасов и вооружения. До сих пор неизвестно, почему все сведения российской разведки сообщали, что именно в тот момент Шамиль Басаев и его люди «были блокированы в непроходимом ущелье Дарко на юге Чечни» и только мечтали о том, как спасти свою шкуру, смывшись в Азербайджан через территорию Дагестана. Тем более неизвестно, как вооруженным до зубов бандитам в камуфляже удалось проехать 150 километров по Ставропольскому краю, пройдя 70 российских блокпостов?! Выскочившие из машин бандиты начали стрельбу по безоружным людям. Операция была тщательно спланирована и осуществлена.

От расстреливавших безоружных сотрудников милиции (у которых был обеденный перерыв, поэтому, не говоря об автоматах, под рукой не было даже табельного оружия) боевиков отделилась группа, которая, расстреливая автоматическими очередями мирных жителей, отправилась к зданию местной администрации. Над его крышей бандиты подняли зеленый флаг «республики Ичкерия». Среди трупов, отмечавших путь следования убийц, были женщины и дети. Группа российских вертолетчиков из находящегося рядом авиагородка, бросившаяся в Буденновск, была уничтожена из гранатомета, оставшихся в живых добили из автоматов. После этого обе части басаевцев соединились.

Они вели с собой захваченных на улицах города людей, которыми прикрывались как живыми щитами. За полтора часа до этого в Буденновск зашел с юга зеленокумский оперативный полк, а с северо-запада высадился спецназ. Но приказа действовать они так и не получили. Наконец, не дожидаясь приказа, они сами начали зачистку города. Но было уже поздно. Организованно отступив, бандиты уже сосредоточились в городской больнице, которая сразу же превратилась в опорный пункт, а все больные и приведенные из города люди — в заложников. Вместе с врачами и больными под дулами автоматов оказались около 3000 человек. Над зданием больницы тоже взвился зеленый флаг «Ичкерии».

Укрепившись в больнице, бандиты выдвинули свои требования, состоявшие в немедленном прекращении огня, выводе российских войск из Чечни и начале переговоров. Для большей «вескости» своих требований они расстреляли пятерых заложников и сожгли живьем из огнемета заложницу Галину Гаранжу. Вечером того же дня направленные в Буденновск российские воинские части взяли территорию больницы в кольцо. Наутро, 15 июня 1995 года, в Буденновск прибыли сотрудники спецгрупп «Альфа» и «Вега». Оказалось, что Басаев уже знал об их прибытии! Он заявил, что в случае штурма за каждого своего раненого он будет расстреливать по пять заложников, а за убитого — по десять, и добавил, что конечным пунктом его рейда была Москва. По словам Басаева, в результате бомбежек федеральной авиации он потерял в горах Чечни близких родственников и теперь хотел захватить в российской столице несколько жилых многоэтажек, предоставив возможность авиации побомбить москвичей. Осуществить замысел, с точки зрения Басаева, помешала жадность милиционеров, требовавших с его людей на постах крупные взятки.

Свои требования к федеральным властям Басаев свел к одному пункту: прекращение военных действий в Чечне. В это время готовившиеся к штурму «альфовцы» насчитали пять точек крупнокалиберных пулеметов ДШК и более десяти снайперских постов. Все они замаскированы по всем правилам военного искусства. В здании больницы была профессионально организована круговая оборона. Кроме того, разведка установила, что у басаевцев имелось несколько тяжелых станковых пулеметов и даже станковые гранатометы, способные уничтожить крейсер; они пользовались биноклями и прицелами ночного видения и японскими средствами связи с шифраторами. У «Альфы» подобного оснащения не было и близко.

На наиболее вероятные участки атаки Басаев установил взрывчатку — тротил и кислородные баллоны из больничных запасов, а также мины направленного действия МОН-50, которые даже еще не поступили на вооружение российской армии! Кроме того, разведка показала, что бандитов больше, чем бойцов «Альфы» и «Беги» вместе взятых (одних только «альфовцев» было 130 человек).