«Внезапные» нападения боевиков на колонны ФС стали началом диверсионно-террористических действий, постепенно обретавших черты «классической» партизанской войны. Существенным фактором стала и начавшая появляться весной «зеленка». Федеральные силы в Чечне также изменили тактику ведения боевых действий в связи с появлением зеленого покрова в горах. Больший акцент был сделан на ведение упреждающей разведки и нанесение поражающих огневых комплексных ударов по выявленным группам и базам бандформирований. По словам генерал-полковника В. Манилова, «преувеличенные надежды боевиков на «зеленку» и домыслы, что они смогут развернуть партизанскую войну, ничего общего с действительностью не имеют». Он объяснил это тем, «что партизанская война базируется не на зеленке, а на поддержке населения, а такой поддержки у боевиков нет». Тем не менее нельзя не согласиться со словами К. Мяло (75), что война явно перетекала в новую форму — без выраженной линии фронта, без четкого представления у российского командования о численности боевиков и их вооруженности, с нарастанием удельного веса вмешивающихся в ход событий «теневых» факторов. Этот ход свидетельствовал, что прозвучавшее еще в феврале заявление Масхадова о начале широкомасштабной партизанской войны против российских войск по всей территории республики, включая районы, которые уже перешли под контроль федеральных сил, не было простой фанфаронадой. Тогда помощник исполняющего обязанности президента РФ Сергей Ястржембский назвал это заявление «выпусканием пара в пропагандистской войне», а Валерий Манилов-«блефом». Насыщенный столь тяжелыми событиями март и начало апреля показали, что это было далеко не так. И, однако, в начале апреля первый замначальника Генштаба сообщил, что войсковая часть операции в Чечне завершена; 100-тысячная группировка федеральных войск сокращена до 80 тысяч. Несмотря на заявления высокопоставленных представителей федерального центра о завершении воинской операции, боевые действия в Чечне продолжались. В горной и предгорной частях Чечни федеральным силам, по словам генерала В. Манилова, противостояло до 2 тыс. боевиков. До 400 бандитов оставались в Грозном, прячась в подземных коммуникациях, а с наступлением темноты совершая вылазки с целью обстрелов блокпостов ФС. В середине апреля 2000 года в Урус-Мартановском районе возобновили свои действия боевики «бригадного генерала», разжалованного Масхадовым в рядовые, Арби Бараева, примерная численность которых определялась в 300 человек. В Шатойском активизировался Гелаев. Одновременно, по информации Би-би-си, Ястржембский дал понять журналистам, что на протяжении всей кампании Москва поддерживала контакты с Масхадовым. 10 апреля боевики из Самашкинского леса (т. е. продвигаясь с юга на север) обстреляли вертолет МИ-8, а в Веденском районе разведка федеральных сил обнаружила вновь созданные укрепления боевиков; их уничтожили ударами авиации и артиллерии. В тот же день «министерство иностранных дел Ичкерии» обнародовало заявление за подписью главы ведомства И. Ахмадова. В нем говорилось, что «правительство Ичкерии готово немедленно объявить мораторий на боевые действия и без всяких предварительных условий начать переговоры с российской стороной об урегулировании вооруженного конфликта». Чеченскую сторону «устраивало», чтобы «на переговорах посредником была миссия ОБСЕ». Масхадов неоднократно обращался к федеральным властям с предложением начать переговоры по мирному урегулированию, в случае начала которых он был готов предоставить Москве «документы о взрывах в четырех российских городах». В телефонном интервью «Немецкой волне» А. Масхадов дал свою оценку происходящему на Северном Кавказе. В частности (говоря о причинах начала войны), он сказал, что главная причина — «это спор кремлевской администрации, финансовой олигархии — людей, которые хотели прийти к власти, а также здешних провокаторов». По словам А. Масхадова, начало войны «было профинансировано олигархами России (в первую очередь Березовским), а с чеченской стороны — это Удугов и Басаев». 13 апреля в рамках проведения спецоперации по задержанию чеченских «полевых командиров» спецгруппа ФСБ задержала в Шалинском районе главу администрации А. Масхадова «бригадного генерала» А. Баталова. С декабря 1996 года он исполнял обязанности начальника главного штаба чеченских НВФ, в июле 1997 года был назначен руководителем национальной службы безопасности, а через год возглавил «администрацию президента Ичкерии». После задержания А. Баталова доставили в «Лефортово», где содержался С. Радуев. Тогда же, по данным федеральных сил, у селения Чири-Юрт сдались в плен более 50 боевиков.

18 апреля в горных районах Чечни (Ножай-Юртовском, Веденском и Шатойском районах) началась операция по уничтожению бандформирований Басаева и Хаттаба. В течение апреля в эти районы стягивались небольшие по численности отряды боевиков, уцелевших в боях с ФС. Здесь Басаев и Хаттаб занимались перегруппировкой своих сил и созданием в горных пещерах баз с запасами вооружения, боеприпасов, продовольствия. Накануне проведения операции в Итум-Калинский район был переброшен мотострелковый полк из состава 42-й дивизии постоянной дислокации. 23 апреля на тыловую колонну 51-го полка Тульской дивизии ВДВ в составе 22 машин с разведдозором, охранением и вертолетами огневой поддержки южнее Сержень-Юрта (у хутора Биной) было совершено нападение отрядов боевиков (численностью до 50 человек) под командованием А. Валида и А. Джафара. 5 грузовиков и топливозаправщик подорвались на радиоуправляемых фугасах. Бой длился около 3 часов. В район нападения были вызваны подкрепление и боевые вертолеты. В ходе боя 15 десантников погибли, 6 были ранены. Боевики потеряли более 20 человек убитыми. Ястржембский пояснил, что нападающие «использовали складки местности…», но из этого «потока сознания» вряд ли можно что-либо извлечь для понимания произошедшего. 24 апреля Хаттаб пообещал, что в начале мая в различных местах будут совершены теракты, а 25 апреля вновь между селениями Дубай-Юрт и Ярыш-марды (у входа в Аргунское ущелье) на объединенную колонну ФС, состоявшую из подразделений разведывательного батальона и мотострелковой роты, из засады напал отряд чеченских боевиков. Группа ФС выполняла боевую задачу по разведке маршрута от Урус-Мартана до Шатоя. По словам первого заместителя начальника Генштаба, благодаря своевременным и слаженным действиям российских военных, в течение полуторачасового боя большая часть боевиков была уничтожена. Потери федеральных сил составили: 1 человек ранен, повреждена 1 единица боевой техники. Как ни странно, именно в этот же день Валерий Манилов в очередной раз объявил о завершении войсковой части операции (разумеется, это никак не повлияло на ход событий), а первый заместитель начальника Генштаба ВС РФ объявил о потерях боевиков за период контртеррористической операции в Дагестане и Чечне. Федеральные силы, по его данным, уничтожили около 13,5 тыс. боевиков. По его же словам, в «последнее время ежедневно уничтожалось от 30 до 50 бандитов». 27 апреля у селения Сержень-Юрт (у входа в Веденское ущелье) произошло очередное столкновение поисково-спасательной группы внутренних войск МВД РФ с отрядом боевиков под командованием А. Адама (численностью до 60 человек). В ходе боя с превосходящими силами противника (в 2 раза) погибли 10 российских военнослужащих. Среди погибших числится командир батальона, подполковник Шевелев.

С 1 по 11 мая 2000 года порядок передвижения по Чечне гражданских лиц и автомобильного транспорта был ужесточен. Повышенные меры безопасности были предприняты командованием ОГВ с целью предотвращения терактов во время проведения праздничных майских мероприятий. Авиация ФС и артиллерия нанесли ряд ударов по базам и вооруженным формированиям боевиков в южных районах Чечни (Аргунское и Веденское ущелья, Ножай-Юртовский район). Обстрелу подверглись окрестности селений Танги, Алхан-Хутор, Маскеты и Халкиной. 3 мая, по данным российской стороны, у селения Автуры попал в засаду и был уничтожен небольшой отряд боевиков.