В развернутых Хаттабом лагерях проходили подготовку не только чеченцы, но и жители Средней Азии, уйгуры из Синь-цзяньского округа КНР, крымские татары, албанцы, жители мусульманских регионов России и даже этнические славяне. Большая часть «выпускников» вливалась в отряды Хаттаба-Басаева, другие возвращались на постоянное место жительства с заданием создавать террористические группы и ждать сигнала. Отряды боевиков по уровню подготовки и оснащению были вполне сопоставимы с армейскими подразделениями. Они могли не только осуществлять террористические акты и вести партизанскую войну, но также были готовы к наступательным действиям с целью захвата и удержания территории. Эти «интернациональные бригады» чувствовали себя в Чечне полновластными хозяевами, что не могло не раздражать местное население, с недоверием относящееся ко всем чужеземцам.

К началу 1999 года в Чечне сложились две крупные группировки, претендовавшие на реальную власть. 1-я группировка «традиционалистов» (финансировавшаяся в основном Турцией) сложилась вокруг Масхадова и жила на проценты с российско-азербайджанского нефтепровода. Время от времени «промосковский» Масхадов слегка шантажировал Кремль, чтобы увеличить свою долю. 2-ю группировку «ваххабитов» (финансирующуюся Саудовской Аравией и другими арабскими странами) возглавили Басаев и Хаттаб. Их люди специализировались в основном на наркотиках, торговле оружием, похищении людей и т. п. Необходимо отметить, что внутренний раздел бандитов прошел не только по линии «турки» — «саудовцы». Дело в том, что одним из важнейших, но практически никем незамеченным, результатом гражданской войны в Чечне 1994-96 гг. стала трещина, появившаяся в кланово-тейпо-вой системе чеченцев, складывавшейся на протяжении столетий. Вперед выдвинулись молодые главари, главари по воле случая и удачи, зачастую происходившие из весьма незнатных родов. В то же время чеченские старейшины определенным образом, не без помощи Кремля, скомпрометировали себя. Например, они ратовали за мирное решение и подписывали соглашения об отказе в помощи бандитам взамен за признание их селений лояльными. Потом федеральные силы «вдруг» наносили удар по этим селениям. Исполнители выполняли приказ — им сказали, что в селении бандиты и их необходимо уничтожить, а вот отдавшие такие приказы (в основном напрямую из Москвы) убивали одновременно двух зайцев: превращали лояльных чеченцев во врагов и подрывали авторитет старейшин, играя на руку «молодым командирам» типа братьев Басаевых.

Масхадов принадлежит к одному из самых знатных тейпов Чечни. Бывший председатель КГБ Владимир Крючков называл Аллерой «оплотом сепаратизма». Свою историю Аллерой ведет от мифических ичкерийских тейпов племени нохчмакхой. По преданию, в незапамятные времена они спустились с гор и основали Чечню. Несмотря на такую родословную, Масхадов при власти чужака Хаттаба и «русского» Басаева не мог реально руководить делами своего дворца и при надобности сходить на рынок, не опасаясь быть похищенным с целью получения выкупа. Реально Масхадов мог рассчитывать лишь на Национальную гвардию, которая насчитывала тысячу человек, а также созданную вместо печально известного ДГБ («чеченского Гестапо») Национальную службу безопасности. Иное дело — Хаттаб, Басаев и другие влиятельные полевые командиры. Они обладали реальной властью, ибо располагали военной силой и деньгами, получая крупные финансовые средства из-за рубежа и контролируя значительную часть нефтяных промыслов Чечни. В частности, Хаттаб доказал, что человек пришлый, без роду и племени, но обладающий деньгами и реальной военной силой способен диктовать свои условия. Дошло до того, что человек, организовавший на «президента Ичкерии» покушение, — Арби Бараев, пользовавшийся покровительством Хаттаба, избежал наказания и спокойно продолжал обделывать свои дела на территории бандитской республики. Чашу терпения ваххабитов переполнило выступление Масхадова по местному телевидению, в котором тот объявил войну адептам «чистого» ислама и пообещал «выбросить за пределы республики» тех, «кто приехал сюда насаждать чуждую чеченскому народу идеологию». 23 июля 1998 года Масхадов в своем бронированном «Мерседесе» отправился на работу. Около 11 часов на Старопромысловском шоссе на пути колонны произошел взрыв. Масхадову удалось выскочить из загоревшейся машины. Он отделался лишь ушибом колена. Из кортежа больше всего пострадал следовавший сзади автомобиль сопровождения. Трое охранников получили тяжелые осколочные ранения. На месте скончался личный телохранитель Масхадова. Конфликт между «старшими» и «младшими» командирами вырастал с 1996 по 1999 год и в итоге персонифицировался в противостояние Масхадова и Басаева. Когда сторону героя буденновского родильного дома, в конце концов, приняли «вице-президент» Ваха Арсанов и бывший «президент» Зелимхан Яндарбиев, стало очевидным, что «командиры» победят. Упования на Запад в «ичкерийском» руководстве сменяются резко, подчеркнуто выраженной антизападной ориентацией. Публичные заявления по этому поводу делают и Яндарбиев, и главный идеолог Удугов, срочно создавший движение «Исламская нация» и прямо заявивший о возможности объединения Дагестана и Чечни в единое государство. К июлю-августу 1999 года, перед самым началом новой гражданской войны на Северном Кавказе, Масхадов контролировал реально только Грозный, да и то не весь.

Первые «залпы» будущей войны прозвучали уже весной 1998 года. Тогда большая толпа экстремистов и просто недовольных, ведомая Надиром Хачилаевым (депутат Государственной Думы по списку движения «Наш дом — Россия» Виктора Черномырдина), захватила и разгромила здание Госсовета, парламента и правительства Дагестана. Российский флаг был сброшен. На крыше появился зеленый флаг. Готовя мятеж, Хачилаев рассчитывал с помощью ваххабитов захватить в республике власть и диктовать Москве свои условия. Неизвестно, выполнял ли он приказы из Грозного или же вел свою сложную игру.

Сложилась тяжелая, если не сказать критическая ситуация. Местные правоохранительные органы, не чувствуя поддержки Центра, проявили нерешительность и без приказа «сверху» боялись дать жесткий отпор мятежникам. Те, естественно, почувствовали слабину и попытались оседлать власть, заставив ее капитулировать под напором «народной стихии». И тогда свое веское слово сказали лидеры общественного движения Дагестана. Они сформировали отряды народного ополчения и выступили против мятежников. Выдающуюся роль в этом сыграл мэр Махачкалы Сайд Амиров. Его решительно поддержал муфтий Дагестана Сайд Мухаммад хаджи Абубакаров. Имамы и муллы потребовали поставить ваххабитов вне закона. Напор ваххабитов на традиционный ислам и, конкретнее, суфийские ордена на Северном Кавказе (которые, по словам бывшего министра иностранных дел, иорданского чеченца Шамиля Бено, «коррумпированы и не способны представлять истинные интересы правоверных») побудил традиционное духовенство Дагестана и Чечни предпринять попытку консолидации антиваххабитских сил.

С этой целью в Грозном был созван конгресс мусульман Чечни и Ингушетии, на котором было принято общее заявление, осуждающее деятельность ваххабитов и призывающее органы власти Северного Кавказа объявить ваххабизм вне закона, а также немедленно расформировать вооруженные группировки проваххабитского характера. Масхадову предлагалось избавиться от «представителей администрации президента и правительства, морально и материально поддерживающих это экстремистское течение». Кроме того, в Дагестане фактически сформировался народный фронт против экстремистов. Люди были готовы раз и навсегда покончить с бандитами, прикрывающихся зеленым знаменем Пророка. Но федеральный центр в лице тогдашнего шефа МВД Сергея Степашина проявил слабость и нерешительность. Во избежание кровопролития власти отказались от силовых мер воздействия. Мятежников-ваххабитов отпустили с миром. В ваххабитских оплотах, селах Карамахи и Чабанмахи, их встретили как победителей. Исполняя решения шариатского суда 20 мая 1998 года жители Карамахи по приказу из Грозного разгромили милицейский пост и забрали оружие. Республиканские власти арестовали несколько человек, но, чтобы не накалять страсти, предоставили ваххабитам возможность жить, как они хотят. Те не замедлили с ответом. 5 июля на сходе в селении Карамахи ваххабиты провели собрание так называемого Исламского Джамаата, в котором приняли активное участие эмиссары Хаттаба и Басаева (на тот момент «вице-премьера правительства Ичкерии»). Именно они направляли бушующие эмоции в конкретное организационное русло. На этом сходе было решено отделиться от России и Дагестана, создать «суверенное исламское государство» и просить помощи в соседней Чечне. На одной из господствующих высот было водружено зеленое знамя. На всех ведущих в села дорогах появились шлагбаумы, посты боевиков и щиты зеленого цвета с грозной предупреждающей надписью: «Стой! Здесь действуют законы шариата!»