Для королевы мысль о том, что ее племянница восстанет против брака, который поможет закрепить одну из главных целей всех анжуйских королей и, кроме того, принесет мир и стабильность королевству, была немыслимой. И вот 16 января 1364 года Жанну привезли в дом Роберта Тарентского, где герцогиня Дураццо сдалась перед компанией, состоявшей из ее тети, королевы, ее матери Марии и ее дяди, императора, и согласилась выйти замуж за Федериго III. Казалось, что союз Неаполя с Сицилией все-таки спасен.

А на следующий день неожиданно умер кардинал Талейран Перигорский.

Скорость, с которой папский двор изменил свое мнение о браке Жанны, была поразительной. В одночасье Урбан, который до этого момента был занят умиротворением Талейрана, оказался внезапно освобожден от этой неприятной обязанности, что оставляло широкие возможности для, теперь уже главенствующего в курии, кардинала Ги Булонского. 27 февраля, через десять дней после кончины кардинала Перигорского, Урбан написал Иоанне письмо, в котором приказал ей освободить Жанну из-под стражи, чтобы позволить ей выйти замуж за Аймона, угрожая санкциями, если королева не подчинится его приказу. В конце апреля под нажимом кардинала Урбан подписал буллы, отлучающие и Иоанну, и Марию от Церкви за то, что они не позволили Жанне выйти замуж за того, кого она пожелает, и отправил их архиепископу Неаполитанскому для обнародования. Однако архиепископ не осмелился представить буллы при дворе. "Поскольку нет большего зла, чем злодеяние женщины, особенно этих двух, и по правде говоря, я теперь начинаю бояться, прежде всего потому, что они делают такое приветливое лицо, когда видят меня: с Пасхи королева четыре раза приглашала меня отобедать с ней, и я всегда с оправданиями вынужден был отказываться!"[284] В конце концов, королевству пригрозили интердиктом за отказ разрешить Жанне выйти замуж за Аймона. Как писал кардинал Булонский Никколо Аччаюоли: "И по правде говоря, мой дорогой друг, до сих пор мы не слышали, чтобы в стране какого-либо другого государя в христианском мире людей силой принуждали к браку"[285], — потрясающее заявление, которое, без сомнения, вызвало бы большой интерес у многочисленных владетельных дворов Европы, если бы Курия сочла нужным сообщить им о нем.

После того как брачные договоренности были сорваны, общественное мнение на Сицилии переметнулось от латинской партии к оппозиции. Ободренная очевидной слабостью Неаполя и оскорбленная пренебрежительным отношением Жанны к своему жениху, каталонская партия нанесла удар. 1 июня 1364 года войска Федериго III захватили Мессину, получив помощь изнутри самого города. Падение Мессины положило конец господству латинской партии, перспективному брачному союзу и короткому правлению Иоанны в качестве королевы Сицилии.

Ошеломленная и разъяренная, правящая элита Неаполя ополчилась на архиепископа. 18 июня самые высокопоставленные бароны и придворные, при полном одобрении королевы, направили Папе коллективное письмо в весьма резких формулировках, в которой жаловались на вмешательство в дела королевства и называли архиепископа "великим обманщиком, который совратил одного человека лестью, другого — обещаниями… [который] сумел воспрепятствовать браку герцогини с Федериго, разрушив все надежды на мир и спокойствие в королевстве… [Далее дворяне поклялись] до последнего сопротивляться браку Жанны Дураццо с Аймоном Женевским"[286]. Ги Булонский дал отпор, убедив Урбана прислать папского легата, который прибыл в королевство в начале июля с новыми буллами, отлучающими Иоанну и Марию от Церкви, если Жанна не будет передана под папскую опеку до 20 августа. Буллы были обнародованы в столице 11 июля. Вечером того же дня Иоанна холодно сообщила легату Урбана, что герцогиня Дураццо находится под опекой своей матери, а не королевы. Мария, разгневанная таким вмешательством в то, что она считала частным семейным делом, обрушилась на архиепископа в присутствии папского легата, а затем приказала своим слугам напасть на дворец архиепископа и похитить двух его слуг, которые впоследствии были спасены другими церковниками. Столкнувшись с такой открытой враждебностью, архиепископ счел благоразумным отступить и бежал из королевства. Папский легат дождался крайнего срока — 20 августа, и когда Жанна не была отпущена под его опеку, он объявил отлучение и наложил на королевство интердикт. Затем он тоже бежал.

Наперекор папскому двору Жанна, 23 ноября 1365 года, "по совету королевы Иоанны, ее тетки и… ее матери [Марии]"[287] была обручена с младшим братом Карла Злого Людовиком Наваррским, а в следующем году вышла за него замуж. "18 июня 1366 года Людовик Наваррский вошел в гавань Неаполя с тремя галерами и на следующий день женился на Жанне, герцогине Дураццо, и в ту же ночь переспал с ней"[288], — сообщается в официальной хронике. Со своей стороны, Аймон Женевский, не сумев добиться руки Жанны, отправился, в 1366 году в Константинополь, чтобы принять участие в крестовом походе против турок. Хотя летом 1367 года Аймон благополучно вернулся в Венецию, по дороге домой в Женеву он заболел и умер 30 августа. Мужа Жанны также постигло несчастье: желая утвердить свою власть над владениями своей жены, он нанял вольную компанию наваррских наемников и в 1372 году начал подготовку к нападению на город Дураццо, перешедший в руки врага. Но не успел он прибыть в порт, как заболел или был ранен (сведения разнятся) и вскоре умер.

Однако истинной жертвой вмешательства Святого престола  в брачные дела, несомненно, стало Неаполитанское королевство, которое потеряло единственный шанс удержать свои долгожданные территориальные приобретения на Сицилии. К 1372 году Иоанна была вынуждена признать главенство каталонцев на острове и подписать мирный договор с Федериго III. Хотя королеве удалось выторговать ряд условий по которым Федериго III обязался не использовать титул "король Сицилии", который Иоанна оставляла за собой и своими наследниками, а именоваться "королем Тринакрии"; выплачивать ежегодную дань Неаполитанской короне в размере 3.000 унций золота, что составляло около половины суммы, необходимой Иоанне для ежегодной выплаты Церкви в рамках первоначального договора с Карлом Анжуйским, договор, тем не менее, представляло собой окончательный отказ от неаполитанских амбиций на Сицилии. 31 октября 1372 года этот договор был еще более изменен в ущерб Неаполю Папой, который потребовал, чтобы Сицилия перешла под его власть и чтобы и Иоанна, и Федериго принесли Церкви оммаж за остров. Согласие Федериго на это и другие папские условия привело к тому, что 30 марта 1375 года он был коронован как король Сицилии и в дальнейшем пользовался этим титулом, а не титулом короля Тринакрии. Поскольку Иоанна также сохранила за собой титул королевы Сицилии, это могло вызвать некоторую путаницу, но средневековый мир не отличался находчивостью и легко разрешил эту проблему, просто придумав название Королевство обеих Сицилий — гениальное решение, которое сохранялось в течение следующих пятисот лет.

Несмотря на отлучение от церкви, противостояние в связи с браком герцогини Дураццо представляло собой явную аномалию в отношениях королевы с Папой. Почти во всех остальных вопросах Иоанна неуклонно сотрудничала с Урбаном. В основе этого сотрудничества лежали общие цели и понимание сложившейся политической ситуации. Каждый из них признавал в другом сторонника того, что оба считали важнейшей проблемой эпохи: необходимости возвращения папского двора в его прежнюю резиденцию в Италии.

Возвращение в Рим было заветной целью понтификата Урбана. Он считал, что почти все беды, обрушившиеся на Италию, связаны с переездом папского двора в Авиньон, и, конечно, лучшим способом использовать значительные военные достижения кардинала Альборноса было возвращение под власть Папы патримония Святого Петра. Урбан знал, что его план встретит яростное сопротивление как со стороны Священной коллегии кардиналов, большинство членов которой были французами, так и со стороны европейских государей, таких как король Франции, который привык оказывать значительное влияние на церковную политику в силу близости Авиньона к французской столице. Чтобы осуществить свою мечту, Урбану нужны были влиятельные союзники в Италии, готовые оказать материальную поддержку в виде кораблей для переезда  папского двора, солдат для охраны его членов и проведения в жизнь его политики после прибытия в Рим.