Поддерживала ли Иоанна изначально план своего мужа лишить наследства Дураццо и женить его брата на Марии или была вынуждена подчиниться его желанию, потому что он угрожал ей физической расправой, внезапно перестало иметь значение; опасность, угрожавшая ее королевству, заставила королеву мгновенно перейти в лагерь дома Таранто. Филипп Тарентский был немедленно отправлен к Ги Булонскому в Авиньон, чтобы доложить о сложившейся ситуации и узнать, что можно сделать для улучшения отношений Иннокентия VI с королевским двором. Не имея наличных денег, Филипп был уполномочен предложить Жанне Дураццо, старшей дочери Марии, "возможно, самой богатой наследнице в Южной Италии"[207], выйти замуж за брата Ги Булонского, Жоффруа, в попытке обеспечить поддержку кардинала. Это предложение было принято кардиналом, который немедленно приступил к лоббированию интересов дома Таранто. Кроме того, королева отправила во Флоренцию и Тоскану Никколо Аччаюоли, который вернулся с Сицилии, чтобы помочь справиться с кризисом и собрать войска для контрнаступления на вражеский оплот в Апулии.

Усилия Ги Булонского убедить Папу вмешаться на стороне дома Таранто совпали с недовольством Иннокентия выходками Роберта Дураццо. Талейран пытался выступить посредником, но племянник его не слушал, и влияние кардинала соответственно ослабевало. Понтифик потребовал от Роберта Дураццо отпустить пленника и сдать захваченный замок, а когда тот отказался это сделать, Иннокентий 2 мая инициировал процедуру отлучения его от Церкви. Папа также осудил мятеж Людовика Дураццо и 20 мая снял интердикт с Неаполя, тем самым лишив мятежников всякой надежды на то, что вольная компания действует под эгидой Церкви. Когда Иоанна и Людовик Тарентский издали прокламацию, в которой просили сенешаля Прованса собрать силы и выступить против Роберта Дураццо, Папа одобрил их действия, отправив личного представителя в Ле-Бо для участия в осаде замка. Прошло два месяца, но в конце концов провансальские войска захватили Ле-Бо и доставили Роберта Дураццо в Авиньон. Поскольку его перспективы при папском дворе значительно угасли, он почти сразу же отправился в Париж, чтобы узнать, как можно улучшить свое положение, поставив свои способности военачальника на службу королю Франции.

Безуспешно попытавшись собрать войска усилиями Никколо, Ионна и Людовик начали переговоры с мятежниками и в следующем году достигли таки компромисса. Король и королева пообещали передать имущество дочерей Марии сначала ее мужу, Филиппу Тарентскому, а затем от Филиппа Людовику Дураццо. Они также согласились выплатить вольной компании денежное вознаграждение за мирный уход из королевства. В конце июля 1356 года, когда кризис был преодолен, компания покинула свою крепость и медленно двинулась к границам королевства.

Но далеко она не ушла. К августу вольная компания, при тайном покровительстве безжалостно честолюбивой миланской семьи Висконти, нашла себе новое занятие, совершая набеги на поселения вокруг Чезены в центральной Италии, всего в нескольких днях пути от границ Неаполитанского королевства.

Как только угроза со стороны Людовика Дураццо и вольной компании миновала, захват острова Сицилия вновь стал главной задачей правительства Иоанны. В сентябре 1356 года Никколо Аччаюоли, решив на этот раз завершить завоевание, которое он был вынужден ранее приостановить, направил свой небольшой флот прямо в порт Мессины, все еще находившийся под контролем каталонцев. Поскольку великий сенешаль не забыл захватить с собой еще три баржи с зерном, ему не составило труда покорить город, который к ноябрю открыл ворота для захватчиков и их провизии.

На самом деле, каталонская партия была в замешательстве еще до повторного появления неаполитанских военных кораблей. За время отсутствия  Аччаюоли чума снова поразила остров, причем на этот раз она забрала и главу каталонской партии, и молодого короля Сицилии Людовика. Наследство перешло к четырнадцатилетнему брату покойного, Федериго III, впоследствии известному как Федериго Простой, и это прозвище более или менее точно описывает проблему каталонцев. Не имея сильного лидера, каталонская партия распалась на враждующие группировки, что серьезно снизило ее военную и политическую эффективность.

Репутация великого сенешаля как военачальника и государственного деятеля, напротив, росла, пока он отсутствовал. Пять лет спустя, в 1361 году, Никколо напишет: "У сицилийцев сложилось такое впечатление обо мне (и я хотел бы соответствовать ему), что, увидев меня лично в Мессине, они испугались этого впечатления больше, чем действительности"[208]. Когда неаполитанцы вошли в Мессину, они обнаружили, что их каталонские противники бежали с такой поспешностью, что оставили в городе двух сестер Федериго III, которых Никколо взял под "учтивую опеку"[209] в королевском замке. Победа неаполитанцев была настолько убедительной, а их захват бывшей цитадели врага — настолько прочным, что Людовик Тарентский почувствовал себя достаточно уверенным, чтобы в следующем месяце тайно посетить Мессину. Убедившись в том, что Сицилия действительно покорена, король Неаполя драматично открыл свою личность местным жителям и даже,  под всеобщее одобрение, проплыл вдоль побережья торжественно помахав своим новым подданным с палубы королевской галеры.

Так был подготовлен один из величайших триумфов в долгом правлении Иоанны. В декабре королева Неаполя сама отплыла на Сицилию. 24 декабря 1356 года она и Людовик Тарентский вместе со своим двором вошли в Мессину, и уже на следующий день их официально провозгласили королем и королевой Сицилии. После этого новые государи приняли оммаж от местной аристократии, в подавляющем большинстве связанной с их союзниками из латинской партии, а один из кузенов Федериго III сменил политическую ориентацию и покорился Иоанне и Людовику.

Запланированное включение Сицилии в состав Неаполитанского королевства, кропотливо обговоренное в месяцы, предшествовавшие церемонии коронации, продемонстрировало острую политическую изощренность обеих сторон. Несмотря на более чем полувековой конфликт, правительству Иоанны хватило здравого смысла отнестись к своему бывшему врагу с уважением и великодушием. Сицилийцы, представленные латинской партией, попросили, чтобы Иоанна и Людовик посещали Сицилию каждые три года, с целью контроля ситуации на острове, а также, чтобы ведущие члены латинской партии были приглашены в качестве советников в Неаполитанское королевство, дабы остров стал равноправной частью королевства, а не оставался просто придатком. Корона согласилась на эти условия, оговорив лишь, по рекомендации Никколо, оставить за собой право назначать чиновников для управления островом, как это делал королевский сенешаль в Провансе. Латинская партия согласилась на это, при условии, что все администраторы будут выбираться из ее рядов. Таким образом, каталонская партия фактически лишалась всех прав, и оказалась в скрытой оппозиции, но ожидать иного от средневековых правителей в той ситуации, что сложилась на острове, было нельзя.

На Рождество 1356 года Иоанна добилась долгожданного завоевания острова Сицилия — заветной цели, которой не удавалось достичь ее отцу, деду и прадеду. Только Карл Анжуйский, легендарный основатель династии, владел тем, чем ныне владела Иоанна, получал почести от местного населения, какие были оказаны королеве, был признан государем, как признали ее. Несмотря на огромные прежние затраты людских и финансовых ресурсов, никто другой из ее семьи даже близко не подошел к этому. Лично для Иоанны этот триумф должно быть стал ошеломляющим, ведь не было лучшего способа оправдать свое правление и веру в нее деда, чем вернуть Сицилию в состав королевства.