По окончании пыток Уго отвез своих измученных и изуродованных пленниц (Филиппе было за шестьдесят, а Санция была беременна) в замок герцога Дураццо, чтобы не лишать союзников удовольствия допросить своих бывших политических противников. После этого они провели ночь под пытками устроенными Карлом Дураццо в потайных камерах подземелья. Наконец, посланному Иоанной эмиссару, который выразил самый решительный протест против такого обращения с придворными королевы, удалось на следующее утро вырвать подозреваемых у герцога с помощью верной королеве рыцарской гвардии. Но и тогда пленников перевели не в Кастель-дель-Ово, как было решено изначально, а, что еще более зловеще, в замок Капуано, ту самую тюрьму, в которой раньше содержались осужденные братья Пипини.

Выдача этих придворных, ранее входивших в число самых богатых и влиятельных вельмож королевства, означала явную победу противников королевы. В результате произошедших беспорядков Людовик Тарентский был вынужден отступить с оставшимися войсками на север, в Капую, оставив столицу под контролем своего соперника. Несмотря на резкие возражения Иоанны, Роберт воспользовался обретенной властью и переехал к ней в Кастель-Нуово, а вскоре после этого начал издавать королевские эдикты. Его первый эдикт, опубликованный 25 марта, предписывал арестовывать и изгонять наемников, сражавшихся на стороне его брата. 4 апреля этот эдикт был подкреплен вывешенным на дверях всех главных зданий городов, включая соборы Неаполя и Аверсы, уведомлением, запрещающим любому гражданину королевства подчиняться приказам Людовика. В то же время Роберт настоятельно просил Папу поскорее выдать ему разрешение на брак с Иоанной, утверждая, что эта необходимость вызвана недавними беспорядками в городе и другими неотложными государственными делами.

Королева упорно сопротивлялась своему кузену. Она отправила к Папе тайных эмиссаров, которым поручила передать свой непреклонный отказ от брака с Робертом. Из Кастель-Нуово приходили противоречивые указы, пока Иоанна боролась за власть со своим нежеланным женихом. 26 апреля Роберт назначил себя на высший военный пост в стране — должность генерал-капитана королевства. А 30 апреля королева в отместку назначила Людовика Тарентского командиром большого гарнизона одного из королевских замков. Эдиктом от 6 мая Роберт взял под контроль все государственные финансы. А 30 мая Иоанна назначила Людовику государственное жалованье в размере 6.000 унций золота.

Усилия Иоанны в отношении своего предполагаемого любовника не были напрасными. Действия Людовика после первого поражения оправдали веру королевы в его способности военачальника. Он задержался в Капуе, чтобы перегруппировать силы, а затем с боями пробился к Беневенто, который немедленно ему сдался. Из Беневенто Людовик двинулся к Неаполю, набирая по мере продвижения солдат и собирая припасы. К июню он со значительными силами расположился на холме к северо-западу от столицы, достаточно близко, чтобы люди в городе ощущали его присутствия, и там окопался, накапливая силы и ожидая возможности нанести удар.

И почти в тот же момент, когда Людовик закрепился на холме, пришло известие, что венгры собрали огромную армию, намереваясь вторгнуться в Неаполитанское королевство.

На протяжении всего этого времени Климент VI, хоть и с трудом, но пытался повлиять на события в Неаполе. Справедливости ради следует отметить, что отсутствие прогресса не было полностью виной Папы. Климент, конечно, хотел расследовать смерть Андрея и быстро привлечь к ответственности настоящих убийц, но его администрация была просто перегружена другими неотложными проблемами, требовавшими внимания Курии. Из-за конфликта между Францией и Англией и территориальных амбиций императора Священной Римской империи способных легатов не хватало. Первые два кардинала, которым было поручено расследовать убийство Андрей, по пути в Италию были перенаправлены в другие проблемные места и так и не добрались до Неаполя. Когда Папа наконец остановил свой выбор на новом легате, Бертране де Де, кардинале Сен-Марка, который должен был стать его представителем в Неаполе (Эмери категорически отказывался туда возвращаться), тот заболел, и его отъезд пришлось отложить на неопределенное время.

Затем, в начале июня 1346 года, Папа получил тревожное письмо от королевы-матери Венгрии. В нем Елизавета повторяла все свои прежние требования относительно снохи и Неаполитанского королевства, а теперь еще и настаивала на аннулировании брака Марии с Карлом Дураццо (к тому времени у этой пары было уже трое детей, причем, все дочери) и на том, чтобы Иоанне было отказано в разрешении на повторный брак до конца ее жизни. Королева-мать насмехалась над мыслью о том, что кто-то из высокопоставленных лиц понесет наказание за смерть Андрей, если дело будет передано на рассмотрение неаполитанского правосудия, и ясно дала понять, что венгры намерены вмешаться в ситуацию по своему усмотрению. "Это письмо очень напоминало объявление войны"[141].

Письмо Елизаветы вызвало у Папы нешуточную тревогу, и побудило его к действию. Климент VI немедленно отправил посланника в Вишеград, чтобы образумить королеву-мать. Вслед за этим, 17 июля, Папа направил венгерской королеве письмо, в котором заверил Елизавету, что, независимо от ранга, убийцы ее сына будут привлечены к ответственности. Тем не менее, он отказался уступить ее требованиям и предупредил, что если Венгрия предпримет вторжение, королевство будет объявлено врагом Церкви, а это грозило интердиктом.

После этого Папа обратил свое внимание на Неаполь. Вынужденный действовать через местных чиновников, Климент в письме от 3 июня уполномочил главного судью королевства Бертрана дель Бальцо (двоюродного брата графа Уго) действовать от имени Церкви при вынесении максимально строгого приговора подозреваемым, которые будут осуждены за убийство Андрея. 8 июня он обратился с письмом к императрице Константинопольской, королеве Иоанне, Роберту и Людовику Тарентским и Карлу Дураццо, призывая каждого члена королевской семьи сделать все возможное для содействия усилиям верховного судьи в скорейшем и верном наказании убийц. Очевидно, что намерение Папы состояло в том, чтобы умиротворить венгров путем публичной демонстрации верховенства закона и неотвратимости возмездия, так как публичная расправа, предпринятая и поддержанная неаполитанской короной, считалась лучшим способом устранить повод для венгерского вторжения. Однако, помня о том, что последствия таких диких расправ иногда очень трудно сдержать, особенно после бунтов в марте, Климент, 4 июня, тайно предупредил Бертрана дель Бальцо, чтобы тот воздержался от наказания любого члена королевской семьи, подозреваемого в участии в убийстве Андрея. Вместо этого верховный судья должен был передать все материалы по этому делу в Авиньон. Папа оставил за собой право судить и наказывать лиц, занимающих высокое положение.

Бертран дель Бальцо взялся за дело и сразу же натолкнулся на серьезное препятствие: константинопольскую императрицу. Объявив, что, если потребуется наказание, оно будет осуществлено по ее усмотрению, Екатерина отказалась выдать Карла и Бертрана д'Артуа под власть верховного судьи. Доменико да Гравина утверждает, что императрица руководствовалась желанием сохранить значительное богатство Артуа, которое было бы конфисковано в случае признания их вины, для себя, а не передавать Церкви. Но, возможно, у нее были и другие мотивы для нежелания сотрудничать с официальным следствием. Весьма вероятно, что Бертран д'Артуа на самом деле был одним из главных организаторов преступления, а показания человека, находящегося под пытками, невозможно было проконтролировать. В таком случае обвинения могли распространиться на родственников и фаворитов Екатерины, не говоря уже ней самой, чего императрица очень хотела избежать. Поэтому до поры до времени Карл и Бертран д'Артуа оставались под защитой  императрицы надменно пренебрегавшей требованиями дель Бальцо и укрывались за крепкими стенами ее замка, который, находился всего в десяти милях от Аверсы.