В этом стремлении у Папы не было более стойкого союзника, чем королева Неаполя. Возвращение папского двора в Италию означало возобновление тесного сотрудничества, которое было характерно для папства во время царствования предыдущих анжуйских королей. Кроме того, сама Иоанна была очень религиозна и по этой причине также желала, чтобы резиденция церковной власти находилась поблизости. Поэтому, хотя они ссорились из-за брака Жанны, и, конечно же, из-за потери Сицилии, этот вопрос никогда не вызывал серьезных разногласий между Иоанной и Урбаном, как подобные споры отдалили Иннокентия VI от Людовика Тарентского.

Напротив, Урбан часто делал все возможное, чтобы помочь Иоанне, чтобы укрепить ее правление. В мае 1364 года, когда королева не смогла собрать деньги на ежегодную дань Церкви (архиепископ Неапольский сообщал, что в целом королевство в том году получило около 290.000 флоринов дохода, но из-за отчуждения многих доменов доля короны в этом доходе была настолько мала, что королева едва могла позволить себе купить хлеб), Урбан простил девять десятых долга, а затем через посредника одолжил Иоанне оставшуюся сумму в 15.000 флоринов. Когда 17 сентября 1364 года тяжело болевший Роберт Тарентский наконец умер, а Филипп Тарентский попытался помешать Иоанне вернуть земли и доходы, из владений его брата, ранее принадлежавшие короне, Урбан вновь поддержал королеву, особенно после того, как она пообещала направить доходы от этих владений на выплату ежегодной дани.

Следующий 1365 год, стал для королевы поворотным. Очевидно, что несмотря на свой страх перед вспышками безумия Хайме, Иоанна возобновила с мужем интимные отношения, что свидетельствует о том, как отчаянно она стремилась произвести на свет собственного  наследника трона. В январе 1365 года ее усилия были вознаграждены. Тридцатидевятилетняя королева Неаполя была беременна.

Радость и облегчение Иоанны по поводу зачатия нетрудно представить. Урбан тоже был доволен и в письме от 5 февраля отменил ее отлучение от церкви (все еще действовавшее из-за сопротивления браку Жанны с Аймоном), чтобы оно не мешало предстоящему рождению ребенка. Но в июне ликование сменилось отчаянием, когда у королевы случился выкидыш.

Резкое прерывание беременности, которой так страстно желали, сильно повлияло на Иоанну. Она выдержала испытание сожительства с третьим мужем только потому, что верила, что сможет родить детей от кого-то, кто не является ее близким родственником. Когда же судьба распорядилась иначе, она обратилась к Церкви. Тем летом, как только она оправилась, королева написала Урбану письмо, приглашая его перевести папский двор в Неаполь под ее защиту и предложила ему свой флот в качестве средства передвижения.

Выбор Неаполя, а не Рима, имел свой прецедент. Иоанна знала, что ее прадед Карл Хромой, в 1294 году, побудил Папу Целестина V короноваться в Аквиле и прожить весь свой понтификат (хотя и длившийся пять месяцев) в маленькой комнатке в Кастель-Нуово. Кроме того, королевство Иоанны обещало быть гораздо более безопасным местом, чем Рим, чьи печально известные склонные к бунту жители лишь недавно согласились вновь подчиниться папской власти, да и то лишь под нажимом кардинала Альборноса и его наемников.

При поддержке королевы и императора Священной Римской империи Карла IV, который был обеспокоен тем, что итальянские правители становятся слишком могущественными, и хотел иметь в качестве противовеса сильную папскую власть, Урбан пришел к судьбоносному решению. 1 октября 1365 года он написал Иоанне письмо, в котором благодарил ее за приглашение и предложение помощи и сообщал, что намерен вернуть папский двор в Италию, как только политические условия покажутся ему благоприятными. Хотя было ясно, что Папа намерен поселиться в Риме, а не в Неаполе, Иоанна не выразила разочарования, а только радость — еще одно свидетельство того, что ее мотивы были скорее духовными, чем политическими. "Я сожалею только об одном, — сообщала королева в ответном письме Урбану, — что Создатель не счел нужным создать меня мужчиной; ведь если бы мой пол позволил мне это сделать, то, увидев прибытие моего господина [Папы]… я бы поспешила отправиться пешком, как когда-то апостол Петр,  чтобы с благоговением приветствовать его"[289].

Даже внезапная смерть Никколо Аччаюоли, 8 ноября, не повлияла на планы этого переезда. Или, возможно, кончина великого сенешаля не была такой уж неожиданной. Согласно Маттео Пальмиери, хронисту XV века и одному из ранних биографов Никколо, смерть великого сенешаля была предсказана Святой Бригиттой Шведской, которая той осенью гостила у сестры Никколо, Лапы, в Неаполе. Напуганная пророчеством своей гостьи, Лапа поспешила сообщить об этом брату и застала его на заседании Совета с Иоанной. Он выглядел совершенно здоровым, и Лапа вернулась в свой замок с огромным облегчением, но через несколько дней Никколо заболел и умер. По этой причине Святая Бригитта, Лапа и Иоанна были изображены скорбящими на великолепной фреске Андреа да Фиренце (также известного как Андреа ди Бонаюто) в Испанской капелле флорентийской церкви Санта-Мария-Новелла в 1366 году, на следующий год после смерти Никколо.

Тело великого сенешаля было перевезено во Флоренцию и погребено в Чертозе Галлуццо, пещерном картезианском монастыре, который он построил на доходы от своей весьма прибыльной должности и в котором хранилась большая часть его богатства. Там, в окружении множества драгоценных произведений искусства и библиотеки, не уступающей библиотеке короля Роберта, было установлено надгробное изваяние, изображающее Никколо в полном рыцарском вооружении, а гробница украшена королевскими анжуйскими флер-де-лис (геральдическими лилиями) — честь, обычно оказывавшаяся только ближайшим членам семьи Иоанны. Никколо был похоронен рядом со своим сыном, который не пережил его, и чье столь же великолепное изваяние, по слухам, обошлась его отцу в 50.000 флоринов. Семья Аччаюоли сохранила сказочные богатства Никколо и контроль над княжеством Ахайя вплоть до следующего столетия, являясь представителями вдовы Роберта Тарентского и ее наследников. " Аччаюоли, — напишет позднее Эдуард Гиббон, — был плебеем во Флоренции, могущественный сеньором в Неаполе и государем в Греции"[290].

Потеря человека, который, по крайней мере, по его собственной оценке, имел самое большое влияние в Неаполитанском королевстве, на удивление мало повлияла на состояние дел в стране, не вызвав ни одной из обычных схваток за власть, характерных для большинства средневековых государств. Вместо этого королева, в значительной степени контролировавшая свое правительство, просто заменила Аччаюоли на Никколо Спинелли, бывшего неаполитанского посла при папском дворе. Не обладая несомненным даром саморекламы, присущим Аччаюоли, Спинелли, тем не менее, был чрезвычайно способным администратором, который служил королеве с большим усердием. Следующие несколько лет были одними из самых спокойных, которые королевство знало за последние десятилетия.

Несомненно, во многом это спокойствие было вызвано улучшением экономической ситуации в стране. Иоанна прилагала целенаправленные усилия для укрепления правопорядка и, соответственно, материального благополучия, защищая права простых людей от посягательств аристократии, о чем свидетельствует ее указ в пользу горожан Кьети, изданный 6 августа 1362 года, сразу после смерти Людовика Тарентского: