Отношения между мужем и женой не улучшились, хотя к тому времени, когда королева написала это письмо, она снова была беременна, очевидно, от Людовика, так как Энрико находился в тюрьме предыдущие семь месяцев. Ионна была вынуждена уступить власть своему мужу, которому она щедро даровала титул графа Прованса, когда супруги еще находились в Авиньоне. Теперь Людовик Тарентский использовал свое положение, чтобы отменять распоряжения и назначения, сделанные королевой ранее. Ситуацию усугубляла сестра Иоанны, Мария, которая, оставшись без средств к существованию после казни Карла Дураццо, вернулась в Неаполь, чтобы потребовать у королевы остаток своего значительного приданого. Поскольку к этому времени в королевство вернулся и король Венгрии, сопровождаемый еще одной большой армией, а корона явно нуждалась в каждом флорине для продолжения войны, время для выплаты этой крупной суммы было неподходящим. Когда Иоанна отказала сестре в ее просьбе, разгневанная Мария переехала с детьми в Кастель-дель-Ово и стала замышлять предательство.
Появление на свет третьего ребенка Иоанны, к сожалению, еще одной дочери, Франсуазы, в марте следующего года спровоцировало кризис. Энрико Караччоло к этому времени был казнен, а Людовик Тарентский фактически посадил Иоанну под домашний арест, и более того угрожал королеве смертью или пожизненным заключением. Никому не разрешалось разговаривать с Иоанной, если при этом не присутствовал ее муж, и ходили слухи, что Людовик Тарентский намерен ее убить. Королева сделала все возможное, чтобы обойти своих преследователей, тайно отправив в Авиньон секретного эмиссара с инструкциями донести до Папы опасность ее положения. Очевидно, ее посол так и сделал, поскольку 17 апреля Климент, который к этому времени научился прислушиваться к угрозам причинения смерти, исходящим из Неаполя, написал дожу Генуи: "Ссора между Людовиком и королевой, если прочесть все их письма, ставит под угрозу жизнь Иоанны. Защитите ее!"[181] В ответ, Генуя, обещавшая предоставить корабли Людовику Венгерскому, отказалась от своих обещаний и с этого момента поддерживала в войне сторону королевы. Затем папство направило в Неаполь непрерывный поток писем, в которых всем сторонам, включая Аччаюоли, предписывалось способствовать восстановлению мирных отношения между мужем и женой.
К июню Людовик Венгерский со своей армией был у ворот Аверсы и начал осаду города. Приближение венгерского короля породило новую интригу, в которой приняла участие и сестра Иоанны, Мария. Молодая жена Людовика Венгерского, Маргарита Богемская, умерла в предыдущем году, что дало повод предположить, что теперь ситуация в Неаполе может быть решена путем заключения брака, а не войны. Принцы из домов Таранто и Дураццо, которые, несмотря на все усилия папства их освободить, все еще находились в плену в Вишеграде, выдвинули Марию в качестве возможной кандидатуры в жены Людовику, несмотря на то, что король Венгрии приказал казнить Карла Дураццо и заставил его вдову бежать, спасая свою жизнь. Удивительно, но Мария с энтузиазмом отнеслась к идее выйти замуж за убийцу своего мужа. Овдовевшая герцогиня Дураццо тайно отправила одного из своих придворных, по имени Марино Румбо, на встречу с королем в маленькую деревню Трентола под Аверсой, чтобы обговорить условия брачного контракта. Согласно Chronique of Parthénope, "после обсуждения с королевской семьей, находившейся в плену в Вишеграде, король Венгрии заключил с мадам Марией тайное соглашение о браке с ней, согласно которому король получал во владение Сицилию [Неаполь], а королева Иоанна оставалась графиней Прованса"[182]. Документ об этом был действительно составлен и скреплен печатями обеих сторон.
Но какой бы безвыходной ни казалась ситуация, Иоанна была далеко не беспомощна. Своим выступлением в консистории королева приобрела могущественного союзника в лице Папы, а в Провансе у нее оставалось много верных подданных, которые были возмущены тем, что Людовик Тарентский узурпировал власть у законной наследницы Роберта Мудрого. Теперь эти сторонники и пришли ей на помощь. Папа отправил Уго дель Бальцо, графа Авеллино (того самого Уго дель Бальцо, которого Климент послал после убийства Андрея для преследования фаворитов Иоанны), и нунция, епископа Сент-Омера, в Неаполь, чтобы они вступились за королеву. Подозревая, что может потребоваться демонстрация силы, Уго принял меры предосторожности и прежде чем отправиться в путь набрал, в основном в Марселе, целую эскадру сторонников королевы.
Таким образом, примерно 20 июля 1350 года жители Неаполя проснувшись, обнаружили, что флот из шести галер, заполненных вооруженными людьми из Марселя, под знаменами Церкви и королевы Неаполя (но не Людовика Тарентского) бросил якорь у побережья между Кастель-Нуово и Кастель-дель-Ово. Людовик послал своих представителей, чтобы узнать о намерениях графа Авеллино, на что Уго ответил, что находится в Неаполе по просьбе Папы, который поручил ему обеспечить восстановление гармоничных отношений между Иоанной и ее мужем. Затем епископ Сент-Омера попросил о личной аудиенции с королевой, которую Людовик не посмел запретить. Впервые за почти год Иоанне позволили поговорить с союзником без присутствия мужа. Нет никаких сведений о том, что обсуждала эта пара. Выйдя из дворца, епископ лишь сказал, что был рад увидеть королеву в таком хорошем расположении духа, а затем отправился в Аверсу на встречу с королем Венгрии, оставив Уго разбираться с ситуацией.
Граф Авеллино сделал это довольно эффективно, заручившись, против Людовика Тарентского, помощью неаполитанского населения — тактика, в которой Уго уже имел некоторый опыт. Он начал с того, что распространил слух о том, что муж Иоанны пытается ее отравить, и объявил, что будет использовать своих людей и корабли для осады Кастель-Нуово, чтобы ее спасти. Далее он пригрозил, что если Людовик Тарентский продолжит сопротивляться распоряжениям Папы, а жители Неаполя не примут меры для восстановления законной власти королевы, то Папа (в лице Уго) встанет на сторону короля Венгрии и использует свой флот для захвата города. Однако если горожане подчинятся указаниям Церкви и помогут убедить Людовика Тарентского передать власть своей жене, то Уго пообещает заставить венгерскую армию отступить и установить прочный мир с королем. Согласно Chronicon Siculum, в течение примерно двух недель, пока граф Авеллино рассылал эти послания, моряки на борту галер регулярно скандировали: "Да здравствует Папа! Да здравствует королева! Долой Людовика Тарентского!"[183] на случай, если у кого-то из обывателей возникнут сомнения в официальной позиции Церкви по этому вопросу.
Столкнувшись с непримиримым сопротивлением Папы и растущим недовольством своих соотечественников, Людовик Тарентский неожиданно капитулировал. К августу он составил и подписал официальный эдикт, признающий королеву единственной правительницей Прованса, и согласился с решением Климента, изложенным в письме папского двора от 20 июля, согласно которому он как консорт Иоанны может быть коронован королем если того пожелает, но только номинально и ни при каких обстоятельствах не будет иметь права голоса в ее управлении государством или каким-либо образом посягать на ее прерогативы. 17 августа, в знак признания восстановления своей власти, Иоанна немедленно назначила нового сенешаля Прованса, заменив им прежнего, поставленного ее мужем, а через два дня отправила Клименту письмо, в котором горячо благодарила его за вмешательство. Не забыла королева и о своих истинных избавителях: 2 сентября она отправила в Прованс специального эмиссара с письмом, в котором изъявляла жителям Марселя свою "наилучшую любовь"[184].
Пока в столице разворачивалась эта драма, епископ Сент-Омера был занят переговорами с Людовиком Венгерским о перемирии, которое вступило в силу в сентябре. Согласно Chronicon Siculum, король Венгрии официально согласился на приостановку всех военных действий на шесть месяцев, или до апреля 1351 года, с оговоркой, что каждая противоборствующая сторона будет удерживать свои территориальные завоевания. Это означало, что венгерская армия, только что, после длительной осады, взявшая Аверсу, останется в этом городе, в то время как войска королевы должны будут находиться в Неаполе. Во время перемирия, в качестве подачки венграм, папство согласилось возобновить дознание по делу об убийстве Андрея и если Иоанну признают виновной, она потеряет свое королевство, которое перейдет к Марии. (Поскольку король Венгрии рассчитывал жениться на Марии, а епископу Сент-Омера было велено поощрять эту затею, Людовик посчитал такое условие вполне приемлемым). Однако если Иоанна будет признана невиновной, Людовик Венгерский должен будет отказаться от своих притязаний на Неаполитанское королевство и лишится всех земель и замков, которыми он в нем владеет, возвратив их королеве. Чтобы подсластить сделку, независимо от результатов второго дознания, Иоанна также должна была заплатить своему противнику 300.000 флоринов, якобы для выкупа плененных членов королевской семьи, но на самом деле для того, чтобы откупиться от короля Венгрии. Наконец, в течение шестимесячного периода перемирия, пока исход дознания оставался под вопросом, все главные участники войны (король Венгрии, Иоанна и Людовик Тарентский) должны были покинуть Неаполитанское королевство.