В дельтовых областях и долинах рек преобладает травянисто-тугайная растительность. Здесь встречаются лугово-болотные, луговые, лугово-солончаковые, солончаковые и песчаные растительные ассоциации. На влажных участках с близкими грунтовыми водами растут обильные камыши, куга, кыркбугим, юлгун, тал, ажрек и др. Почти все они представляют собой хороший корм для домашних животных. Заросли камышей в низовьях Амударьи и отчасти на Сырдарье поднимались еще недавно на высоту 5–8 м над уровнем разливов. Судя по этнографическим данным, камыши всегда служили не только хорошим кормом для крупного рогатого скота, но и строительным материалом для шалашей, загородок для ловли рыбы и т. п.
Дельтовые районы среднеазиатских рек на равнине окружены пустынями. В растительном покрове пустынных территорий преобладают псаммофитные кустарники, полукустарнички и травы (кустарники — черкеза, кандыма, травы — многие виды полыни, эфемеры, солянки и др.). Пустынно-древесная растительность представлена белым и черным саксаулом. В северной зоне солянково-полынных пустынь и полупустынь со злаками на бурых почвах размещены весенне-летние пастбища, где обычно выпасают и верблюдов. Южнее расположены весенние пастбища, где песчаные гряды покрываются зеленым ковром эфемерной растительности. Это травы — илак, арпаган, а также селин, еркек, кермек и др. Пустыни с грядовыми и бугристыми песками занимают самые крупные площади в Среднеазиатско-Казахстанском регионе. Пустыни пригодны для выпаса овец и верблюдов почти круглый год, хотя относительно малопродуктивны; здесь на зимних пастбищах сохраняются ковыль, жусан, кияк, солянка, биюргун, кокпек. В Центральном и Западном Казахстане, в Прикаспийской низменности сезонная смена пастбищ связана с распределением растительности (Крашенинников И.М., 1927, с. 43, след.).
Окаймляющая с юга пустынные равнины зона предгорий имеет плодородные сероземные почвы на пролювиальных и аллювиальных глинистых лёссовидных наносах. Здесь хорошие весенние пастбища с эфемерами и многолетними травами (мятлик луковичный, лютиковые, осока и др.) сочетаются с культурными оазисами, где природа преобразована тысячелетней хозяйственной деятельностью земледельцев.
На равнинах Средней Азии и Казахстана засушливые климатические условия и аридные ландшафты установились еще с конца третичного периода. Но они не были постоянными. На протяжении плейстоцена и голоцена климат неоднократно менялся в сторону большего или меньшего увлажнения, менялись структура и размещение речной сети. Такие крупные реки, как Амударья, Сырдарья, Зеравшан, Мургаб и Теджен, перемещали свои русла и дельты на десятки и даже сотни километров, обводняя различные районы пустынных равнин (Андрианов Б.В., Кесь А.С., 1967, с. 26).
В позднем неолите и эпоху бронзы западные районы Средней Азии и Казахстана получали значительно больше осадков, чем теперь, особенно в зимнее время, что способствовало обводненности каменистых плато Устюрта, Мангышлака, песчаных равнин, где в долинах рек бродячих охотников в то врзмя сменили скотоводы и скотоводы-земледельцы. Аридиэация климата Средней Азии и Казахстана и формирование жестких ксеротермических условий, близких к современным, начались на рубеже III–II тысячелетий до н. э. Это, с одной стороны, способствовало концентрации скотоводческо-земледельческого населения в наиболее увлажненных (дельтовых) областях, с другой — привело к оскудению водных ресурсов зоны предгорий и кризису хозяйства ранних земледельцев южной Туркмении (Виноградов А.В., 1981, с. 38, 39). Уменьшению водоносности рек и ручьев способствовала и вырубка лесов на скалистых склонах Копетдага оседлыми земледельцами.
Палеогеографические исследования в Фергане показали, что в I тысячелетии до н. э. и первых веках нашей эры здесь после засушливого периода наступило относительное увлажнение, что отразилось на повышении водоносности р. Чирчик и трансгрессии Иссык-Куля. Следующая стадия увлажнения относится уже к IX–XII вв. н. э., когда в Ферганской долине были отмечены леса на очень низких уровнях (Серебряный Л.Ф. и др., 1980, с. 221). Колебания увлажненности в Среднеазиатско-Казахстанском регионе происходили, однако, в пределах общей аридности климата. Как бы ни было заметно влияние климатических условий (увлажненности, средних температур) на судьбы древнего населения, эти изменения не меняли коренным образом характер главных ландшафтных зон — гор, предгорий и пустынных низменностей, где природные условия во многом определяли характер хозяйственной деятельности обитателей.
Существенное значение на равнинах имели гидрографические изменения течения рек. Наиболее крупная среднеазиатская река Амударья (Оке древних авторов) в нижнем и среднем плейстоцене впадала в Каспийское море, ее притоками служили Зеравшан, Мургаб и Теджен. Аральская впадина обводнялась тогда, видимо, водами Сырдарьи, Чу и некоторых других рек. В самом начале верхнего плейстоцена, в раннехвалынское время, Амударья повернула на север, обводнила и заполнила осадками сначала Хорезмскую впадину, а затем сформировала Южную и Северную дельты Акчадарьи, направив свои воды в Арал. Позже началось формирование Присарыкамышской дельты и обводнение Сарыкамышской впадины, откуда вода, заполнив ее и соседнюю впадину Ассаке-Каудан, по руслу Узбой вновь достигла Каспийского моря, на дне которого зафиксированы долина и конусы выноса этой реки. Они функционировали в периоды регрессии Каспия (8500, 6400, 5200 гг. до н. э.) (Варущенко А.Н. и др., 1980, с. 79–90).
В низовьях Амударьи постепенно сформировались три обширные дельты с системой меняющихся протоков: Акчадарьинская, Присарыкамышская и самая поздняя — Приаральская.
В неолите, в IV–III тысячелетиях до н. э., основной сток амударьннских вод шел по руслам Присарыкамышской дельты в Сарыкамыш, откуда по Узбою поступал в Каспий. Южная Акчадарьинская дельта в этот период была подтоплена и заболочена. В начале II тысячелетия до н. э. произошел прорыв вод по Акчадарьинскому коридору на север, в Северную дельту. К этому времени сток в сторону Сарыкамыша сократился, и, вероятно, постоянного течения в Узбое уже не было. Во второй половине II тысячелетия до н. э. началась проработка русел современной Приаральской дельты (Итина М.А., 1977). Во II и I тысячелетиях до н. э. Амударья имела огромную двойную дельту, состоящую из многих протоков, впадающих то в Сарыкамышскую низину, то в Арал. Естественная тенденция вела к отмиранию рукавов верхней части дельт и перемещению главной массы вод и наносов в сторону Арала, но это был длительный процесс. Переполнявшийся неоднократно Сарыкамыш не раз питал сбросы воды по Узбою в сторону Каспия. Геродот (I, 202) сообщает, что Араке (Амударья?) при устье разделяется на 40 рукавов, из которых один впадает в Каспийское море с востока, а остальные — в болота и лагуны. Сподвижник Александра Македонского Аристобул в III в. до н. э. писал, что амударьинские воды по руслу Узбоя достигают Каспия, а Яксарт (Сырдарья) соединяется протоком с Амударьей (Бартольд В.В., 1965, с. 101).
Открытие Хорезмской экспедицией на русле Узбоя парфянского укрепления Игдыкала и последующие работы на нем выявили периоды жизни этого городища (I в. до н. э. — IV в. н. э.). Кроме того, работы последних лет зафиксировали стабильное размещение археологических памятников IV в. до н. э. — IV в. н. э. вдоль Узбоя. Они представлены многочисленными погребальными сооружениями и остатками кратковременных поселений по берегам Келькора и Узбоя. Все это говорит о существовании в то время более или менее постоянного стока воды по Узбою. Но после IV в. н. э. он прекратился (Юсупов Х., 1979а, с. 58; 1986, с. 37, след., 119, 133, 142).
Не менее сложна историческая динамика дельтовых русел Сырдарьи. В отличие от низовьев Амударьи, где функционировали обособленные друг от друга дельты, связанные со стоком то в Сарыкамыш (и далее, иногда в Каспий), то в Арал, в низовьях Сырдарьи сформировалась одна громадная древняя дельта, которая пересекалась речными протоками как широтного (главным образом в восточной части), так и меридионального (в западной части) направления. В позднем неолите и в эпоху бронзы (конец III — начало I тысячелетия до н. э.) сырдарьинские воды стекали в Арал по системе Инкардарьинских русел вдоль центральных Кызылкумов, расчленяя их северную окраину, а также по руслам Пра-Кувандарьи (Ескидарьялыку) южнее современной Сырдарьи. Как и Амударья в своем нижнем течении, Сырдарья и ее крупные дельтовые протоки текли в собственных наносах. Поэтому нередко паводковые воды переливались через береговые валы, затопляя обширные пространства, образуя озера и болота, давая новое направление потокам. Так, в VII–V вв. до н. э. образовалось крупное русло Жаныдарьи, которая пересекала систему Инкардарьинских более древних русел (Андрианов Б.В., Итина М.А., Кесь А.С., 1974, с. 53). Однако памятники античного времени на этом русле Жаныдарьи (западнее Бештамкалы) отсутствуют. Это дает основание предполагать, что вода из Жаныдарьи попадала в Арал по меридиональным руслам, расположенным к западу от Чирик-Рабата. Но с XI по XIV в. н. э. крупное русло Жаныдарьи вновь стало функционировать. По системе же русел Пра-Кувандарьи и Ескидарьялыку сток в Арал шел со второй половины I тысячелетия до н. э. вплоть до VIII–IX вв.