Причинами неудачных действий «Кайтэн», как и в случаях с «Ока», была недоработанность этих подводных аппаратов. Несовершенство конструкции первоначально приводило к гибели людей даже во время испытаний. В боевых условиях система часто давала сбои, и торпеды взрывались сами собой. «Кайтэн», укрепленные на палубах подводных лодок, снижали скорость хода подводных кораблей и не позволяли им погружаться на достаточную глубину. К тому же и противолодочная оборона американцев работала довольно хорошо, поэтому лодки с «Кайтэн» легче обнаруживались, чем обычные. Подлодкам нужно было ближе подходить к кораблям американцев, и для спуска торпед с палубы в воду до выхода на боевой курс требовалось дополнительное время, что грозило обнаружением и уничтожением лодок-носителей и самих торпед. Поэтому все надежды, возлагавшиеся японцами на «Кайтэн», не оправдались. Обычные подводные лодки и торпеды работали лучше.

Еще более трагичной была судьба другого японского изобретения — начиненных взрывчаткой и управляемых смертниками катеров. Японцы разработали две основных модификации таких катеров, относившихся к надводным специальным силам (суйдзё токкотэй). Один из них назывался «Синъё» («Сотрясение океана» — от японского «фуруэ» — тряска, дрожь и «ё» — океан). «Синъё» управлялись одним или двумя смертниками, изготавливались из дерева, имели длину 6 метров и водоизмещение в 1,4 тонны. Катера снабжались шестицилиндровыми бензиновыми двигателями в 67 лошадиных сил, позволявшими им развивать скорость до 23 узлов (примерно 45 км/ч), при дальности действия примерно 250 километров. Оснащались «Синъё» либо 120-килограммовой бомбой, либо глубинной бомбой в 300 килограмм, взрывчаткой или двумя 20-килограммовыми ракетами. Другой катер смертников носил закодированное обозначение «Марурэ». Американцы называли катера «Марурэ» («Зелеными лягушками» — «Green Frog»). На эти катера при длине в 5,6 и ширине 1,8 метра, с водоизмещением в 1,45 тонн также устанавливались бензиновые автомобильные моторы, с которыми лодки достигали скорости 23 узла в час.

В задачи особых групп «Синъё» («Синъё токкотай») и «Марурэ» («Марурэ токкотай») входило приблизиться к неприятельским кораблям и войти с ними в непосредственный контакт, то есть врезаться в плавсредства противника, отправив их на дно с помощью находящегося на борту оружия. Сделать это было чрезвычайно трудно, так как корабельные локаторы засекали приближающиеся катера и открывали по ним артиллерийский заградительный огонь, не давая подойти и уничтожая еще на дальнем расстоянии.

Массово «Синъё» были применены японцами в январе 1945 года на Филиппинах в боях около острова Коррехидор в Манильской бухте. Атака катеров провалилась и окончилась полной неудачей смертников. Погибло 922 человека из 7, 8, 9, 10, 11, 12 и 13-го боевых отрядов «Синъё». Впоследствии трагедия постигла также 22 и 42-й отряды катеров, 159 военнослужащих которых погибли в сражениях у Окинавы и Амами Осима.

Американцы сообщали о незначительных повреждениях, которые якобы наносили их кораблям специальные взрывающиеся катера. Но такие случаи были единичными. В боях за Окинаву всего лишь 4 американских корабля немного пострадали от этих катеров. В частности, успеха удалось достигнуть одному катеру 27-го боевого отряда лодок «Марурэ». Ночная атака «Марурэ» 26 апреля 1945 года привела к легкому повреждению американского эскадренного миноносца «Хатчинс» (DD-476).

Особой разновидностью морской авиации, использовавшей в качестве носителей подводные лодки, были гидросамолеты М6А, которые имели символическое обозначение «Сэйран» («Горный туман»). Штурмовые группы особого назначения с самолетами «Сэйран» назывались «Синрю токкотай» («Специальные подразделения Божественных драконов»). К месту боевых действий гидросамолеты предполагалось доставлять специальной модели подлодками типа 1–400 («Сэнтоку»). В ангаре одной такой лодки помещалось четыре самолета «Сэйран». На вооружении императорского флота в 1945 году было всего четыре подводных лодки типа «Сэнтоку» (1–13, 1–14 ,1–400 и 1–401), но число их предполагалось довести до 18.

Подлодки этого типа, так же как и транспортируемые ими в подводном положении самолеты, во время Второй мировой войны являлись уникальными изобретениями. Гидросамолеты способны были сразу же после всплытия взлетать со специальных направляющих прямо с лодки. По водоизмещению (от 4100 до 6500 тонн) и размерам это были самые большие в мире подводные корабли, за что получили название «мамонты». Их размеры и тоннаж были превзойдены только в послевоенное время с началом строительства атомных подводных ракетоносцев.

Казалось, что во время войны японцы были помешаны на идее гигантизма, желая превосходить по габаритам своей военной техники неприятеля. Гигантские сверхтяжелые бомбардировщики «Фугаку», огромные корабли типа авианосца «Синано» и линкоров «Мусаси» и «Ямато» являлись гордостью авиации и флота императорской Японии. Два последних Ямамото Исороку за их величину считал глупостью, такой же, как египетские пирамиды и Великая китайская стена. Без воздушного прикрытия и поддержки другими средствами на воде эти гиганты в воздухе и на море являлись превосходными большими мишенями. Но в случае с подводными лодками типа 1–400 их размеры были вполне оправданы. На этих подлодках можно было скрытно приблизиться к врагу и неожиданно атаковать его достаточно крупными силами.

Первоначально «Сэйран» планировалось использовать для атаки шлюзов Панамского канала. Потом, как об этом пишет американский исследователь Д. Баренблатт в книге «Пятно на гуманности», эти самолеты должны были атаковать населенные пункты на территории собственно Соединенных Штатов, в Калифорнии, в частности город Сан-Диего, применяя для этого бактериологическое оружие, производимое секретным подразделением Квантунской армии, «отрядом 731». Но на заключительной стадии войны на Тихом океане гидросамолеты МбА, управляемые камикадзе и вооруженные бомбами и торпедами, предполагалось бросить против американских авианосцев в районе атолла Улити. Но авария на флагманской подлодке после выхода группы на задание в начале августа 1945 года помешала акции, а в связи с капитуляцией в войне Японии операцию пришлось отменить. Всего до конца боевых действий было построено 28 экспериментальных самолетов «Сэйран».

Наряду с операциями специальных отрядов авиации ВМФ, включавших и действия самолетов-снарядов «Ока», использованием «Кайтэн», «Синъё» и «Марурэ», высшее японское командование приняло решение продолжить боевое применение карликовых подводных лодок. Операции с их участием в 1941–1944 годах на Гавайях, Мадагаскаре, в Сиднейской бухте, в боях у Соломоновых островов (у острова Гуадалканал), островов Палао, острова Сайпан и других местах не принесли почти никаких результатов.

Подводные лодки-малютки, управляемые смертниками, получили названия «Корю» («Дракон») и «Кайрю» («Морской дракон»). Маленькие магнитные подводные лодки имели обозначение «Синкай» («Сотрясение моря»). Дальность действия подводных лодок-малюток обычно не превышала тысячи морских миль. Эти лодки передвигались под водой со скоростью в 16 узлов (около 30 км/ч) и управлялись, как правило, двумя смертниками. Карликовые подводные лодки, в частности «Кайрю», оснащенные двумя торпедами, предназначались для торпедных атак или для подводного тарана.