31 мая 1942 года японцы провалили еще одну операцию, направленную против Австралии. Неудачей окончилась попытка ВМФ Японии атаковать военные объекты и корабли в Сиднейской гавани. В числе японских потерь были несколько подводных лодок-малюток. Погибли шесть человек экипажей подлодок: два капитана 2-го ранга, капитан 3-го ранга, два младших лейтенанта и мичман.

В немалой степени первоначальному успеху американцев содействовала расшифровка ими «совершенно секретного» кода японского императорского флота. Раскрытие этой «военной тайны» («гунки») японцев являлось величайшей победой военной разведки США, спасшей Америке множество человеческих жизней, кораблей и самолетов, впоследствии обеспечившей не одну победу над противником. Код был перехвачен и расшифрован специалистами с помощью электронных средств, находящихся в распоряжении американцев. Его расшифровка позволила читать каждую букву и любую комбинацию слов, передаваемую японцами по секретной связи.

Пытаясь вернуть инициативу, японское верховное командование решило отдать все силы флота для осуществления Мидуэй-Алеутской операции, спланированной еще в марте 1942 года адмиралом Ямамото, но являвшейся предметом множества споров в ставке. Военные усилия с юга временно переносились в центральную часть Тихого океана и на север региона с целью захвата атолла Мидуэй и Алеутских островов. В ходе боевых действий у Мидуэй штаб Объединенного флота надеялся повторить успех Пёрл-Харбора, окончательно сломить мощь американского флота на Тихом океане и отодвинуть дальнюю границу обороны метрополии еще дальше на восток.

Японцы, незаинтересованные в затягивании войны, в случае успеха не исключали заключения мира с Америкой на японских условиях, а при отказе от него планировали развить успех, захватив Гавайи и начав наступление на острова Фиджи и Самоа.

Операцию надлежало провести в начале июня 1942 года. С 6 по 7 июня японским войскам удалось почти беспрепятственно занять юг Алеутского архипелага — остров Атту (Аццуто), входящий с систему островов Ближних, и Кыска (Кисукато), относящийся к островам Лисьим, нанеся при этом воздушный удар по американской базе в Датч-Харбор на острове Уналашка. Однако попытка захватить Мидуэй обернулась крупным поражением японцев.

Адмирал Ч.В. Нимиц (1885–1966) не поддался на этот отвлекающий удар, заранее подробно проинформированный о планах японцев. Американское командование, зная японский код, разгадало замысел Ямамото и сосредоточило около островов Мидуэй значительные силы, хотя и уступающие японским. Против четырех тяжелых японских авианосцев и более 150 кораблей поддержки, под командованием, как и при нападении на Пёрл-Харбор, Нагумо Тюити, американцы выставили 3 больших авианосца и в два раза меньшие силы прикрытия.

Битва у атолла между японским и американским флотами (Мидцоуэ кайсэн) происходила с 4 по 6 июня 1942 года. Утром 4 июня японское ударное авианосное соединение во главе с четырьмя авианосцами выдвинулось к Мидуэю для атаки и нанесло бомбовые удары по американской базе на атолле. Но в то же время с фланга японские корабли были атакованы американскими торпедоносцами с авианосцев «Йорктаун», «Хорнет» и «Энтерпрайз». Ни одна торпеда не достигла цели, и из 42 самолетов только 6 не были сбиты японскими истребителями и огнем зенитной артиллерии. Тем не менее, эти потери не были напрасными. Японские истребители, уничтожая американские машины, увлеклись охотой за ними на малых высотах. А с большой высоты произвели атаку на японские авианосцы американские пикирующие бомбардировщики, которые удачно сбросили бомбы на три тяжелых авианосца японцев. Эта неожиданная атака и решила исход всего сражения, принеся американцам победу. В конце дня палубная и береговая авиация американцев подожгла и четвертый тяжелый японский авианосец.

В результате двухдневной битвы у атолла императорский флот потерял все четыре больших авианосца, задействованных в операции («Акаги», «Kara» и новейшие «Сорю» и «Хирю»), тяжелый крейсер «Микума», приблизительно 250 самолетов и большинство лучших своих летчиков, около 2500 матросов и офицеров. В числе американских потерь при этом был один авианосец — «Йорктаун», сильно поврежденный самолетами с «Хирю» и добитый 7 июня японской подводной лодкой, один эсминец, примерно 150 самолетов и 307 человек личного состава. Оставшиеся силы японцев, проклиная успех американцев, вынуждены были отойти. Поворот в войне был окончательным. Больше Японии не удалось выиграть ни одного крупного сражения.

Потеря большого количества людей и ведущих кораблей привела командование Объединенного императорского флота в шок. На дно ушли первоклассные авианосцы, подорвавшие 7 декабря 1941 года морскую боевую мощь Тихоокеанского флота Америки, погибли многие опытные пилоты, в том числе участники нападения на Пёрл-Харбор. Народу Японии, находившемуся в информационной изоляции и получавшему односторонние сведения из пропагандистских милитаристских источников, о поражении сообщено не было. Из средств массовой информации японцы узнали только об удачной высадке десанта на Алеутские острова. Позже, когда невезение и проигрыши в сражениях начали следовать одно за другим, умалчивание правды и негативных для самурайского боевого духа фактов стало заурядным явлением. О многих военных неудачах японцы узнавали лишь позднее или не узнавали вообще.

Большие потери японского флота в людях и кораблях вынудили Ставку верховного командования перейти в конце июня 1942 года к обороне на линиях: Алеутские острова, Уэйк, Маршалловы, Соломоновы и острова Гильберта на востоке Тихого океана, Новая Гвинея, Тимор, Ява и Суматра на юге и Андаманские и Никобарские острова на западе, в Индийском океане. В то время как японцы теряли силы, американцы продолжали накапливать их, хотя для активных наступательных операций у них еще пока не было достаточного количества кораблей и людей. План последовательного отвоевывания занятых японцами территорий был уже составлен.

В августе — ноябре 1942 года японское командование предприняло еще одну попытку овладеть юго-востоком Новой Гвинеи и Порт-Морсби. Но и второе наступление окончилось неудачей.

Следующее поражение настигло японцев в сражении за остров Гуадалканал (Гадаруканаруто), входящий в состав Соломоновых островов. Этот остров был местом первой высадки союзных войск на захваченные японцами в Тихом океане территории. После ожесточенных боев, начатых в августе 1942 года на Гуадалканале и Тулаги, продолжавшихся несколько месяцев с переменным успехом, американцам удалось сломить сопротивление японских сил. Потеряв в тяжелых сражениях более 17 тысяч человек, в феврале 1943 года японцы эвакуировали войска с Гуадалканала и американская морская пехота заняла остров. Битва на суше шла одновременно со столкновением крупных морских сил японцев и американцев на море. Японские потери в людях превышали американские. Японцы и американцы потеряли примерно одинаковое число крупных кораблей. У японцев был потоплен авианосец, у американцев — два.

18 апреля 1943 года стало еще одной черной датой в истории Объединенного императорского флота и всей Японии военного времени. В тот день погиб главнокомандующий флотом адмирал Ямамото, совершавший инспекционную поездку по Соломоновым островам. Ямамото направлялся из Рабаула на острове Новая Британия, главной базы японцев в этой части Тихого океана, на военно-воздушную базу Буин на острове Бугенвиль. В секретном официальном донесении это событие получило название «Кайгун ко дзикэн» — «Военно-морской инцидент А», то есть инцидент первой важности. После неудачи на Гуадалканале Ямамото хотел поднять боевой дух войск лично. Несмотря на просьбы окружавших адмирала командиров изменить расписание и перенести поездку на другое время, Ямамото своего решения не изменил, так как всегда отличался пунктуальностью и умением держать слово. На этом и сыграла американская разведка, подготовив операцию под кодовым названием «Мэджик». На перехват двух средних бомбардировщиков и восьми истребителей охраны «Дзэро» вылетела группа из 18 специальных истребителей Р-38 «Lightning» («Молния») компании «Локхид». Самолет Ямамото, как и бомбардировщик с сопровождающими его лицами, был сбит американцами и сгорел в джунглях острова Бугенвиль. На следующий день после происшествия японская поисковая группа нашла разрушенный обгоревший самолет и тело адмирала, которое было пристегнуто ремнем к выброшенному из самолета креслу. Рукой он сжимал самурайский меч. Ямамото был поражен двумя пулями, попавшими в левое плечо и голову. О поездке Ямамото американцы узнали из шифрованного японского донесения. Гибель адмирала была большой утратой для Японии, поэтому правительство не решилось сразу же сообщить японскому народу о смерти Ямамото, опасаясь сильного и удручающего морального воздействия на людей. Прах флотоводца, кремированного в Буине, и его самурайский меч были привезены в столицу Японии на линкоре «Мусаси». Около месяца факт гибели держался в тайне, после чего пришлось проинформировать японцев о несчастье. Похороны адмирала, сопровождавшиеся высшими военными почестями, состоялись в Токио в начале июня.