18 февраля 1942 года 16-я армия (3 дивизии и отдельная бригада) Южной группы армий при поддержке 3-го военно-морского флота, 11-го воздушного флота и частей 3-го авиационного соединения начали Яванскую операцию. Голландская Восточная Индия, богатая стратегическим сырьем, особенно нефтью, оловом, каучуком и большими людскими ресурсами, была нужна Японии. В течение февраля несколькими комбинированными ударами с воздуха и моря японцы заняли острова Борнео (Калимантан), Целебес (Сулавеси), Бали, Суматру и Тимор, блокировав силы противника в Яванском море и перекрыв пути сообщения с Австралией, откуда флот союзников ждал помощи. В день высадки японцев на остров Бали, 19 февраля, японское авианосное соединение по приказу Нагумо нанесло воздушный удар по австралийскому порту Дарвин, уничтожив почти все находившиеся там суда. Союзники пытались сорвать высадку японцев на Бали, но безрезультатно.

Блокированных на Яве и запертых в Яванском море американских, английских и голландских сил было недостаточно для того, чтобы противостоять японской армии, флоту и авиации. На суше в распоряжении союзников было 50 тысяч человек и 200 самолетов. В союзной объединенной эскадре нидерландского контр-адмирала К. Доормана, командовавшего американо-британо-голландско-австралийскими силами, было всего 8 крейсеров и 12 эсминцев. Эскадре противостояли западная и восточная группировки японского флота, имевшие авианосец, 11 крейсеров и 39 эскадренных миноносцев. С моря эти группировки прикрывали 4 авианосца, 4 линкора, 1 крейсер и 8 эсминцев. 97 транспортных кораблей с десантом ждали исхода сражения на море.

События развивались быстро и трагически. Попытка союзников воспрепятствовать высадке японских войск на Яву без достаточного прикрытия с воздуха и согласования действий окончилась в конце февраля сражением в Яванском море (в нем участвовали со стороны американских, британских и голландских сил 5 крейсеров и 10 эсминцев). В результате 4 крейсера и 14 эскадренных миноносцев, находящихся под руководством Такахаси, совместно с авиацией потопили 2 крейсера и 3 эсминца союзников, не потеряв при этом ни одного корабля.

Развязка наступила, когда остатки союзных сил попытались вырваться из Яванского моря. Японские корабли и авиация уничтожили еще 3 крейсера и 3 эскадренных миноносца. Лишь четырем американским эсминцам удалось уйти в Австралию. Командующий смешанными силами адмирал Доорман погиб в сражении. При полном господстве в воздухе и на море 1 марта японский десант высадился на острове Ява и к 10 марта полностью овладел им, а 15 марта вся Голландская Индия была в руках японцев.

Перед оккупацией голландской колонии японцы с помощью индонезийских националистов вели в ней подрывную деятельность. После захвата Индонезии японские оккупационные власти освободили всех политических заключенных, пытаясь использовать их как своих союзников против европейских колонизаторов. В то же время многие представители голландского народа, жившего в Индонезии веками и считавшего ее своей родиной, были помещены в концентрационные лагеря. В лагерях японцы обращались с голландцами крайне жестоко, поэтому антипатия к японцам сохраняется у большинства голландского населения Индонезии до настоящего времени.

Наиболее видными фигурами антиколониального индонезийского сопротивления, выпущенными на свободу оккупационными японскими властями, были Сукарно и Мохаммед Хатта. Когда военная ситуация на фронтах тихоокеанской войны ухудшилась, японцы решили в борьбе с наступающими союзниками использовать индонезийскую молодежь, организовав и вооружив так называемую Армию ПЕТА — Национальные силы обороны (Дзява кёдо боэй гиюгун). В качестве еще одного шага для привлечения индонезийцев на свою сторону на заключительной стадии войны было обещание правительства Японии предоставить в скором будущем Индонезии независимость.

В конце марта 1942 года авианосное соединение Нагумо двинулось на запад, совершив рейд в Индийский океан, где японцы потопили английский авианосец «Гермес», 3 крейсера, эсминец, несколько транспортов и мелких кораблей, дважды подвергнув бомбардировкам военные объекты на Цейлоне.

Приблизительно за 6 месяцев (до лета 1942 года) агрессорам удалось захватить огромные территории Тихоокеанского бассейна и Юго-Восточной Азии с населением примерно в 500 миллионов человек и площадью около 3,8 миллиона квадратных километров, которые японцы контролировали на высоте своего главенства в этих регионах. Новые территории давали Японии колоссальные запасы стратегического сырья и продовольствия. Воюющий с японцами Китай лишался сообщения и поддержки со стороны Юго-Восточной Азии. С занятых территорий можно было и дальше наступать на запад в сторону Европы и на юг, в сторону Австралии. Продвижение японских войск к Австралии создавало непосредственную угрозу ее сообщению с Америкой и возможность высадки на территорию Австралийского континента японского десанта с целью захвата основных портов и крупных населенных пунктов.

Японская армия осуществила свой самый грандиозный военный подвиг за всю тысячелетнюю историю вооруженных сил Японии и наслаждалась ошеломляющими и удивительными победами над сильнейшими противниками мира. События разворачивались так, как этого желал монополистический японский капитал, как это задумали милитаристские круги и как об этом мечтали идеологи конца XIX века, создавшие доктрину южной экспансии, ставшей со второй половины 1930-х годов национальной политикой Японии. Вся Юго-Восточная Азия вошла в японскую сферу влияния, а Тихий океан стремительно превращался, как тогда говорили экспансионисты, в Японское озеро.

Япония стала полноценной колониальной державой мира. Колониальная политика (сёкуминти сэйсаку) Страны восходящего солнца намного увеличила ее территории. В начале 1940-х годов Япония приумножила свои приобретения. К бывшему в ее официальном распоряжении Тайваню (первая колония Японии с 1895 года), а также территории Квантуна (японская часть Ляодунского полуострова), Корее, Микронезии и Южному Сахалину добавились обширные пространства Юго-Восточной Азии и бассейна Тихого океана. Колониями эти территории не назывались, но Япония черпала из завоеванных стран все необходимое для империи. Теория пан-азианизма (Хан Адзиа сюги), делавшая особое ударение на уникальность Азии и противопоставляющая ее Западу, доказывавшая азиатам, что японцы должны играть в их коллективном будущем превалирующее значение, торжествовала.

В прямой зависимости от «нового порядка в Восточной Азии» (Тоа синтицудзё), объявленного правительством Коноэ Фумимаро 3 ноября 1938 года, в противоположность «старому порядку», установленному белыми колониальными силами, находилась «великая сфера сопроцветания (сопреуспевания) в Восточной Азии» (Дай Тоа кёэйкэн). «Сфера сопроцветания» подразумевала проведение политической и экономической интеграции Азии, свободной от западного влияния, но, разумеется, под японским лидерством. В новую сферу, кроме Японии, Китая и Маньчжоу-Го, включались еще и Французский Индокитай и Голландская Восточная Индия, о чем официально объявил в августе 1941 года министр иностранных дел Японии Мацуока Ёсукэ.