Е.В. Путятин 7 февраля 1855 года в городе Симода подписал первый российско-японский договор, получивший в Японии название «Нитиро васин дзёяку» — «Японско-русский договор о дружественных отношениях» (с 1981 года этот день ежегодно отмечается в Японии как День северных территорий — Хоппо рёдо-но хи). С японской стороны договор был подписан полномочными чиновниками бакуфу Цуцуи Масанори и Кавадзи Тосиакира. Остров Сахалин в этом договоре был обозначен как «неразделенная» между двумя государствами территория, то есть получал режим кондоминимума. Россия, имевшая за всю свою историю самую большую территорию, земли которой при Екатерине Великой раскинулись на трех континентах, начала их терять.

В отличие от Соединенных Штатов Америки, получивших от «открытия» Японии в конечном итоге только прибыли, Россия, надеясь на установление добрососедских отношений и огромные выгоды в преддверии долгожданного торгового договора, вынуждена была пойти на уступки, отказавшись от спорных территорий в пользу соседнего государства. Никаких преимуществ на Дальнем Востоке Россия не получила с помощью договора также и перед Англией, так как та подписала с Японией аналогичное соглашение. В то же время у Японии появилось первое территориальное приобретение.

Взамен отданных островов договор устанавливал «постоянный мир и искреннюю дружбу между Россией и Японией», но открывал российским судам лишь доступ в порты Симода, Хакодатэ и Нагасаки. Русские корабли могли останавливаться там для ремонта и пополнения продовольственных запасов. В Симода и Хакодатэ разрешалась взаимная торговля, и в одном из этих городов России можно было открыть консульство.

Следующей территорией, которую получила Япония после реставрации Мэйдзи, были острова Рюкю (Нансэй). Рюкю представляют собой архипелаг примерно из 60 островов, включающих острова Мияко, Яэяма и самый крупный остров цепи — Окинава. К этим островам примыкает небольшая группа островов Сэнкаку (по-китайски Дяоюй-дао).

Примерно до XII века землями островов управляли их мелкие владетели, называвшиеся «ондзи» или «одзи». В последующее время начался процесс объединения этих земель, что привело к образованию нескольких королевств. В 1429 году второй король первой династии Сё, Сё Хаси (1372–1439), объединил все владения на Окинаве и стал единоличным правителем острова и всего Рюкюсского архипелага. В 1470 году была основана вторая династия Сё, просуществовавшая четыре столетия. Королевство Рюкю не обладало самостоятельностью и регулярно посылало дань ко двору китайского императора. Население островов находилось под мощным культурным влиянием Китая и поддерживало с ним постоянные торговые отношения.

В 1609 году королевство было завоевано японским кланом Симадзу, входившим в состав объединения Сацума. С этого времени король государства Рюкю Сё Нэй попал в двойную зависимость — он признал себя по договору 1611 года вассалом даймё Сацума, гарантировавших его «суверенитет» как монарха и, в то же время, продолжал платить дань Китаю. Такое положение королевства устраивало и Китай, и князей Сацума, которые через Рюкю вели торговлю во время изоляции Японии.

В первой половине XIX века островами Рюкю заинтересовались Великобритания и Франция, потребовавшие от королевства начать с ними торговые отношения. Китай, обессиленный опиумной войной с Англией, препятствовать ничему не мог. Сёгунат согласился на ограниченную торговлю с Западом, чтобы не допустить вторжения европейцев в пределы собственно Японии.

Через четыре года после революции Мэйдзи (в 1872 году) японское правительство объявило о принятии на себя полной ответственности за то, что происходит на островах Рюкю и примыкающей к ним зоне. Это заявление было сделано после инцидента в декабре 1871 года с рюкюским судном и положило начало территориальному спору между Японией и Китаем из-за архипелага Рюкю — «Рюкю кидзоку мондай». На борту рюкюского судна, потерпевшего кораблекрушение у берегов Тайваня (по-португальски Формоза), находилось 54 человека. Тайваньцы напали на потерпевших крушение. Японцы использовали это событие как предлог для наказания тайваньцев, и решили показать, кто является хозяином Рюкю, а заодно превратить остров Тайвань во владение Японии. От Китая Япония потребовала компенсацию, против которой он не возражал, и подкрепила свои декларации действиями, направив в мае 1874 года на Тайвань свои войска — более 3 тысяч человек под командованием Сайго Цугумити. Экспедиция получила название Тайваньский поход — Тайван сюппэй или Сэйтай-но эки. Это была первая попытка послереволюционной Японии расширить территорию государства за счет другой страны с помощью оружия. Акция с Тайванем отвлекла внимание бывших самураев от внутренних дел и очень понравилась военным, недовольным новыми порядками в стране. Удовлетворение получила и буржуазия. Земли острова уже были обещаны японским помещикам. Но операция провалилась, так как этому помешали капиталистические державы Запада. Соединенные Штаты Америки также были не прочь прибрать к рукам и Рюкю, и Тайвань. Планы обширной американской экспансии на Дальнем Востоке были разработаны в свое время еще небезызвестным флотоводцем Перри, ветераном нескольких войн, которые Америка вела ранее в других регионах.

После введения в Японии префектуральной системы острова Рюкю (в 1879 году) стали называться префектурой Окинава («Окинава кэн»). Это вызвало резкое недовольство цинского Китая. Китайцы не признавали Рюкю японской территорией вплоть до своего поражения в китайско-японской войне 1895 года. Примерно в это же время (в 1876 году) к Японии были присоединены острова Дайто, расположенные к востоку от Рюкю.

Необитаемые острова Сэнкаку Япония также стала считать своими. В настоящее время крошечный архипелаг, контролируемый Японией, превратился в спорные земли, на которые претендует кроме нее еще Китайская Народная Республика.

В 1875 году Япония вновь увеличила свои территории за счет России, которая в 1867 году отдала Соединенным Штатам за бесценок огромные земли, находившиеся в Северной Америке и на севере Тихоокеанского бассейна — Аляску и Алеутские острова. Через 20 лет после получения у России южной части Курил японцы завладели всей грядой островов до Камчатки.

Японии удалось использовать противоречия Российской империи с западноевропейскими странами. В это время Россия пыталась преодолеть международную изоляцию и отменить унизительные условия Парижского мира, подписанного в 1856 году, в соответствии с которым она потеряла Южную Бессарабию, получила запрет иметь военный флот, крепости и арсеналы на Черном море и не имела права выходить за пределы Черного моря через проливы. Кроме того, опять начало расти напряжение на Балканах. Причиной было освободительное движение балканских народов против ига Османской Турции и борьба европейских государств за влияние в регионе. Россия также преследовала цель усиления своих позиций на полуострове. Балканский кризис и приближающаяся русско-турецкая война 1877–1878 годов отодвинули на задний план все другие государственные проблемы, в том числе и дальневосточную территориальную.

Россия поддалась нажиму Японии и 7 мая 1875 года в Санкт-Петербурге подписала навязанный ей Договор об обмене территориями (японское название «Карафуто-Тисима кокан дзёяку» — «Договор об обмене Сахалина на Курильские острова»), по которому центральные и северные Курилы переходили к японскому государству «в обмен» на южную часть Сахалина, где преобладало русское население. С российской стороны договор подписал А.М. Горчаков, с японской стороны — Эномото Такэаки.

Россия практически обменивала одну свою территорию на другую свою же. Такой обмен для Японии не был выгодным не только из-за удачного географического расположения Сахалина, но и потому, что там были открыты месторождения угля, а позднее и нефти. В планы Японии не входило ухудшение отношений с Россией. Поэтому от замыслов овладеть всем Сахалином, разделить его между двумя странами или купить пришлось временно отказаться.