С двух сторон — с юга японцы и с севера русские — на Курильские острова устремились два колонизационных потока. Цель у России и Японии была одна — расширение территорий государств за счет приобретения новых земель (в данном случае — айнских) и увеличение подданного населения, которое можно обложить данью или налогом. Выгода для стран, приобретавших новые территории, была очевидной. Всякая новая территория представляет собой источник дохода государства. Россия и Япония имели равные условия и «права» для колонизации. Главным был вопрос первенства занятия территории и установление признаваемых странами государственных границ. Ущемленной стороной, пострадавшей от внедрения на территорию Курил Японии и России, были курильские айны, которые с приходом других цивилизаций теряли свою многотысячелетнюю независимость и самобытный уклад жизни.

Россия присоединяла к своим владениям Курильские острова быстрее, чем самоизолированная и медлительная из-за множества ограничений и чиновничьих запретов того времени Япония. Быстрота и легкость приведения в российское подданство народов Сибири и Дальнего Востока, в том числе и айнов, объясняется российским методом колонизации, который существенно отличался от японского. Японцы устанавливали свое господство на айнских землях с помощью подавления недовольства силой оружия и физического уничтожения коренного населения. Колонизация восточных окраин Азии русскими в основном осуществлялась мирным путем (исключение составляют несколько восстаний якутов и эвенков в середине XVII века против произвола царских воевод), не приводящим к широкомасштабному истреблению аборигенов в колониальных войнах, и без массовой ассимиляции местных жителей. Это было, скорее, экономическое внедрение, нежели военное. Вслед за первопроходцами (казаками и прочими «служилыми людьми»), торговцами и купцами на Восток приходили русские переселенцы и царская администрация, основной задачей которой являлось регулярное получение с аборигенов ясака.

Освоение Курил русскими началось при Петре Великом. В первой половине XVIII века Курильские острова не принадлежали какой-либо стране. Мартын Петрович Шпанберг, исследовавший со своим отрядом в 1738–1739 годах юг архипелага, в частности Кунашир (Кунасири), узнал от айнов, что южные Курильские острова «не принадлежат к владению японского хана». О том же свидетельствовали и сами японцы. Японские мореплаватели, потерпевшие в 1744 году кораблекрушение около Курильских островов, были доставлены русскими служилыми людьми в Иркутск. Они сообщали об айнах (из-за обволошенности называемых «мохнатыми») Хоккайдо (остров назывался иногда Мацумаэ по названию японского клана) и Курил так «Мохнатые курильцы, живущие на Матмае и на дальнейших островах, не подвластны ни японцам, ни китайцам». Говоря об айнах Хоккайдо, японцы, вероятно, имели в виду северную часть острова, на которую японский контроль если и распространялся, то в минимальной степени.

Все Курильские острова русскими землепроходцами были пронумерованы с севера на юг, начиная с острова Шумшу и до Хоккайдо включительно, который обозначался номером XXII, так как тоже считался одним из островов Курил.

Закреплению русских на Курильских островах кроме походов И.П. Козыревского и М.П. Шпанберга, способствовали экспедиции И.М. Еврейнова и Ф. Ф.Лужина (1721), А. Шестакова и Д. Павлуцкого (1727), И.К. Кириллова (1733). Со второй половины XVIII века началось активное освоение русскими Курильских островов. Русские поселенцы основали на островах Шумшу, Парамушире (Парамусиру), Урупе (Уруппу) и Итурупе (Эторофу, по-айнски Итурпу — Земляничный остров) населенные пункты и возвели там укрепления. На Урупе появился поселок Курилороссия (Курило-Россия), основанный жителем Иркутска В. Звездочетовым, куда русские перевезли скот и стали его разводить, организовали промысловую артель, стали выращивать овощи, рожь, ячмень.

Россия, заботясь об укреплении своих дальневосточных рубежей и установлении торговых отношений с соседями, старалась, и небезуспешно, привлечь на свою сторону айнское население Курильских островов. Айны находились в привилегированном положении по сравнению с другими коренными жителями Сибири и Дальнего Востока. Ясачным сборщикам и другим царским чиновникам, начальникам экспедиций строжайше предписывалось тех курильцев, которые еще не были подвластны российскому правительству, «уговаривать в подданство, не оказывая при этом не только делом, но и знаком грубых поступков и озлобления, но привет и ласку». Поэтому можно сказать, что айны относились к русским довольно дружелюбно. Русский морской офицер Василий Михайлович Головнин (1776–1831), попавший к японцам в плен и проведший в нем более двух лет, наблюдавший жизнь аборигенов островов, в своих «Записках» отмечал, что айны любят русских. В 1760-х годах казачий сотник Иван Черный собрал на Урупе первый ясак, а, начиная с 1770-х годов, русские начали регулярно получать ясачный сбор на Южных Курилах, где местные жители были приведены в русское подданство. К 1779 году в подданство России было принято около 1500 айнов. В административном отношении присоединенные к Российской империи Курильские острова вошли в состав Иркутской губернии.

При Екатерине II айнов освободили от уплаты ясака и прочих повинностей, чего не удостаивались все остальные «инородцы» России. Высочайший указ императрицы гласил: «…курильцев оставить свободными и никакого сбора с них не требовать, да и впредь обитающих там народов к тому не принуждать, но стараться дружелюбным обхождением и ласковостью, для чаяния выгод в промыслах и торговле, продолжать заведенное с ними знакомство». Идея улучшения отношений с айнами за счет полного освобождения их от уплаты ясака имела и негативные последствия. Русские чиновники перестали регулярно посещать южные Курилы и ослабили контроль над этими территориями, чем воспользовались японцы.

В середине 1780-х годов Япония, отставшая от России с присоединением новых земель, начала более настойчивое и целенаправленное внедрение на острова. Япония жаждала приобщить к своим владениям Южные Курилы и Сахалин (по-японски Карафуто — от айнского Карахту, по-китайски Куэ-дао, то есть Айнский остров, от одного из самоназваний айнов — «куй») с айнским населением на юге (на севере острова расселялись оседлые нивхи и ороки (уйльта) — оленеводы тунгусо-маньчжурского происхождения). Сначала на юге Курильских островов и юге Сахалина регулярно появлялись сезонные стоянки японских рыбаков и торговцев.

Объектом прямой японской экспансии стал остров Кунашир, на котором уже были фактории японцев и который подвергся захвату силой. Методы обращения японских чиновников и промышленников с коренным населением Курил мало чем отличались от колониальной политики японцев по отношению к айнам Хоккайдо. Жители Курил боялись японцев, не доверяли им и старались по возможности уклоняться от встреч. Проникновение японцев на общинные территории курильских айнов нередко сопровождались столкновениями. Самым крупным из них было выступление в 1789 году кунаширских айнов, восставших против поборов и произвола японских откупщиков. Более 200 айнов неожиданно напали на их конторы и убили свыше 70 человек, в том числе и непосредственного вассала клана Мацумаэ. Выступление было жестоко подавлено самурайским отрядом, прибывшим с Хоккайдо.

Любые попытки России в то время решить спорные вопросы и установить с изолированной Японией дипломатические и торговые отношения пресекались военным правительством сёгунов Токугава. Достичь договоренности с помощью дипломатических миссий в Японии не удавалось. Безрезультатно окончилась в 1792–1793 годах поездка дипломата А.Э. Лаксмана (1766 — умер после 1796), который в качестве предлога для этой поездки избрал возвращение Японии капитана Дайкокуя Кодаю (1751–1828), судно которого, «Синсё мару», потерпело крушение на острове Амчитка (Алеутские острова). Японский мореплаватель после кораблекрушения был доставлен русскими сначала в Иркутск, затем достиг Санкт-Петербурга, получил у Екатерины II аудиенцию и, вернувшись на родину вместе с другими японскими отверженными в сопровождении Лаксмана, попал под домашний арест в Эдо на основании изоляционистского заакона. Лаксман, имея истинные намерения установить торговые отношения с Японией, вернулся в Россию ни с чем.