В 1614 году по повелению Иэясу дзэнский монах Контиин Судэн подготовил для правительства обоснование о запрещении христианства в Японии. Согласно указу от 1 февраля 1614 года на христианство в стране налагался запрет, а все католические и прочие проповедники высылались из нее. Большинство зарубежных священников были депортированы из Японии, но около 40 человек, включая ряд японских служителей христианской церкви, не прекратили своей деятельности на островах.

После смерти Иэясу гонения на христиан продолжались с неослабевающей силой. В 1622 году в Нагасаки власти снова лишили жизни 51 христианина, а двумя годами позже в Эдо сожгли 50 человек. В 1633 году было уничтожено еще 30 миссионеров. В общей сложности в Японии было замучено примерно 3 тысячи христиан, не считая тех, кто пострадал в тюрьмах и изгнании.

Возрастающее напряжение от притеснения верующих вылилось в восстание японских христиан, которое произошло в 1637–1638 годах на полуострове Симабара. Религиозные мотивы восстания прослеживаются весьма отчетливо, однако социальный фактор выступления народа, скорее всего, был превалирующим. Эксплуатация со стороны феодалов, трудность жизни и бедность масс толкнули их к вооруженному сопротивлению властям. Многотысячное восстание крестьян, простых самураев и примкнувших к ним ронинов (деклассированных самураев) с большим трудом удалось подавить посланным бакуфу войскам. После того как восстание было буквально потоплено в крови, военные правители Японии уже не сомневались в опасности чужой религии и в том, что страну необходимо закрыть от всего иноэтнического, готового выступить против центральной власти и лишить бакуфу этой власти, а Японию независимости.

Принципы официальной политики изоляции Японии провозглашались в документах, разработанных сёгунским советом старейшин (родзю) в Эдо. Они предназначались для специальных уполномоченных (бугё), направленных в Нагасаки для наблюдения за осуществлением этой политики. Она подразумевала запрещение христианства и прекращение действий римской католической и других церквей на островах. Япония приостановила торговлю с западными странами, иностранцам запрещалось прибывать на ее территорию или даже приближаться к ней, а японцам — под страхом смерти выезжать за границу. Национальная изоляция страны длилась более двух столетий, до 1854 года. Примерно с начала XIX века такое состояние Японии стали называть сакоку (закрытая страна).

Основные положения изоляционистской политики были сформулированы в эдиктах правительства, выпущенных в период с 1633 по 1639 годы во время правления третьего сегуна династии Токугава Иэмицу. Первый эдикт 1633 года содержал 17 статей, касающихся обращенных в христианство японцев и торговли с иностранцами. В эдикте отмечалось, что всем японским судам и их экипажам запрещается покидать пределы страны без хосёсэн — специальных лицензий (через два года и эти лицензии были отменены), а все японцы, живущие за границей, будут преданы смерти, если они попытаются вернуться на родину. Исключение составляли лишь те подданные Японии, которые проживали на чужбине менее пяти лет или удерживались там насильно. Если чужеземный корабль прибывал в Японию, его надлежало задержать и охранять до тех пор, пока доклад о нем не дойдет до Эдо и не вернется с решением обратно. Запрещалось помогать и любым способом содействовать христианским священникам. Виновные подлежали немедленному аресту и заточению в тюрьму в Омура, рядом с портом Нагасаки, для дальнейшего пристрастного разбирательства. На всех прибывавших в Японию судах было приказано искать скрывающихся католических миссионеров среди команды.

Особо в указах сёгунского правительства говорилось о регулировании торговли с иноземцами. Изоляция была строгой, но не полной. Торговать с Японией в виде исключения разрешалось китайским, корейским и голландским купцам. Японским торговцам и чиновникам из владения Сацума (современная префектура Кагосима) было позволено на своих судах прибывать на острова Рюкю. Из владения Цусима (часть современной префектуры Нагасаки) купцы могли ездить в Корею. Корейская торговля ограничивалась только островами Цусима. Голландцы и китайцы в качестве привилегии имели право прибывать на остров Кюсю, в порт Нагасаки. Для голландцев в гавани Нагасаки определялся крошечный, искусственно созданный в 1634–1636 годах остров Дэдзима (Дэсима), где была построена небольшая голландская деревня и несколько строений торговой фактории, принадлежавших Ост-Индской компании.

Второй эдикт «закрытой страны» был выпущен в 1634 году, третий — в 1635. Третий эдикт досконально доводил до сведения подданных Японии, какие кары их ждут в случае попытки покинуть страну или вернуться в нее после отъезда.

В четвертом эдикте 1636 года, включавшем в себя 19 статей, говорилось о потомках южных варваров (португальцев и испанцев), которые подлежали обязательной депортации. Японцы, адаптировавшие кого-либо из этих потомков европейцев, обязаны были передать их вместе с детьми португальцам, выезжающим из Японии.

В 1639 году сёгунское правительство издало последний эдикт, в котором сообщалось, что любой португальский корабль отныне не имеет права заходить в японские порты. Всякое судно, нарушившее эдикт, подлежало уничтожению вместе с экипажем. Уже в следующем году сёгунат выполнил свою угрозу. Корабль, прибывший из Макао в Нагасаки с тем, чтобы возобновить отношения с Японией, был задержан, а команда, 74 человека, арестована. Только 13 китайцев из числа экипажа получили от властей разрешение вернуться обратно, остальные были преданы смерти.

В 1640 году правительством было учреждено специальное сёгунское ведомство по расследованию — «Кириситан сюмон аратамэ яку», целью которого было искоренение католицизма и тотальное истребление христиан. Крещеных японцев выявляли чиновники ведомства и в случае сомнения применяли практику, называвшуюся эфуми (эбуми) — топтание святых изображений (фумиэ — картина, на которую наступают). Для определения приверженности к христианству испытуемому давали крест или медную пластинку с изображением распятия или ликом девы Марии и заставляли попирать это изображение ногами. Отказ топтать святой предмет являлся свидетельством принадлежности к христианству, и верующий подвергался физическому уничтожению. Впервые такая практика была применена в Нагасаки в 1626 или 1629 году. Как инструмент контроля над христианством эфуми просуществовало до 1858 года.

К 1660 году в Японии христианство в целом было искоренено. Во всяком случае, так докладывали центральным властям чиновники с мест. В 1663 году запрет на исповедование христианства во всех провинциях и местностях был оформлен законодательно, что нашло отражение в добавлениях к своду «Букэ сёхатто».

Серия эдиктов, запрещающих христианство, не остановила самых верных его приверженцев. Они продолжали тайно исповедовать католическую религию. Скрытое христианство получило в Японии название какурэ кириситан. Скрытые христиане в полном составе своих общин меняли место жительства или вели двойную жизнь, открыто исповедуя буддизм и синтоизм и тайно — христианство. Такой «секретный» католицизм продолжал существовать в стране более двух веков, вплоть до отмены преследования христиан незадолго до событий 1868 года. В середине XIX века около 30 тысяч христиан старой веры — мукаси кириситан, как их тогда называли, вышли из подполья и легализовали свою деятельность.

На протяжении всего периода Эдо военное правительство всячески поддерживало буддизм как противника католицизма. Буддийским храмам вменялось в обязанность приписывать к ним всех жителей именно как буддистов. В компетенцию храмов и буддийских священнослужителей этой эпохи входила и регламентация социальной жизни японского населения, а именно регистрация рождений, браков, поступление на работу, перемена места жительства. Такой контроль эффективным образом препятствовал распространению и развитию христианства.