Гордоновский «конный пробег» вошёл в документальную историю. Тот же цесарец Иоганн Георг Корб, секретарь австрийского посольства в Москве, подробно описывает встречу русского царя с любимым генералом:

«Господин генерал Гордон во время неожиданного приезда царя находился в своём поместье, отстоящем от Москвы на расстоянии около тридцати миль; узнав о приезде царя, генерал приехал сегодня почтительно приветствовать его и явился на тот же самый пир. По обычаю, он дважды поклонился царю до земли и просил прощения за то, что слишком поздно свидетельствует ему свою преданность, в оправдание чего ссылался на непостоянство погоды и на ненастье. Его царское величество, поцеловав его, поднимал его и, когда тот преклонял колена, протягивал ему правую руку».

Пётр, как известно, остался крайне недовольным результатами проведённого расследования стрелецкого бунта и приказал вновь возбудить розыск. Он старался «найти след» в этом деле Софьи. Следствие продолжалось в Преображенском приказе с перерывами ещё более года.

Самодержец на одном из застолий, на котором кто-то ненароком обмолвился о плохой организации стрелецкого розыска, неожиданно для всех в страшном гневе выкрикнул в побелевшие от страха лица Шеина и Гордона:

   — Я строже вас проведу розыск! Крамолу не могли найти!

С этими словами в лицо боярина-воеводы Алексея Семёновича Шеина полетел тяжёлый серебряный кубок с недопитым белым вином. Тот даже не отвернулся:

   — Это вы не могли найти главных смутьянов, главных зачинщиков бунта! Какие же вы мне верные слуги сегодня! А?! Заворовались тоже!..

Петровский стрелецкий розыск шёл с невиданным даже для памятного московского люда размахом. Брат сумел ценою бесчеловечных пыток достоверно доказать вину двух сестёр-царевен Софьи и Марфы. Обе были пострижены насильно в монахини. Софья — в московском Новодевичьем монастыре под именем Сусанны, Марфа — в Александровской слободе под именем Маргариты. Там они оставались под самым строгим надзором до самой смерти.

Генерал Патрик Гордон, как иностранец, уже не привлекался для проведения расследования по этому делу, которое завершилось печально известной Стрелецкой казнью. Вместе с Францем Яковлевичем Лефортом он решительно отказался от приглашения взять на себя обязанности палача, сказав:

   — У нас на родине, в Шотландии, и городе Женеве, в Швейцарии, такое не принято...

Всё же Гордону с Лефортом пришлось стать свидетелями массовых казней стрельцов в Преображенском и на московских площадях. Они были обязаны присутствовать по долгу службы. Секретарь цесарского посольства рассказывал о том со многими подробностями в дневниковых записях:

«...Десятого октября, приступая к исполнению казни, царь пригласил всех иноземных послов. К ряду казарменных изб в Преображенской слободе прилегает возвышенная площадь. Это место казни: там обычно стоят позорные колья с воткнутыми на них головами казнённых. Этот холм окружал гвардейский полк в полном вооружении. Много было москвитян, влезших на крыши и ворота. Иностранцев, находившихся в числе простых зрителей, не подпускали близко к месту казни.

(В числе этих иностранцев находились и генералы Пётр Иванович Гордон с Францем Яковлевичем Лефортом, не пожелавшие взять на себя роль палача).

Там уже были приготовлены плахи. Дул холодный ветер, у всех замёрзли ноги, приходилось долго ждать...

Наконец его величество подъехал в карете вместе с известным Александром [Меншиковым] и, вылезя, остановился около плах. Между тем толпа осуждённых заполнила злополучную площадь. Писарь, становясь в разных местах площади на лавку, которую подставлял ему солдат, читал народу приговор по мятежникам. Народ молчал, и палач начал своё дело.

Несчастные должны были соблюдать порядок, они шли на казнь поочерёдно...

На лицах их не было заметно ни печали, ни ужаса предстоящей смерти. Я не считаю мужеством подобное бесчувствие, оно проистекало у них не от твёрдости духа, а единственно оттого, что, вспоминая о жестоких истязаниях, они уже не дорожили собой — жизнь им опротивела...

Одного из них провожала до плахи жена с детьми — они издавали пронзительные вопли. Он же спокойно отдал жене и детям на память рукавицы и пёстрый платок и положил голову на плаху.

Другой, проходя близко от царя к палачу, сказал громко:

«Посторонись-ка, государь, я здесь лягу...»

Мне рассказывали, что царь в тот день жаловался генералу Гордону на упорство стрельцов, даже под топором не желавших сознавать своей вины. Действительно, русские чрезвычайно упрямы...»

Перед этой массовой казнью Патрик Гордон стал свидетелем казни в том же Преображенском «заводчиков» — пятерых стрельцов Чёрного полка: Никиты Плешивого, Васьки Глотова, Гришки Жучонка, Тимошки Гонца и Васьки Долгого. Всех этих «пущих воров» обезглавили.

Последнего казнённого иноземный генерал, на удивление себе, вспомнил по бою под стенами Воскресенского монастыря. Тот бесстрашный стрелец пытался собрать разбегавшихся товарищей, чтобы с ними отсидеться от драгун за обозными телегами. Тогда шотландцу и подумалось крамольное: «Таким бы солдатам умирать за своего монарха на войне со славою. А не под топором палача».

Надо отдать должное служилому иноземцу в том, что он не поздравил ни разу своего монарха по поводу безжалостного истребления мятежников. Хотя он и был в числе иностранцев, выслушивавших в полном молчании царский указ по дороге к месту казни у Покровских ворот:

«Воры и изменники, и клятвопреступники, и бунтовщики Фёдорова полку Колпакова, Афанасьева полку Чубарова, Иванова полку Чорнова, Тихонова полку Гундертмарка стрельцы! Великий государь, царь и великий князь Пётр Алексеевич всея Великие и Малые и Белые России самодержец указал вам сказать.

В прошлом в 206 (1698) году пошли вы без указу великого государя забунтовав с службы к Москве всеми четырьмя полками и, сошедшись под Воскресенским монастырём с боярином и воеводою с Алексеем Семёновичем Шеиным, по ратным людям стреляли и в том месте вы побраны, а по розыску ваша братья казнены смертью. А вы сосланы были в разные города и в том вашем воровстве взяты ваша братья стрельцы четырёх полков пятидесятники, и десятники, и рядовые, всего триста сорок один человек, распрашиваны и пытаны, а в распросе и с пыток все сказали, что было приттить к Москве и на Москве, учиня бунт, бояр побить и Немецкую слободу разорить и немцев побить, и чернь возмутить — всеми четырьмя полками ведали и умышляли.

И за то ваше воровство великий государь царь и великий князь Пётр Алексеевич всея Великие и Малые, и Белые России самодержец указал казнить смертью».

Бывалый воин генерал Патрик Гордон не без смутной жалости смотрел на приговорённых. Вместе с ним они бились с турками на валах Чигирина, ходили по бескрайней степи в Первый и Второй Азовский походы, как кроты, копали минные галереи и апроши, штурмовали крепостные стены, отбивались от нападений татарской конницы крымского хана. Терпели многие лишения и похоронили на берегах Дона немало однополчан.

Теперь же этих стрельцов свезли на казнь по петровскому указу и распоряжению Иноземного приказа в столицу из самых разных мест заточения: из Владимира, Мурома, Углича, Твери, Торжка и Костромы, Суздальского Евфимнева и Ипатьевского монастырей.

Стрельцы-смертники все как один в полном молчании выслушали царский указ о своей погибели. Осуждённые сидели на небольших московских телегах по двое, держа в руках зажжённую восковую свечу.

Вид этих свечей, а не бесстрастные лица приговорённых, больше всего поражал иноземцев. Даже «немцев» с Кукуя, топтавшихся на снегу рано наступившей зимы среди толпы горожан. Даже генерала Петра Ивановича Гордона, усмирителя стрелецкого бунта у Нового Иерусалима.

После Стрелецкой казни, самой массовой из всех во время печально известного стрелецкого розыска, Патрик Гордон присутствовал на очередном царском пире. Пётр I, у которого от сильной зубной боли «разнесло щёку» и он ходил с перевязанным лицом, казался всем доволен и приветлив. Даже его наставник не догадывался о том, что творилось у него на душе.