В то же время Москва отразила мощное нападение с юга. В 1460-х гг. один из степных полководцев — хан Ахмат собрал кланы с низовьев Волги. Эти кланы представляли собой остатки Золотой Орды. Не признанный ханом другими правителями «осколков» Орды, Ахмат все же предпринял попытку обложить Москву данью. В 1480 г. он заключил союз с Литвой и попробовал заручиться помощью братьев Ивана III Андрея и Бориса, надеявшихся возродить династические распри в Москве. Хан собрал внушительное войско и двинул его вверх по реке Угре, притоку Оки. Иван же пошел на союз с крымским ханом, представлявшим теперь для Ахмата такую же угрозу в тылу, какой в свое время Литва являлась для Руси. Затем великий князь использовал свои растущие административные ресурсы и главенствующее положение на Руси для того, чтобы собрать достойную армию. После неудачной попытки пересечь реку татарское войско стало менее дисциплинированным, воины начали грабить близлежащие районы. Иван не терял твердости и выжидал момент, когда Ахмат осознает, что помощи со стороны Литвы и Бориса с Андреем не последует. В итоге хан увел свои войска обратно в степь.

Несмотря на то что татары представляли собой серьезную опасность и еще в течение трех последующих веков осуществляли набеги, нередко оставлявшие города опустошенными, никогда более они не угрожали суверенитету Руси. Историки часто считают эту несостоявшуюся битву 1480 г. моментом полного прекращения монгольской власти над Русским государством. И ни одно из монгольских государств — наследников Орды — не было достаточно сильным для требования дани. Лютой зимой 1502 г. Золотую Орду захватил Менгли-Гирей, крымский хан, который стал сосредоточивать оставшиеся ресурсы кочевого мира с юга и запада на своей территории⁴.

Для того чтобы управлять обширной и постоянно растущей территорией Московии, обеспечивать военные силы, необходимые для защиты открытых границ, великие князья должны были мобилизовать все ресурсы и создать такие административные органы, какие и не снились их более скромным предкам. Сам размер территории давал государству достаточные ресурсы: пахотными землями, полезными ископаемыми и рабочей силой. Трудность состояла в доставке этих ресурсов туда, где в них возникала насущная потребность. Для реализации этой цели была необходима гражданская и военная бюрократия, которая действовала бы в соответствии с установленными нормами и составляла подробные записи. В новых условиях монарх не мог лично знать всех своих слуг; он нуждался в специальных учреждениях, которые бы. действовали в его отсутствие. Как и в средневековых европейских государствах, поначалу у великого князя просто увеличилось число домочадцев и одновременно расширился круг их обязанностей. Посты дворецкого, конюшего и казначея потеряли «семейный» характер и стали официальными должностями. Дьяки, государственные секретари, вели корреспонденцию и несли ответственность за бумаги и записи. Для беспристрастного ведения дел эти люди не должны были являться членами боярских кланов, а для работы с книгами и корреспонденцией от них требовалась достаточная образованность⁵.

В конце XV в. были сделаны первые шаги, чтобы связать отдаленные территории расширившегося государства, создав систему коммуникаций. Иван III, бесспорно, опирался на монгольский образец почтовой системы и даже использовал то же обозначение — ям. Ямом являлось почтовое отделение, станция, где путник мог получить пищу, ночлег, лошадей, а также карету или сани в соответствии со временем года. Ямы располагались вдоль важных путей, например, из Москвы в Псков и Новгород, в Смоленск через Можайск и Вязьму, в Муром, а также в Нижний Новгород и Казань через Окско-Волжский водный путь. Великий князь и его ближайшее окружение могли обеспечить путешественника (официального курьера, иностранного посла или просто человека с положением) особой подорожной, при наличии которой владелец каждого яма обязан был предоставить пристанище, пищу и лошадей.

Габсбургский посол Сигизмунд фон Герберштейн сообщал о том, что благодаря этой системе он добрался до Москвы из Новгорода за 72 часа, преодолев около 500 км. При этом он заметил, что данное путешествие оказалось намного быстрее, чем где-либо в Европе. За небольшую плату можно было получить все необходимое:

«Каждому позволялось скакать на предельной скорости, а если лошадь случайно падала или не могла больше бежать, разрешалось безнаказанно взять другую из близлежащего дома или у любого встретившегося на пути (за исключением лишь правительственных гонцов). За оставленными в пути лошадьми смотрел ямщик, он же возвращал лошадь тому, у кого ее взяли, и платил ему в зависимости от расстояния»⁶.

Иван III и Василий III постепенно превращали московское войско из разношерстной дружины и местных ополчений, управляемых боярами и удельными князьями, в более или менее единую силу, подразделения которой можно было быстро мобилизовать и направить туда, куда нужно. Великие князья никогда не доверяли боярам из окружения своих младших собратьев, удельных князей, и давали им лишь второстепенные задания на границах. Важнейшие же поручения исполняли войска, управляемые боярами и дворянами самого великого князя. Крупнейшие аристократы из присоединенных к Руси земель поначалу обычно оставались на своих землях, но после того как они доказывали свою преданность, им позволялось свободно перемещаться из одной части растущего государства в другую. Командные должности даровались детям боярским и дворянам, получавшим поместья за военную службу. Среди старых московских родов, отпрыски которых взяли на себя ответственность за судьбу Москвы, были Оболенские, Сабуровы, Кошкины, Ховрины, Челяднины и Морозовы. К ним присоединились Холмские из Твери и Ярославские (фамилия указывает на место происхождения этого рода). А из Литвы — Бельские, Воротынские, Мезецкие и Новосильские. Одна из таких семей, семья Патрикеевых, стала настолько могущественной и богатой, что в 1499 г. Иван III заставил ее главу, князя Ивана Юрьевича, уйти в монастырь. Сыновья Ивана Юрьевича были заточены в темницу. В итоге линия прекратилась, и род вымер. Однако подобные решительные меры принимались редко и являлись следствием как зависти одного боярского клана другому, так и недовольства самого Ивана III⁷.

Конечным результатом подобной политики стало создание служилой аристократии, только небольшая часть которой имела фамилии, связанные с местом происхождения рода, и которая не была прикреплена ни к какой определенной области и не имела эквивалентов «де» и «фон» в своих фамилиях. Эти слуги князя являлись более сговорчивыми, чем феодалы, которых западноевропейские монархи пытались в то время привлечь в свои свиты. Дворяне напоминали скорее командиров степного войска. Поместье стало фактическим аналогом икты, позволявшей кавалерии мусульман завоевывать и присоединять обширные территории в VI и VII вв., и тимара османов времен их имперской экспансии: части недавно завоеванной территории, дарованной за верную службу⁸.

С тех пор как князь Московский начал претендовать на титул государя, одновременно обладавшего как властью, так и собственностью, вотчины также стали вручаться за службу и конфисковываться в случае ее окончания. Преданные князю боярские семьи теперь могли получить новые поместья, компенсируя тем самым потери от разделенного наследования. Различие между поместьем и вотчиной состояло лишь в том, что поместье нельзя было продать, отдать в залог или подарить⁹.

Одной из главных задач дьяков являлось создание земельных регистров, так называемых писцовых книг, сначала для новгородских земель, а затем и для других территорий, в целях справедливого распределения военных обязанностей¹⁰. Горожане и «черные» крестьяне (не трудившиеся во владениях бояр, служилых людей или монастырей) облагались прямым налогом доверенными лицами государя и обязались пополнять пехотные и запасные войска полностью обмундированными и экипированными. С развитием огнестрельного оружия из городского населения набирались аркебузьеры, мушкетеры и артиллеристы. Первая пушка была отлита в Москве в 1475 г., но в течение многих десятилетий артиллерия использовалась редко и только с установленных позиций, обычно из укреплений, так как еще не было оборудования, необходимого для передвижения тяжелых орудий¹¹.