После турецкого завоевания церковь Святой Ирины не была превращена в мечеть, как это случилось с другими христианскими храмами. Сначала в ней разместился арсенал, а потом Музей старинного оружия, которое было развешано по стенам, колоннам и галереям до самого купола. В число его экспонатов входило много древностей — осадные машины времен крестоносцев, кольчуги, латы, щиты, мечи и пр. По рассказам, среди старинного оружия, хранящегося в Музее, были мечи султана Мехмеда II и албанского героя Скендер-бея, поручни Тамерлана, ключи от всех городов, завоеванных Османской империей. Кроме оружия на дворе и в окружавших его галереях хранились памятники античного и христианского искусства, найденные во время археологических раскопок и в самом Константинополе, и в других местах Османской империи. В коллекцию входили также колокол храма Святой Софии и знаменитая железная цепь, которая при византийских императорах и генуэзцах перепоясывала Босфор и пропускала корабли только после уплаты ими таможенной пошлины.

Традиция коллекционирования и собирания предметов искусства берет свое начало в Турции со времен правления султана Мехмеда Завоевателя. Сначала султан начал собирать во двор своей мечети саркофаги византийских императоров. Потом собрание их пополнилось византийскими колоннами и капителями колонн с площади султана Ахмеда. Эти произведения составили ядро первой коллекции, а потом традиция, заложенная султаном Мехмедом II, была продолжена следующим образом: в узелки из шелковой ткани были собраны различные одеяния и костюмы правителей — с их младенческих лет и до зрелого возраста. Впоследствии к ним присоединились вещи, привезенные из различных районов империи, и хранилось все это в церкви Святой Ирины.

Впоследствии, когда в султанском дворце Топкапы была устроена Оружейная палата, а в Бейоглу открыли Военный музей, в них из церкви Святой Ирины перенесли немало ценных византийских и османских реликвий. На церковном дворе остался лишь постамент бронзовой статуи, на котором были четыре изображения победителя, увенчанного на скачках, — знаменитого наездника Порфирия.

Впоследствии на дворе церкви Святой Ирины разместились обломки больших монументов, а также целые памятники, не нашедшие места в залах Оттоманского музея. Среди них — огромная голова медузы Горгоны из белого мрамора, найденная на форуме Константина; обломок порфирового обелиска, база порфировой колонны и серебряная статуя императрицы Евдокии (супруги императора Феодосия II)[28]. В настоящее время перед церковью осталось много старинных пушек, захваченных турками в сражениях. Кроме того, в церковном дворе можно увидеть несколько мраморных гробниц византийских императоров, которые перенесли из склепа храма Святых Апостолов. До разграбления Константинополя крестоносцами в этих саркофагах покоились останки Константина Великого, Юлиана, Феодосия Великого, Аркадия IV и других императоров Византии. В настоящее время саркофаги эти не имеют никаких украшений, кроме одного-двух византийских крестов и монограммы императоров.

От случившегося 28 июня 1894 г. землетрясения купол и стены церкви значительно потрескались. Почти на каждом окне в куполе была трещина, которая шла до самого основания барабана. Во многих местах отвалились штукатурка и некоторые декоративные украшения, слабее других державшиеся на здании.

За почти 17 веков своего существования церковь Святой Ирины глубоко вросла в землю, но с двух сторон церковное здание раскопано до фундамента — на глубину около 4 м. Одно время к этому памятнику мировой истории буднично, совсем по-домашнему лепились какие-то простенькие строения, какой-то частный двор с кирпичным заборчиком и кособокими воротами, какая-то деревянная хибарка с верандой… А в свое время в церкви Святой Ирины хранились останки святого Иоанна Златоуста — архиепископа Константинопольского.

Святитель Иоанн Златоуст, великий Вселенский учитель и иерарх Церкви, скончался в 407 г. в г. Команы на пути к месту ссылки, осужденный по проискам императрицы Евдоксии за смелое обличение пороков, царивших в Константинополе. Святой Иоанн Златоуст пользовался горячей любовью и глубоким уважением народа, и скорбь о его безвременной кончине глубоко затронула сердца христиан. Архиепископ Константинопольский Прокл (ученик святого Иоанна) побудил народ просить императора, чтобы мощи святого Иоанна были перенесены в столицу. Император согласился, но посланные им люди никак не могли поднять святые мощи до тех пор, пока император не понял свою ошибку и не прислал святому Иоанну послание, в котором смиренно просил прошения за себя и свою мать Евдоксию.

Послание зачитали у гроба святителя, и после этого легко подняли мощи, внесли их на корабль и доставили в Константинополь. Перенесение честных мощей Иоанна Златоуста из Коман в Константинополь совершилось через 30 лет после смерти святителя — при императоре Феодосии П. Рака с мощами была поставлена в церкви Святой Ирины. Архиепископ Прокл открыл гроб святого Иоанна, и все увидели, что останки Иоанна Златоуста сохранились нетленными. Император, припав к гробу, со слезами просил прощения. Народ весь день и всю ночь не отходил от раки, которую наутро перенесли в церковь Святых Апостолов. Народ взывал: «Приими престол твой, отче!». Тогда архиепископ Прокл и клирики, стоявшие у раки увидели, что святитель Иоанн открыл уста и произнес: «Мир всем».

До перенесения римской столицы на берега Босфора обитель Хора была загородным монастырем и располагалась в окрестностях Византия. Название ее по-гречески так и означает — «сельский скит вне стен города», «монастырь в поле». Когда при императоре Константине Великом город разросся, монастырь стал пригородным, а при Феодосии Великом, по повелению которого была сооружена вторая крепостная стена, он оказался уже на окраине Константинополя, однако сохранил свое прежнее название — «монастырь в поле».

Расцвет храма связан с Феодором — дядей (со стороны матери) императрицы Феодоры. Император Юстиниан назначил его протопатрикием и отправил в Малую Азию воевать с персидским царем Хозроем. Феодор блистательно справился с возложенной на него задачей, разбил персов и вынудил их подписать выгодный для византийцев мир. Закончив поход, Феодор отправился назад, но по дороге передал войско полководцу Велизарию, а сам с двумя учениками — Феопластом и Тимофеем — решил посетить святые места Палестины. Обойдя Святую Землю, они потом все трое поселились в Антиохии, где и приняли постриг.

Феодор скрывал свое имя, но вскоре слава о его святости распространилась широко, и к нему со всех сторон стали приходить люди за советом и благословением. Наконец — совсем случайно — Феодор был узнан, о нем сообщили императору Юстиниану, и тот немедленно вызвал дядю своей супруги в Константинополь. Поехал Феодор в столицу в свите Антиохийского патриарха, отправлявшегося на заседания церковного Собора. Когда Собор закончил работу, Феодор хотел вернуться в свою келью в Антиохию, но император упросил его остаться в Константинополе. Феодор нехотя согласился и стал подыскивать место, где бы мог продолжить свои монашеские подвиги.

На холме неподалеку от городских ворот, на земле вельможи Харисия, он нашел маленький монастырь, стоявший в тихой части города. В центре обители располагалась церковь, представлявшая собой небольшой, очень древний и очень скромный храм. Феодор поселился здесь со своими учениками, потом принял еще несколько человек братии, и зажили они тихо и свято. Но в 557 г. случилось сильное землетрясение, от которого все монастырские постройки повалились. Император Юстиниан заново выстроил обитель, расширил ее, возвел прекрасный храм во имя Пресвятой Богородицы и окружил монастырь высокими стенами. А Феодор основал при обители богадельню и больницу.