Геннадий понимал, что с ересью нельзя бороться только мерами устрашения. Владыку удручали тьма и невежество, окутавшие некогда просвещенный Новгород. Массовые выселения наиболее образованной части населения бывшей республики привели к острой нехватке сколько-нибудь образованных священнослужителей.

В своем послании к новому митрополиту Геннадий жаловался: «Силы моей больше нет неучей ставить на церковные должности. Вот, приведут ко мне мужика на посвящение: я ему дам читать апостол, а он и ступить не умеет; я ему дам псалтырь, он и тут едва бредет. Я его прогоню, а на меня за это жалуются. Земля, говорят, такова; не можем достать человека, который бы грамоте умел: всю землю, видишь ты, излаял, нет человека на земле, кого бы избрать на поповство. Попечалуйся, господин отец, перед государями нашими великими князьями, чтоб велели училища устроить».

Борьба с ересью подвигла новгородского архиепископа и к другому подвигу. К этому времени только часть книг Ветхого Завета существовала в славянском переводе. Владыка решил осуществить полный перевод Библии, чтобы сделать ее доступным русским людям. На своем подворье Геннадий собрал группу ученых-переводчиков, среди которых выделялись новгородец Дмитрий Герасимов и принявший православие монах-доминиканец Вениамин.

Так появилась знаменитая «Геннадиевская библия», в которую вошли ранее не переводившиеся на славянский две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Неемии, Товита, Иудифь, Соломонова Премудрость, Притчи, Маккавейские книги; четыре книги Царств и книга Есфири. И хотя перевод носил на себе отпечаток влияния латинского текста, это был настоящий прорыв, сделавший Библию доступной грамотным русским людям.

В связи с истечением в 1492 году отмеренного Святыми Отцами срока конца света среди верующих усилились толки и размышления о вере. Этими настроениями воспользовались еретики, открыто подвергая сомнению основные догматы христианства. В развернувшейся острейшей полемике энергичный, но неподкованный в вопросах теологии владыка Геннадий уже не мог противостоять европейски образованным еретикам. Более того, секта нанесла ему ответный удар. По обвинению в мздоимстве Геннадий был отставлен с новгородской кафедры и лишен архиепископства.

Роль духовного вождя традиционного православия взял на себя настоятель Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий. Его возражения «жидовствующим» легли в основу знаменитого «Просветителя», надолго ставшего настольной книгой русского священства.

Известный строгим благочестием, блестящий оратор и искушенный политик Волоцкий нанес удар по человеку, которого считал главной опорой ереси — митрополиту Зосиме, который был подвержен многим порокам, в их числе пьянству и содомии. Под давлением архиепископов во главе с Волоцким Зосима был вынужден сложить с себя сан.

Тем временем в Москве ересь сплелась с интригой вокруг престолонаследия, расколовшей двор великого князя и само его семейство. Ситуация усугубилась после внезапной смерти наследника престола Ивана Молодого, сына великого князя от первого брака с Марией Тверской. Заболевшего наследника взялся лечить еврейский врач Леон, который самонадеянно гарантировал успех лечения своей собственной жизнью. Однако Иван Молодой умер, и разгневанный великий князь публично казнил незадачливого врача.

При дворе образовались две партии, из которых одна, состоявшая из наиболее знатных бояр, отстаивала права на престол сына Елены Волошанки Дмитрия, а другая — по преимуществу незнатные дети боярские и дьяки — стояла за сына Софьи Василия. По-разному относились партии и к ереси жидовствующих. Мать Дмитрия, невестка великого князя Елена Волошанка, тяготела к ереси, а великая княгиня Софья, напротив, стояла за преследование еретиков.

Сначала победа клонилась на сторону Дмитрия и бояр. В декабре 1497 года был открыт заговор приверженцев Василия на жизнь Дмитрия; Иван Васильевич арестовал сына, казнил заговорщиков и стал остерегаться жены, уличенной в ворожбе против мужа. 4 февраля 1498 года Дмитрий был венчан на царство. Но уже в следующем году Иван охладел к невестке и внуку, примирился с Софьей и с Василием; Елена Волошанка с сыном были посажены в темницу; Василий объявлен государем всея Руси.

Незадолго до своей кончины великий князь дал согласие на физическую расправу с еретиками. В декабре 1504 года церковный собор предал их проклятию и препоручил их светской власти для свершения казни. Дьяк Волк Курицын, Димитрий Коноплев и Иван Максимов были сожжены в клетках 28 декабря в Москве. Некрасу Рукавому отрезали язык и отправили в Новгород; там сожгли архимандрита Касьяна, его брата и с ними многих других еретиков. Менее виновных отправили в заточение в тюрьмы и монастыри. Судьба фаворита Федора Курицына неизвестна, вероятно, он успел бежать за границу.

Так трагически завершилась история ереси, начавшейся в Новгороде осенью 1470 года и просуществовавшей свыше тридцати лет. Но и после разгрома секты последствия ее деятельности ощущались еще довольно долго, что привело к ухудшению отношения Русской православной церкви к иудаизму. В стране на бытовом уровне возникло подозрительное отношение к евреям. Позже, при Иване Грозном, въезд иудеев в Россию был вовсе запрещен.

Сама православная церковь тоже вышла из этой истории с немалыми потерями. Вынужденная просить у великого князя помощи в расправе с еретиками, она впервые прибегла к инквизиторским методам и стала более зависимой от светской власти.

Великий князь умело воспользовался шатаниями, поразившими православную церковь, сдав еретиков в обмен на власть над церковью. При поставлении нового митрополита он дал ясно понять, что отныне это право становится прерогативой государя. Затем последовали конфискации трети всех монастырских земель, на которые церковь также должна была согласиться. И, наконец, с этого времени в русском православии утверждается догмат о божественном происхождении светской власти, ставший краеугольным камнем идеологии русского самодержавия.

Впрочем, у этой истории были и положительные последствия. Вынужденная бороться с сильным противником, Русская православная церковь сделала крупный шаг в саморазвитии. Была переведена славянская Библия, устроены школы для священников, церковь стала активней бороться с продажей церковных должностей. Появилось течение «нестяжателей» во главе с Нилом Сорским, утверждавших высокую духовность православной веры вопреки мирским соблазнам.

Потеря независимости сильно изменила характер новгородских легенд. Тревога за город и его вольности сменяется тревогой о судьбе его жителей. В 1508 году на Новгород одно за другим обрушились стихийные бедствия. От моровой язвы погибло 15 тысяч жителей. В том же году выгорела вся Торговая сторона.

«Николи же в Новгороде таково пожара не бысть», — писал летописец. Погибло не менее пяти тысяч жителей, рушились церкви, пламя перекидывалось на суда, стоявшие на волховских причалах.

Все эти события послужили сюжетом повести, задним числом предсказывающей Новгороду наказание за грехи. В ней фигурирует один из самых чтимых новгородских святых Варлаам Хутынский.

Однажды пономарь церкви Спаса в Хутынском монастыре по имени Тарасий «некия ради потребы церковный» был «в полунощи» в церкви. Вдруг сами зажглись все свечи и паникадила, церковь наполнилась благоуханием, и из находившейся внутри церкви гробницы вышел Варлаам и начал молиться. Кончив молитву, Варлаам подошел к объятому страхом пономарю и сказал ему: «Брате Тарасие, хощет господь бог погубити Великий Новьград; взыде, брате Тарасие, на самый верх церковный и узриши пагубу Великому Новуграду, что хощет ему господь бог сотворити». Тарасий, взойдя на кровлю церкви, увидел, что над Новгородом нависло озеро Ильмень, готовое обрушиться на город (Хутынский монастырь был расположен в 10 км на север от Новгорода, вниз по течению Волхова). Пономарь в ужасе сбежал вниз и рассказал святому об увиденном. Варлаам снова долго молился и затем вторично послал пономаря на верх церкви. На этот раз пономарь увидел множество грозных ангелов, стреляющих огненными стрелами «на множество народа людскаго, на мужи и жены и на дети их». А около каждого человека стоял его ангел-хранитель с книгой в руках. И если человек был «написан в живых», то ангел окроплял такого человека «кистию из сосуда, приемля мира небесного», и тот исцелялся. Если же человек был записан «ему же умрети», то ангел, «не помазав его миром», отходил от него и человек этот был обречен на гибель. Вернувшись к Варлааму, пономарь рассказал ему об этом видении. Варлаам сказал, что Бог пощадил новгородцев, «еже не потопил потопом града, но посылает господь бог на люди казнь — мор, но с милостью, рекше с покаянием». В третий раз поднимается пономарь по повелению святого на верх церкви и видит над Новгородом огненную тучу. Это видение пономаря Варлаам истолковывает так, что через три года после мора в Новгороде случится великий пожар.