Свидетелем бракосочетания Магнуса в Новгороде был доктор Захария Фелинг, прибывший к царю в Новгород в феврале 1573 года. Он был прислан к царю от герцога мекленбургского с предложением, чтобы царь утвердил за сыном герцога Ригу, обещанную ему королем Сигизмундом. Царь отвечал Фелингу, что не может отдать то, чего еще не имеет, бояре же прибавили, что поляки всегда много обещают и всегда лгут.

После царского отъезда из Новгорода Магнус с женою уехал в свой удел — Каркус, а оттуда перебрался в Оберпален. 1000 душ крестьян было предоставлено для содержания герцога, но земля и крестьяне были в то время разорены до такой степени, что Магнусу, привыкшему жить расточительно, пришлось жить довольно скудно.

Магнус не простил царю обмана и впоследствии вступил в сепаратные отношения с польским королем и курляндским герцогом. В конце концов Россия лишилась даже тех малых приобретений в Ливонии, которые она получила ценой тяжелейших усилий и потерь.

Новгородский герб принадлежит к числу древнейших земельных эмблем России. Начало складывания этого герба исследователи относят к 1560-м годам — таким образом, это один из первых территориальных гербов России. Среди других старейших русских земельных гербов новгородский герб особенно выделяется своей довольно сложной структурой и обилием различных геральдических фигур и их деталей. Истории новгородского герба посвящено немало исследований (А.В. Арциховский, Н.Г. Порфиридов, Дж. Линд, Н.А. Соболева, А.Л. Хорошкевич, Г.И. Королёв, С.В. Зверев, Е.В. Пчелов и др.).

Эмблемы Новгорода Великого хорошо известны по памятникам сфрагистики. Это «лютый зверь» на печатях XV века и «степень (место)» на печатях второй половины XVI века. Печать с новыми символами была учреждена в 1565 году по прямому повелению царя Ивана IV во время развернувшейся между Москвой и Стокгольмом «геральдической войны».

Хотя Новгород уже давно утратил свою самостоятельность, он оставался посредником в дипломатических отношениях России со Швецией и другими прибалтийскими странами. Иван Грозный не желал признавать ровней себе представителей недавно избранной на шведский трон династии и в 1579 году заявлял в личном письме королю Густаву Вазе: «Ведомо, что вы мужичей род, а не государьской».

Новая система символов новгородского наместника была адресована Иваном IV шведскому королю: медведь (эмблема Финляндии), вытеснивший старого новгородского льва с печати наместника, и рыба (элемент герба Нарвы) означали территории, на которые царь претендовал или получил в ходе Ливонской войны.

В 1577 году Юхан III присвоил Финляндии статус Великого княжества и дал ему герб (он и сегодня является гербом Финляндии), символика которого (новгородский лев) была адресована Ивану IV. Таким образом, геральдическая война закончилась обменом геральдическими символами между Финляндией и Новгородом.

В XVI веке была создана ещё одна новгородская печать, на которой изображений зверей нет, помещено только место с посохом и внизу три рыбы, а вокруг надпись: «Печать господарства Великого Новаграда». Возможно, добавление третьей рыбы связано с успехами русских войск в войне со Швецией в 1589— 1593 годах. Возвращение потерянного по итогам Ливонской войны балтийского побережья с городами Ям, Копорье и Ивангород было закреплено Тявзинским миром 1595 года. Тогда может получить объяснение отсутствие зверей на печати. Отказ от эмблем Финляндии служил «геральдическим подтверждением» отсутствия у царя Фёдора Ивановича таких территориальных претензий.

Совсем иную символику новгородского герба описывает стихотворение, опубликованное в Швеции в 1672 году шведским историком Ю. Видекиндом:

С.В. Зверев предположил, что новый герб был создан в ожидании прибытия в Новгород шведского принца Карла Филиппа, который должен был стать основателем новой русской династии. Изображение двуглавого орла в шведском гербе Новгорода явно означало претензию на всё Русское государство. Два ключа могли символизировать контроль над побережьем на Балтике и на Русском Севере. В 1613 году шли переговоры о выборе на московский трон принца Карла Филиппа. Условием согласия шведского принца занять русский престол была передача Швеции всего побережья русских Северных морей до Архангельска, всей Карелии и Ижорской земли, а также Новгорода и Пскова.

Переговоры в Выборге окончились неудачей из-за отказа принца принять православие. Сыграло свою роль и то обстоятельство, что большая часть новгородцев отказалась принять шведское подданство. На силовой захват новгородских земель разоренная длительными войнами Швеция не решилась. В этих условиях исчезла необходимость в новом шведском гербе Новгорода.

Указом Екатерины II от 16 августа 1781 года был утвержден первый официальный герб Новгорода. Он выглядел так: «В серебряном поле златые кресла с лежащей красною подушкою, на коей поставлены крестообразно с правой стороны скипетр, а с левой крест, наверху кресел подсвечник с тремя горящими свечами, а по сторонам стоящие два медведя».

Историки до сих пор не могут объяснить причину, по которой из герба «уплыли» четыре традиционные новгородские рыбы, хотя в источниках XVII века в описании новгородской эмблемы даже указывается их вид: «Под престолом две рыбы лодоги». (Лодога — одна из форм сига обыкновенного.)

Рыбы снова появились 6 февраля 1969 года, когда советскими органами был утвержден новый вариант новгородского герба: красный щит, золотые медведи и цифра «859» вместо кресла и звездочка с шестерней в верхней части и рыбы внизу.

Однако на этом трансформации герба не закончились. 21 декабря 2006 года Новгородская городская дума приняла «екатерининский» вариант герба, в котором рыбы отсутствуют. В таком виде его и утвердил Геральдический совет при Президенте Российской Федерации по регистрации официальных символов города под регистрационным номером 3194.

Геральдический совет рассмотрел также и вопрос о флаге Великого Новгорода. Он рекомендовал переработать флаг и построить его по гербовому принципу, принятому в большинстве городов, являющихся столицами субъектов РФ. В этом случае флаг должен представлять собой полотнище белого цвета с изображенными на нем фигурами герба: тронное кресло с подушкой, трехсвечником, скипетром и крестом, поддерживаемое по сторонам двумя стоящими медведями.

В 1598 году пресеклась династия Рюриковичей, правившая Русью семь столетий. После смерти слабоумного Федора Иоанновича началась пятнадцатилетняя Смута. Внешняя агрессия и внутренняя анархия поставили под угрозу само существование Российского государства.

Корни Смуты уходят во времена Грозного, когда, по выражению историка Соловьева, в стране «водворилась страшная привычка не уважать жизни, чести, имущества ближнего». Пропасть между московской властью и населением углубилась настолько, что первый же талантливый проходимец, назвавшийся законным государем Дмитрием Иоанновичем, с необыкновенной легкостью покорил громадную державу и триумфально утвердился в Кремле.