В правление Павла I начинается активная работа иезуитов среди петербургской высшей знати. О. Грубер в 1803 г. открыл при соборе Св. Екатерины Благородный пансион, или Павловский коллегиум, в котором получили воспитание дети из православных аристократических семейств Голицыных, Толстых, Вяземских, Строгановыхи др. Наибольшую известность приобрел пансион аббата Никольна Фонтанке, воспитанниками которого были дети Гагариных, Нарышкиных, Меньшиковых, Орловых.

Министр Духовных дел и Народного Просвещения докладывал Александру I, что иезуиты, вопреки «Регламенту» 1769 г., стали «прельщать» в католическую веру русских православных и иностранных подданных других исповеданий: «Иезуитский Генерал, увеличив без нужды число здешних своих Патеров, завел Коллегию, в которую начали принимать юношество Греко-Российской Церкви вопреки коренным государственным узаконениям». Кроме того, они «своими непомерными расходами обременили церкви новыми долгами». Все это заставило Александра I издать в 1815 г. указ «О высылке всех иезуитского ордена монахов из Санкт-Петербурга». Александр I особенно возмущался «неблагодарностью иезуитов, которым одна только Россия оказала покровительство, когда они были запрещены своим папой и изгнаны отовсюду» и тем, что они заставляют человека «отпасть от веры предков своих», «погасить в нем любовь к единоверцам».

Деятельность иезуитов, а также встречное стремление части российских интеллектуалов к европейской культуре, «западнические» настроения в обществе в дальнейшем породили проблему так называемых «русских католиков». О напряженности полемики по этому вопросу в русском обществе свидетельствуют оценки, данные «соблазненным в латинство» в журнале «День» в 1865 г.: «Петербург, Москва, Вена, Рим, Париж и Флоренция делаются главными мастерскими, где перерабатывались мастерами-иезуитами православные люди из лучших русских фамилий в самых злых врагов русской церкви и русской народности. Русские деньги, добытые русским потом и кровью, шли на обогащение иезуитских коллегий. …Наконец, бывшие русские православные… основывают в Париже Кирилло-Мефодиевское братство с единственною целью уловлять в сети латинства русских».

В свою очередь, Ватикан не устраивало положение, при котором католиками в России могли быть только лишь иностранцы. Ватикану приходилось действовать обходными путями. С целью узаконить в России католицизм Ватикан, помимо принятия приверженцев католицизма латинского обряда, ратовал также за учреждение в стране католичества восточного обряда. По замыслу Ватикана, эти верующие, признавая основные догматы католицизма, могли бы при этом сохранять свою традиционную обрядность, церковную организацию и литургию. Однако принятию предложения Ватикана препятствовали как законы империи, так и Святейший Синод Русской церкви. Среди обращенных в католичество оказались философ-западник П. Я. Чаадаев, декабрист М. Лунин, князья Волконские и Голицыны, князь И. И. Гагарини другие представители русской знати и интеллектуальной элиты. Принявшие католичество должны были держать этот факт в тайне либо эмигрировать, так как отказ от государственной религии рассматривался как наказуемое деяние.

Новообращенные, в основном из аристократов и интеллектуальной элиты, нуждались в теоретическом обосновании своей позиции. Они считали несущественными догматические разногласия между Востоком и Западом, а создание Русской католической церкви – благим делом, возвращением к истокам, к первоначальной церкви на Руси, к православию времен св. княгини Ольги и св. князя Владимира, Ярослава Мудрого. Они утверждали, что русский народ принадлежал тогда к единой семье европейских народов. Эта семья якобы и составляла Вселенскую, Кафолическую, то есть Католическую, церковь, во главе которой стоял преемник «князя апостолов» папа римский.

Выдающийся русский философ Владимир Соловьевстал отцом русского католичества. Он первым подошел к вопросу о единстве церквей, считая, что для этого не нужен отказ от самобытности каждой из них. В. С. Соловьев считал, что Флорентийская уния 1439 г. уже сняла разделение Церквей, и утверждал, что католическое и православное учение едины. Русскому православному «переходить некуда». Выявляя всю полноту православия, он воссоединяется с Вселенской церковью.

Княгиня Е. Г. Волконская(1838–1897) также сыграла значительную роль в обосновании русского католичества. Все спорные догматические вопросы между Византией и Римом она проверила по источникам и выявила «извращения» текстов соборных постановлений и Отцов Церкви и опубликовала результаты своих трудов в двух историко-богословских сочинениях – «О Церкви» и «Церковное предание и русская богословская литература». Обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцевзаявил, что книги Волконской – «поругание» и «обличение» всего русского православного богословия.

Е. Г. Волконская, В. С. Соловьев и М. Д. Жеребцов положили начало русскому католичеству и его церковности.

Первым русским католическим священником под влиянием В. Соловьева стал молодой православный священник Н. А. Толстой, сын обер-гофмаршала А. Н. Толстого. В Риме в 1894 г. его принял папа Лев XIII, которому он принес исповедание католической веры. В ответ К. Победоносцев затеял в Синоде против него процесс. На родине он был лишен сана и всего состояния.

Вслед за аристократами в католическую веру перешел священник села Борисово Арзамасского уезда А. Е. Зерчанинов. После царского Манифеста от 17 октября 1905 г. он переехал в Петербург и основал здесь первую русскую католическую церковь восточного обряда во имя Святого Духа в 1909 г. После публикации в журнале русских католиков «Слово истины» «Манифеста о воссоединении Православной и Католической церквей» церковь была закрыта. Только в мае 1917 г. состоялся первый Русский католический собор, а к началу 1920-х гг. общины восточных католиков появились в Москве и многих городах России. Но в 1923 г. эта церковь прекратила свое существование.

В СССР, несмотря на отделение западных областей, оставалось еще 1,5 миллиона католиков и две архидиоцезии – Могилевская и Тираспольская.

Февральская революция 1917 г., а затем Декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» от 23 января 1918 г., казалось, открывали Ватикану возможность укрепления Католической церкви в СССР. Однако она разделила общую судьбу всех других исповеданий. В апреле 1923 г. по обвинению в «контрреволюционной деятельности» были арестованы митрополит Могилевский Э. фон Ропп, епископы Цепляк, Малецкий. Священник К. Будкевичбыл расстрелян. До конца 1920-х гг. преследования не носили массового характера, ибо для советского правительства важны были контакты с Римской курией для прорыва дипломатической блокады СССР, но после дипломатического признания СССР ведущими европейскими державами притеснения возобновляются.

Положение католиков в Советском Союзе осложнялось тем, что Ватикан враждебно встретил Октябрьскую революцию в России. Папа Бенедикт XV был убежден, что скоро она будет задушена внутренней контрреволюцией и мировым империализмом. А. Н. Лысаковский, назначенный еще В. Керенскимпредставителем при Ватикане, в 1919 г. писал, что папский престол сочувственно относится к «борьбе с большевизмом, которого он более всего боится». В 1925 г. по распоряжению Пия XI был создан Русский отдел в Конгрегации Восточных церквей во главе с французским иезуитом М. д’Эрбиньи, имевшим опыт подпольной работы в советской России. Позднее, накануне войны и в первые военные годы, католические миссионеры различными путями, включая нелегальные, пробирались в СССР. Как правило, католические миссионеры были связаны с Римским колледжем св. Терезы, так называемым «Руссикумом». Колледж был создан папой Пием XI в 1930 г. как учебное заведение под руководством ордена иезуитов и подчинен непосредственно Римской курии. Среди выпускников «Руссикума» было много выходцев из среды русской эмиграции, принявших католичество. Деятельность этих миссионеров была быстро пресечена органами НКВД, а сами они были приговорены к различным срокам лагерей как «агенты Ватикана».