Отгораживаясь от буржуазного преобразования мира, папа принуждал к этому и Церковь. Из изречений папы составили 80 предложений, которые под названием «Силлабус» (Перечень) были включены в эту энциклику. «Перечень важнейших заблуждений нашего времени» предавал анафеме все, что подрывает религию, Церковь, христианское общество. Последние слова «Силлабуса» предавали анафеме тех, кто утверждал, что «папа должен примириться и прийти к согласию с прогрессом, либерализмом и современной цивилизацией». Свобода совести объявлена «безумием», а свобода слова – «смердящим заблуждением».

Обнародование «Силлабуса» произвело впечатление разорвавшейся бомбы. Даже правительство Наполеона III во Франции объявило «Силлабус» противоречащим принципам конституции империи, запретило его публикацию и чтение с церковных кафедр. В Палермо и Неаполе его предали сожжению. В Германии протестантские газеты писали о возвращении инквизиции.

Через два года после «Силлабуса», ставшего боевым знаменем для ретроградов и консерваторов и символом воинствующего обскурантизма для всех остальных, было объявлено о созыве Вселенского собора.

Весть эта была встречена настороженно и светской общественностью, и католиками, однако многие надеялись, что Собор исправит допущенные папой серьезные ошибки и поднимет престиж Церкви в глазах всего светского мира. Либеральные католики предполагали, что папа мог издать свой маленький «Силлабус» как свою личную точку зрения, но надеялись, что в XIX в. Собор не станет провозглашать подобное безумие принципом веры.

Надежды либералов не оправдались.

В 1868 г. было объявлено о созыве Собора. Цель Собора определена как укрепление религиозного единства Церкви, а также единства в управлении Церковью, утверждение папского абсолютизма для эффективной борьбы с современными идеями.

Принятия догмата о непогрешимости впервые потребовали традиционалисты во главе с де Местром и иезуиты. Журнал «Чивильта каттолика» дал понять, что задачей Собора будет голосование о непогрешимости и принятие принципов, изложенных в «Силлабусе». Реакция последовала незамедлительно. В Германии противники папской непогрешимости – епископы, помнившие о гиббелинских традициях, историки Церкви и теологи – объединились вокруг И. Дёллингера, который опубликовал книгу «Папа и собор» (1869). И. Дёллингер, сторонник теологического обновления, выдвинул против догмата о непогрешимости не только теологические аргументы, но и выводы из истории Церкви. В Фульде 30 епископов высказали критику и протест. В галликанской Франции реакция была почти такой же бурной. Кардинал Вейо иронизировал: «И как только Церковь прожила 18 веков без этого догмата?» Иезуиты во всей Европе срочно распространяли книгу Жозефа де Местра «О папе».

8 декабря 1869 г. Собор торжественно был открыт в базилике Св. Петра. Он действительно стал Вселенским для Католической церкви. Однако больше других там были представлены итальянцы, а также французы, которые составили ультрамонтанское большинство. Курия контролировала всю работу Собора.

Собор принял «Первую догматическую конституцию о католической вере». В ней в духе Тридентского собора было сформулировано учение о вере и Боге, о божественном Откровении. Под предлогом «очищения вероучения от вкравшихся в него ошибок» осуждались все, кто отрицает Бога Творца, не верит в боговдохновенность Библии, не признает сотворение мира «из ничего» и возможность чудес, кто считает разум независимым от веры и выступает против осуждения Церковью положений науки, расходящихся с истинами Откровения. Впервые был осужден также традиционализм.

Догмат о непогрешимости (точнее, безошибочности) папы вызвал раскол на Соборе, но был принят. В конституции «Вечный Господь» (лат. « Pastor aeternus») была провозглашена высшая юрисдикция папы над Вселенской церковью, безошибочность его мнения во всех областях веры и нравственности, учения Церкви и управления ею. Пий IX заявил, что благодаря принятию этого догмата католическое вероучение и структура Церкви стали простыми, окончательными и обозримыми.

В этих словах была большая правда. Епископы потеряли свою самостоятельность и стали как бы служащими папы. Папская власть распространилась и на теологию. Новые направления в ней утверждал Рим. Роль курии неизмеримо возросла: принцип « Roma locuta, causa finita»(«Рим сказал, дело решено») осуществился полностью. Папская власть в результате централизации и подчинения всех духовных и нравственных сил Церкви укрепилась.

Австрия, Пруссия, Швейцария расценили догмат как враждебный государству, ибо папа, возвышаясь над миром в вопросах веры и морали, в духовном отношении подчиняет его себе. Правительство АвстроВенгрии дезавуировало конкордат 1855 г. Непримиримая немецкая оппозиция во главе с Й. Дёллингером покинула Собор и создала Старокатолическую церковь.

19 июля 1870 г., на следующий день после принятия догмата, началась франко-прусская война. Она закончилась падением Наполеона III и созданием единой Германии. Победила Парижская коммуна. В результате разгрома под Седаном французы, которые своими штыками обеспечивали светскую власть папы, вынуждены были уйти из Рима. Король Виктор Эммануил II предложил папе на условиях компенсаций и гарантий добровольно отказаться от светской власти. Однако папа ответил, что подчинится лишь силе. Тогда 20 сентября 1870 г. итальянские королевские войска вошли в Рим и заняли Папское государство. Пий IX отложил Собор на неопределенное время, уединился в Ватикане, объявил себя узником и отлучил «похитителей Рима».

Подавляющее большинство населения Церковного государства высказалось за его ликвидацию и присоединение Рима к единой Италии. Во время плебисцита против этого проголосовали только 46 римлян и 1507 жителей провинций.

Согласно Закону о Гарантиях, принятому парламентом в 1871 г., папа был лишен светской власти. Признавая его главой Вселенской церкви, Закон гарантировал неприкосновенность его личности и обеспечивал полный суверенитет папы как главы Церкви. Папа мог устанавливать дипломатические отношения с государствами, вступать в контакт с их епископами, назначать итальянских епископов. Папе и курии предоставили в качестве резиденции Ватиканский и Латеранский дворцы, дворец Канчеллярии, а также виллу Кастельгандольфо, гарантировали полную свободу конклавов и соборов, отказывались от всякого контроля над церковными делами и предоставляли папскому двору ежегодную дотацию 3 млн 225 тыс. лир. Вскоре после этого, 2 июня 1871 г., король Виктор Эммануил II торжественно въехал в Рим и сделал папский дворец Квиринал своей резиденцией. Отныне король, а не папа, становился символом итальянского единства.

На все эти лояльные шаги Пий IX ответил полным отказом, не признал Итальянское государство и объявил себя «узником Ватикана». Папа закрылся за Бронзовыми вратами и отказывался даже летом уезжать в Кастельгандольфо. Три его преемника в течение 59 лет вели себя так же. Папа призвал католиков не голосовать на выборах и не участвовать в политике. Вслед за единой Италией в 1871 г. появилась единая Германия, и с ее канцлером Бисмарком Пий IX также вступил в конфликт.

Когда Пий IX умер в 1878 г. после почти 32-летнего понтификата, самого долгого за всю историю папства, страсти вокруг него еще не утихли. Папа пожелал быть похороненным в церкви Св. Лаврентия за стенами Ватикана, но его похоронили в соборе Св. Петра, опасаясь нападения римлян на кортеж. В 1881 г. папа Лев XIII велел перенести его прах в собор, однако гроб с телом Пия IX, папы, которого в канун 1848 г. все встречали с ликованием, жители Рима забросали камнями и хотели сбросить с моста в Тибр, и папским гвардейцам с трудом удалось отбить его. Таким традиционным для римлян способом горожане выразили свое разочарование и недовольство политикой Пия IX, на которого некогда возлагали столько надежд.