В ответ на эти требования Иоанн XXIII предложил программу обновления, осовременивания Церкви, которая получила название «аджорнаменто» (от итал. aggiornamento).

Через три месяца после избрания папа объявил о решении созвать Вселенский собор. Иоанн XXIII впоследствии говорил, что мысль о созыве Собора пришла к нему на другой день после избрания, пришла внезапно, по вдохновению свыше, «и была как весенний цветок, которого он никак не ожидал». В энциклике «Церкви Петра» ( «Ad Petri cathedram») папа изложил его задачи: способствовать укреплению веры, нравственному обновлению верующих и приспособлению учения Церкви к требованиям современности. Интегристы и консерваторы ждали от Собора осуждения коммунизма. Но скоро стало ясно, что анафем не будет.

11 октября 1962 г. в соборе Св. Петра торжественно открылся II Ватиканский собор (1962–1965). На него было приглашено 2908 епископов и глав монашеских орденов, наблюдатели из 17 христианских церквей, 86 официальных делегаций. Иоанн XXIII в речи на открытии Cобора дал понять, что Церковь отказывается от политики отлучений, а заблуждения пытается лечить скорее милосердием, чем суровостью. Он критиковал «пророков напастей», которые видят в современном мире только угрозы для Церкви. Папа напомнил, что Собор должен проходить в истинно пастырском духе.

Вскоре на Cоборе разгорелась борьба между интегристами, консерваторами и обновленцами, новаторами. Большинство соборных отцов восприняло дух открытости к современному миру Иоанна XXIII и проявило понимание необходимости приблизить Церковь к действительности. Продвижению преобразований в Церкви способствовали приверженцы так называемого «открытого католицизма», которые, отказываясь от претензий Католической церкви на исключительность и вмешательство в сферу политики, считали возможным усвоение ценностей современного мира, рожденных за церковным порогом. Меньшинство было против перемен, ибо считало своей задачей сохранить традиционную веру Тридентского собора. Интегристское меньшинство состояло в основном из кардиналов курии, так называемого «Пентагона» (Оттавиани, Руфини и др.), нескольких епископов из Италии, Испании и Латинской Америки, а также архиепископа Лефевра, основавшего «Общество св. Пия X». Меньшинство также имело возможность влиять на некоторые решения Cобора, поскольку Cобор стремился к консенсусу.

Первой на соборе обсуждалась схема (проект решения) «О литургии». В ней речь шла о реформе богослужения, форма которого не менялась со времен папы Пия V, утвердившего ее в 1570 г. Однако схема не прошла и была отправлена на доработку. Второй обсуждалась схема «Об источниках Божественного Откровения». Для сближения с протестантами нужен был некоторый отход от прежних бескомпромиссных решений. Обновленцы настояли на том, чтобы вернуть ее на доработку. После закрытия первой сессии Cобора интегристы негодовали, а обновленцы были настроены оптимистично. Всем было ясно, что в политике Ватикана грядут перемены.

Иоанн XXIII теперь мог опереться на сильное обновленческое крыло в Церкви. В 1963 г. он опубликовал энциклику «Мир на земле» ( «Pacem in terris»). Впервые в истории папа обратился не только к духовенству и верующим, но и ко всем людям доброй воли на земле. Иоанн XXIII осудил гонку вооружений, высказался за всеобщее и полное разоружение, за запрещение ядерного оружия. Осудив теорию «равновесия вооруженных сил», Иоанн XXIII одобрил политику мирного сосуществования. Эта энциклика допускала диалог католиков с верующими других исповеданий, более того – с неверующими.

При этом форму диалога определяет церковная иерархия. Церковь продолжает оставаться непримиримым противником «ложных философских учений», однако признает, что в них могут быть положительные элементы. В делах социальной справедливости, предостерегала энциклика, нужно избегать революции, которую Церковь осуждает и ратует за эволюцию.

Энциклика была встречена с энтузиазмом обновленцами и «людьми доброй воли». Папа получил более 20 тысяч восторженных отзывов. Однако антикоммунисты, сторонники холодной войны, церковные интегристы обрушились на папу с упреками, требовали его ухода в отставку, называли его «товарищем Иоанном XXIII», «красным папой», открывшим коммунизму врата собора Св. Петра.

В июне 1963 г. Иоанна XXIII не стало.

Архиепископ Милана кардинал Джованни Батиста Монтинибыл избран 21 июня 1963 г. и принял имя Павел VI(1963–1978). Отныне судьба Cобора была в его руках. Закулисная борьба интегристов и обновленцев накалялась. Недолгий понтификат Иоанна XXIII пробудил церковные круги многих стран Европы, а также развивающихся стран. Они стали требовать перестройки деятельности Церкви и реформирования ее литургии и догматики, коллегиальности управления. Павел VI полностью разделял взгляды Иоанна XXIII, однако ближе ему была позиция умеренных обновленцев. Он назначил реформаторов на посты, от которых зависело прохождение важных решений, сам участвовал в их принятии, создал пресс-службу, пригласил в качестве наблюдателей мирян и представительниц женских монашеских конгрегаций. На второй сессии был принят текст конституции «О Священной литургии». Главным новшеством было разрешение проводить богослужение не на латыни, а на национальных языках, сокращена процедура ее проведения. Собор рекомендовал строить храмы без излишней роскоши, в функциональном стиле. Была принята схема «О Церкви», согласно которой верховной властью в Церкви является коллегия епископов вместе с папой. Епископы требовали учреждения Синода епископов, который собирался бы с определенной периодичностью под председательством папы. По предложению обновленцев был восстановлен институт диаконата, женатые диаконы уравнены в правах со священниками.

В разгар дискуссии об экуменизме в январе 1964 г. Павел VI отправился в паломничество в Святую землю. Его пребывание в Иерусалиме должно было означать возвращение к истокам, начало диалога христианства, иудаизма и ислама. Папа встретился в Иерусалиме с Вселенским патриархом Афинагором I. Папа и патриарх торжественно обменялись символическим «лобзанием мира», впервые за тысячу лет после взаимного анафематствования католиков и православных в 1054 г.

На третьей сессии собора была принята конституция «О Церкви» (« Lumen gentium» – «Свет народов»), которая стала краеугольным камнем всего богословского содержания Собора. В ней появилось новое понятие «Церковь на службе», заменившее прежнее понятие Тридентского собора «торжествующая Церковь». Принятый на третьей сессии декрет «Об экуменизме» свидетельствовал о движении навстречу христианскому единству. Верующие других конфессий названы здесь «братьями в Господе», которые «по праву носят имя христиан». Декрет рекомендует католикам «соединяться для молитвы с разъединенными с нами братьями», предлагает преподавание богословия с экуменической точки зрения и призывает к сотрудничеству всех христиан в социальной жизни.

При открытии четвертой сессии Собора Павел VI объявил об учреждении Синода епископов. Самые горячие споры вызвали проекты документов о религиозной свободе и пастырская конституция «О Церкви в современном мире». Меньшинство Собора во главе с архиепископом Лиона Лефевром считало необходимым осуждение религиозного индифферентизма. Яростный противник собора, Лефевр слал анафемы всему, что связано с духом Собора: «Сатана и его прислужники захватили официальную Церковь и ее центр – Ватикан. В подобных условиях неповиновение является непреложным долгом». Однако большинство высказалось за то, что свобода совести связана с достоинством человеческой личности и является одним из непреложных ее прав. В результате была принята декларация «О религиозной свободе». Наконец, в день закрытия Собора 7 декабря 1965 г. был принят второй важнейший документ Собора – пастырская конституция «О Церкви в современном мире».

«Радости и надежды, горести и печали современных людей», – такими словами начинается главный документ Собора – пастырская конституция «Церковь в современном мире» (« Gaudium et Spes»– «Радость и надежда»). Большое влияние на него оказала энциклика Иоанна XIII «Мир на земле», а также позиция реформаторского крыла Собора во главе с бельгийским кардиналом Суэненсом. Собор заявил о решительном повороте к современному миру, делам и заботам людей. Новый мир находится в процессе быстрых перемен, и Собор говорил о «подлинном социальном и культурном преобразовании, отражающемся также на религиозной жизни». Наряду с признанием частной собственности как условия свободы человека, подвергаются критике крайности капитализма и выдвигается идея социального партнерства. Признается право трудящихся на объединение в защиту своих прав, на забастовку. Впервые прозвучало положение о том, что Церковь не связывает себя с какой-либо одной формой человеческой культуры, с определенной экономической или социальной системой.