После того как в сентябре 1848 г. Пий IX распустил либеральное министерство и назначил новое во главе с Росси, в Риме начались народные волнения, Росси был убит, в Риме вспыхнула революция. Папа скрылся в Квиринальском дворце, но толпа осадила его и вынудила папу назначить новое правительство. Пий IX вынужден был бежать в Гаэту (неаполитанское королевство). Это было последнее в истории бегство папы от гнева римлян. Из Гаэты Пий IX посылал проклятия революционному Риму и запретил католикам участвовать в политической борьбе.

Надежды неогвельфов рухнули. На парламентских выборах победили радикалы во главе с Мадзини и Гарибальди. Они объявили о ликвидации светской власти папы и провозгласили республику в Риме, но гарантировали папе «независимость в отправлении духовной власти». В это время в 1848 г. Джоберти стал премьер-министром Пьемонта и предложил папе помощь против Римской республики. Но папе было не по пути с неогвельфами. От либералов (даже от Джоберти) папа ожидал только революций, разрушений и безбожия. Он предпочел помощь самых реакционных сил в курии и вне ее. Французская республика двинулась на Римскую республику. Сломив героическое сопротивление римлян во главе с Гарибальди, войска Луи Бонапарта заняли город. В 1849 г. здесь была провозглашена папская монархия. Но Пий IX осмелился вернуться в Рим только через год, в 1850 г., когда революционное движение во всей Европе было окончательно подавлено.

Непримиримый курс Рима только еще больше усилил ненависть итальянских патриотов. Поведение Пия IX и курии вынудило даже Джоберти признать, что Церковное государство как главнейшее препятствие на пути национального объединения Италии должно исчезнуть как раз в интересах Церкви и папства.

Вернувшись в Рим, Пий IX должен был править своим государством с помощью французских штыков. Страх перед революцией заставил его полностью изменить позицию.

Свою власть и влияние Пий IX пытался сохранить с помощью конкордатов. Известно, что в 1847 г. он заключил тайное соглашение с Россией по польскому вопросу и конкордат, но в 1866 г. Александр II его отменил. В 1850 г. в Англии и Уэльсе была восстановлена католическая иерархия. В Голландии католики получили свободу вероисповедания. Впервые в 1875 г. был назначен американский кардинал. Наиболее важным был конкордат 1855 г. с австрийским императором Францем-Иосифом, который позволил реализовать и укрепить папскую власть на огромном пространстве империи Габсбургов. По этим соглашениям правительства возлагали на Церковь идеологическое и нравственное воспитание масс и передавали в руки духовенства народное образование.

Пию IX в то время, когда он потерял светскую власть и политический авторитет, удалось установить полное верховенство внутри Католической церкви. За папством, лишившимся опоры в земной власти, осталась духовная и моральная власть.

Догматика католицизма после Тридентского собора, казалось, застыла в своем развитии. Эту стагнацию нарушил Пий IX в двух направлениях: в мариологии и в вопросе о папском верховенстве. Важнейшим был вопрос о примате папы: в новых условиях нужно было сохранить вероучительное и организационное единство католицизма и Церкви и противостоять «ложным идеям» эпохи.

Все началось с осуждений священников – последователей Ламенне или сочувствующих новым идеям. Либеральные католики считали, что реформа должна примирить Католическую церковь с современной цивилизацией. Против этих идей выступили иезуиты. К Курчи и Л. Тапарелли в 1850 г. основали журнал «Чивильта каттолика» (итал. Civilta cattolica– «Католическая цивилизация»), который был призван противостоять лаицизму и атеизму. Папа с готовностью поддержал иезуитов. В полемике с В. Джоберти они утверждали, что Церковь – это божественное установление и потому не может быть преобразована. Она не может примириться с цивилизацией, которая развивалась вне Церкви и против нее, и ратовали за полный возврат общества к католицизму. Церковь может защищать и внедрять только католическую цивилизацию. Журнал издается до наших дней и оказывает большое влияние на католический мир и католическую культуру.

В 1850 г. духовенству Рима Пий IX предписал заменить длинной сутаной старое облачение аббатов, чтобы лучше различать церковников и «людей века сего, зараженных принципами революции». В Италии сутану называют «одеждой Пия». Всем епископам было строго предписано являться каждый год с визитом ad limina(то есть через границу) к папе. Но самым главным была подготовка догмата о Непорочном зачатии Девы Марии, то есть учения о том, что Мария, благодаря особой милости Бога, начиная с первого мгновения своей жизни, была свободна от первородного греха. Комиссии по подготовке догмата папа поручил также составить список важнейших заблуждений, подлежащих осуждению, – будущий «Силлабус». По словам Пия IX, он намерен призвать Марию «успокоить ужасающие грозы над Церковью» и обновить ее почитание. В базилике Св. Петра 8 декабря 1854 г. Пий IX торжественно провозгласил новый догмат. Пушки в замке Святого Ангела дали залп, колокола всех церквей зазвонили, и в этот момент Пий IX торжественно возложил золотую корону на голову статуи Девы Марии.

Так папа показывал, что он может обойтись без Собора и провозгласить догмат «властью, данной папам апостолами Петром и Павлом и своей собственной». Между тем принятый догмат неожиданно получил подтверждение благодаря Лурдскому чуду: в 1858 г. Бернадетте Субирув Лурдском гроте 18 раз являлась Мадонна, представляясь как «Непорочное зачатие». Маленький городок Лурд стал одним из самых известных (и доходных) в мире центров культа Девы Марии и важнейшим во Франции местом паломничества вплоть до наших дней.

Между тем в 1859 г. Франция и Пьемонт нанесли сокрушительное поражение Австрии. Она была вытеснена почти из всей Северной Италии. Во время войны Кавуруудалось объединить все итальянское освободительное движение. Значительная часть Церковного государства высказалась за присоединение к Пьемонту (Модена, Парма, Романья). Гарибальди возглавил борьбу за освобождение Южной Италии от Бурбонов. Захватив Сицилию и Неаполь, войска Гарибальди с юга двинулись на Церковное государство, в то время как пьемонтская армия вторглась на его территорию. Против них Пий IX выдвинул 20-тысячный иностранный легион. Однако 18 сентября 1860 г. папская армия потерпела полное поражение от пьемонтцев. К почти единой уже Италии присоединились Умбрия и марки. Под властью папы остались Рим и Патримониум Св. Петра, благодаря тому, что были оккупированы французской армией.

Кавур выдвинул идею «свободная Церковь в свободном государстве», которая означала отделение Церкви от государства. Пий IX отлучил от Церкви «грабителей Церковного государства». Кавур обещал в случае отказа папы от светской власти полностью обеспечить ему права главы Церкви и условия для осуществления церковного правления. Пий IX заявил, что готов скорее умереть, чем отказаться от «святого наследия своих предшественников». Тогда в армии Гарибальди возник лозунг «Рим или смерть!» 17 марта 1861 г. было провозглашено Итальянское королевство во главе с Виктором Эммануилом II. Папа предал его анафеме. Временной столицей Италии стал Турин.

Начало движения Рисорджименто и правление Григория XVI стало концом Церковного государства. Помощи от Наполеона IIIпапа не мог ожидать, так как тот, приняв к сведению создание единой Италии, был озабочен тем, как бы не допустить объединения Германии. Австрия была поглощена войной с Пруссией. В ответ на это папа в энциклике 1864 г. «Сколь многих» (« Quanta cura») торжественно осудил все идеи буржуазного прогресса как еретические, а их источником назвал материализм, секуляризацию и атеизм. Особенно вредоносными течениями мысли папа назвал рационализм, галликанизм, либерализм, коммунизм и натурализм.