Программой правления Пия X стал лозунг «Все обновить во Христе!», для чего необходимо углубление религиозной жизни и обновление пастырской деятельности. В первой энциклике 1903 г. папа потребовал воспитания такого клира, который, воплощая в жизни идеалы христианской святости, мог бы передавать их прихожанам. Папе нужна полная свобода от государственной власти. Чтобы устранить влияние светской власти на выборы папы, Пий X отменил эксклюзивное право вето иностранных государств во время конклава. По сформулированным им правилам проходит весь период вакансии папского престола, а также сам конклав до настоящего времени.

Пий X реформировал курию, сократив число конгрегаций с 37 до 19, и занялся реформой духовенства от капеллана до епископа. Официальной музыкой богослужения он объявил григорианские хоралы и создал в Риме Высшую школу церковной музыки. Провел реформу церковного обучения, организовал переиздание литургических книг, модернизировал бревиарий, сократил число праздников, перевел их на выходные дни. Пий X не только принял меры к углублению религиозной жизни мирян, но и создал в 1905 г. «Католическое действие», подчинив Церкви общественную и религиозно-нравственную жизнь верующих.

Пию X принадлежит заслуга создания Кодекса канонического права. Необходимо было укрепить юридическую базу деятельности Церкви. Несмотря на огромный объем работы – Кодекс состоял из 2414 статей, работа вчерне была закончена при его жизни, но опубликована уже Бенедиктом XV в 1917 г.

Вступив на папский престол, Пий X любил повторять: «Я не дипломат и ничего в политике не понимаю». Однако мощный подъем рабочего движения в Европе, революция 1905–1907 гг. в России, отделение Церкви от государства во Франции, приближение Первой мировой войны, а внутри Церкви рост «ереси модернизма» заставили папу занять позицию, которую должны были разделять духовенство и верующие.

В Италии рост рабочего движения сопровождался ростом влияния социалистической партии и идей христианской демократии. Пий X распустил организацию «Опера деи конгресси», руководимую священником Ромоло Мурри. Он выступал как против капитализма, так и против социализма, считая лучшим средством борьбы с ними защиту интересов трудящихся, и стремился к созданию независимой от Церкви христианско-демократической партии. В этих условиях Пий X отказался от принципа « Non expedit!» и, в противовес Мурри, создал клерикальный «Народный союз», прообраз нынешнего «Католического действия».

Сложной проблемой оказалась для Пия X ситуация с Францией. Здесь шла борьба за светскую школу, и в 1904 г. был принят закон о светском образовании, запрещавший церковникам содержать учебные заведения. Французское духовенство и Пий X резко протестовали. Франция разорвала дипломатические отношения с Ватиканом и в 1905 г. приняла закон об отделении Церкви от государства. Закон ликвидировал конкордат 1801 г., передавал церковное имущество вероисповедным организациям, запрещал конгрегациям заниматься образованием, но разрешал миссионерские школы в колониях и подготовку миссионеров в метрополии, разрешал проведение в школах богослужений. Государство брало на себя обязательства выплачивать церковникам пенсии и пособия. Пий X в двух энцикликах резко осудил этот закон и запретил католикам создавать вероисповедные ассоциации, в ведение которых переходило церковное имущество. Неожиданным шагом было причисление Жанны д’Арк, сожженной в 1431 г., к лику блаженных, с целью возбудить французское духовенство и верующих против правительства.

Особое место в деятельности Пия X занимала борьба с «ересью модернизма». Модернизм – это сложное и многообразное явление, связанное с процессами, происходившими в европейской культуре в конце XIX в. «Баста средневековью! Баста сухой и пустой теологии! Да – вере, вдохновленной историей, жизнью, священным источником мысли!», – писал Сальваторе Минокки, итальянский священник, объединивший вокруг журнала «Студи релиджиози» наиболее значительных представителей модернизма – писателей, теологов Буонадзотти, Фракассини, Гарнакаи др. Наиболее значительным представителем модернизма во Франции был профессор Альфред Луази, применивший метод исторической критики к Библии. Видными модернистами были Луи Дюшен, иезуит Тиррелл, Ромоло Мурри. Модернизм привел к отрицанию сверхъестественного характера Откровения и Церкви. Модернисты применили к Ветхому и Новому Заветам принципы историзма и эволюционизма, отрицая тем самым за ними боговдохновенный характер. Отделяя «Христа истории от Христа веры», модернисты показали, что непорочное зачатие, вознесение Христа, его чудеса и т. д. имеют значение только для веры, но ничего не значат для истории.

Пий X осудил модернизм в 1907 г. дважды: сначала в декрете Священной канцелярии «Достойные сожаления» (« Lamentabili»), образцом для которой послужил «Силлабус», а затем в энциклике «Необходимость пасти стада» (« Pascendi dominici gregis»). В них модернизм назван «комплексом и синтезом всех ересей». Обещая реформировать Церковь, на самом деле модернисты ее разрушают. Модернисты разрушают не только Церковь, но и саму религию. Пий X пообещал выпустить критическое издание латинской Библии (вышла с апологетическим комментарием), создать Папский институт по изучению Библии (отдан на откуп иезуитам) и Папскую академию наук (создана 25 лет спустя и состоит только из почетных членов). Книги модернистов были занесены в «Индекс», а «нераскаявшиеся» отлучены от Церкви. Введена антимодернистская «присяга веры», которую должны были давать священники при посвящении в сан. Начались инспекции епархий чиновниками курии, которые, подобно папским средневековым легатам, творили суд и расправу над заподозренными в модернизме.

Осудив модернизм, папа полностью поддержал программу интегризма в защиту целостности учения Церкви. Она исходила из того, что ответы на все вопросы частной и общественной жизни следует искать в вере. Вся культура и политика подчиняются Церкви.

Интегризм выступил против приспособления католицизма к современному миру, чтобы обеспечить таким образом целостность, то есть интегральность, полноту веры. Истоки интегризма восходят к началу XIX в., к борьбе Церкви эпохи Реставрации против идей Просвещения и Французской революции. В самостоятельное течение интегризм оформился с созданием в правление Пия X секретной организации «Общество св. Пия V», или «Содалициум Пианум», которое ожесточенно боролось против модернизма. Кардинал Гаспарри позднее писал: «Папа Пий X одобрил, благословил и поощрял своего рода тайную шпионскую организацию, действовавшую над и вне церковной иерархии, шпионившую даже за высокочтимыми кардиналами, своего рода масонскую организацию внутри Церкви». Многочисленные семинарии были закрыты, светские католические организации распущены. Репрессиям подверглись около 40 тысяч священнослужителей.

Папа Пий XII в 1954 г. причислил Пия X к лику святых.

Во время Первой мировой войны 1914–1918 гг. и вызванного ею революционного подъема во главе Церкви должен был стать человек, обладавший политическим опытом и дипломатическими способностями. Руководствуясь этими соображениями, кардиналы избрали архиепископа Болоньи кардинала Джакомо делла Кьеза, принявшего имя Бенедикт XV(1914–1922). После крестьянского сына папский престол занял маркиз из старинной генуэзской аристократической семьи. Дипломатический опыт делла Кьеза получил, закончив Академию для священников-дворян, готовившую папских дипломатов, а затем, работая в курии под руководством статс-секретаря кардинала Рамполлы и став его заместителем. Этот сдержанный и высокомерный аристократ был чужд религиозной экзальтации и фанатизма. Мерри дель Валя он назначил главой Конгрегации Священной канцелярии. Назначения профранцузски настроенных кардиналов Ферратии Гаспаррина должность статс-секретаря говорило о том, что папа во время войны будет поддерживать союзников, но этого не случилось.