Иннокентий III, по общему признанию, был самым выдающимся папой средневековья. Он с блеском воплотил все идеалы Григория VII, кроме инвеституры. Церковь в XII в. фактически превратилась в феодальную монархию, стоявшую над государствами, со своей материальной базой, образованной бюрократией в Риме и во всей Европе, апелляционным судом, эффективной дипломатией и правом созыва вселенских соборов. В то же время власть императоров стала приходить в упадок. В Италии ей был фактически положен конец.

Иннокентий III (Лотарио, граф де Сеньи) – теолог, юрист и дипломат, считал, что условием универсальной политической власти папы является его безусловный суверенитет над Церковным государством. Автор сочинения «О презрении к миру» (1195 г.), Иннокентий III сделал все для утверждения папского мирского господства. Он провозгласил себя уже не преемником Петра, но «викарием Иисуса Христа» на земле, а королей считал своими вассалами: «Как луна заимствует свой свет от солнца, так королевская власть получает блеск от папства». Германский, французский и английский короли были им отлучены, а на их страны наложен интердикт.

Иннокентия III по праву считают вторым основателем Папского государства, которое стало абсолютной монархией. Вассальной присяги он потребовал даже от римского префекта, сенатора и аристократической верхушки Папского государства.

С уходом Генриха VI в 1197 г. рухнуло германское владычество в Италии. Папа восстановил власть над Романьей, вновь овладел Анконой, Сполето и «Матильдиным наследством», стал регентом Сицилии и опекуном малолетнего Фридриха II. Однако надолго удержать все это не смог даже он.

В Германии, где бушевала гражданская война, трон с помощью папы занял его воспитанник Фридрих II, от которого ему удалось получить ленную присягу в отношении Сицилии, а также, в нарушение Вормсского конкордата, позволить «свободное» (церковное) избрание епископов. В 1213 г. король Англии Иоанн Безземельный признал ленную зависимость от Рима, как и короли Арагона, Португалии и Сербии. Так правление Иннокентия III стало пиком могущества пап.

IV Латеранский собор 1215 г. стал вершиной и итогом его правления. Собор принял 70 канонов о реформе церковной жизни, вопросах веры, церковного права и дисциплины, запретил создавать новые монашеские ордены и принял постановление о борьбе с ересями. За уклонение от исповеди грозило отлучение от Церкви. Мирянам запретили читать Библию. Папские распоряжения по созданию инквизиции были возведены в церковный закон в третьем каноне, наряду с поддержкой Крестовых походов против еретиков.

Бюргерские ереси Средневековья были связаны с ростом городов и идеологически противостояли феодальной Церкви. В антифеодальных движениях XI–XII вв. с критикой Церкви выступали городская и деревенская беднота, ремесленники, купцы. Но к движению катаров (альбигойцев) на юге Франции примкнули также земельные магнаты, знать и богатое купечество. Оппозиционные настроения были так сильны, что Пьер Абеляр писал: «…В настоящее время рождается тысяча ересей». При всем своем разнообразии все они исходили из признания противоположности земного мира, сотворенного дьяволом, и мира истинного Бога. Они требовали апостольской бедности Церкви, бросая вызов ее богатствам, равенства всех членов общины, отвергали церковную иерархию и многие догматы, отказывались от таинств. Вальденсы в XIII в. требуют ликвидации церковной собственности, называют папу «алчным волком» и Иродом, а Церковь, погрязшую в роскоши и наслаждениях, – «блудницей вавилонской». Магистр теологии Амальрик(ум. 1207) и его последователи, амальрикане, отвергали идею ничтожества и греховности человека, в противовес сочинению Иннокентия III «О презрении к миру», и учили о равенстве людей в божественном достоинстве, о том, что человек достигает божественной благодати в земной жизни и потому не нуждается в Церкви. Амальрикане, как и другие еретики, ожидали скорого установления царства Божьего на земле. В средневековых ересях содержались идеи, которые впоследствии будут развиты Реформацией и приведут к глубокому кризису Церкви.

Важнейшим направлением деятельности Иннокентия III была борьба с ересями. В его декрете 1199 г. ересь приравнивалась к государственной измене и оскорблению величества. Особенно жестоко он преследовал альбигойцев. Голодных бедняков возмущали несметные богатства Церкви. В поисках социальной справедливости они верили «слову Божьему» проповедников, требовавших отказа Церкви от мирских наслаждений и возврата к бедной апостольской церкви. «Госпожа Святая Бедность» стала для них идеалом равенства. К горожанам в Италии примыкали крестьяне, страдавшие от церковных повинностей. В Южной Франции богатая торгово-промышленная знать стремилась к независимости как от короля, так и от папы. Иннокентий III на это говорил, что знать «исповедует еретические бредни». Оплотом ереси катаров был город Альби в Лангедоке и другие центры левантийской торговли. Говорили, что к духовенству здесь относились хуже, чем к арабам. Верность католицизму убывала, в храмах распевались еретические гимны. Когда в 1208 г. альбигойцами был убит папский легат Петр де Кастельно, Иннокентий III объявил крестовый поход против них. Богатейший край был разорен жадными до наживы рыцарями и фанатиками-крестоносцами. В один день в городе Безье было уничтожено 7 тысяч женщин, детей, стариков. Из городов жители поголовно изгнаны, а их имущество роздано крестоносцам. Папы обложили налогом все дома еретической провинции.

Монаху Доминику были даны особые полномочия в борьбе с ересью. В 1215 г. в Тулузе он создал орден доминиканцев, поставлявший низший и средний персонал инквизиции. Через доминиканцев папство держало под контролем весь католический мир. Им принадлежит огромная роль в усилении папства в XIII–XIV вв. Папа Григорий IX (1227–1241) поручил доминиканцам создать трибуналы в их орденских провинциях.

В 1273 г. в награду за окончательное подавление ереси альбигойцев король подарил папе Григорию XВенессенское графство.

Уже св. Августин требовал применения силы против «лжеучителей» и выдвинул знаменитый лозунг «Заставь войти» (в церковь). И хотя законодательство Юстиниана и Карла Великого о еретиках не устанавливало порядка их наказания, ересь считалась угрозой обществу.

Инициаторами преследований еретиков часто становились светские власти. Так, уже в 1017 г. в Орлеане было сожжено сразу 12 человек по приказу короля Робера II. Впервые наказание еретиков узаконил Фридрих I Барбаросса. Смертная казнь за ересь известна в Арагоне в 1197 г. Законы о смертной казни для еретиков издавали Людовик VIIIво Франции, Фридрих IIв империи, папа Григорий IXв Италии.

Первым шагом к созданию инквизиции (от лат. inquisitio– розыск) было обращение папы Александра III к светским властям в 1164 г. о розыске еретиков.

Вначале появляется епископская инквизиция. Фридрих I Барбаросса и папа Луций III в 1183 г. договорились о совместной борьбе против еретиков, а в 1184 г. папа издает буллу, обязывающую епископов выявлять их в своих приходах и передавать в руки светской власти. С 1184 г. начинается история инквизиции как института. После жестокого подавления ереси альбигойцев в крестовых походах 1209–1218 гг. на Соборе в Тулузе в 1229 г. епископская инквизиция оформляется окончательно.

Папа Григорий IX (1227–1241) сделал инквизицию постоянным институтом и, подчинив Святому Престолу, превратил ее в папскую инквизицию. Буллой папы Иннокентия IV1252 г. Ad extirpanda, которая кодифицировала все предыдущие документы и создала постоянные инквизиционные трибуналы в епархиях, учреждена инквизиция. Справедливым наказанием для упорствующих еретиков была признана смертная казнь, которая, правда, должна была совершаться руками светской власти. Этой же буллой Иннокентий IV разрешил применение пыток при судопроизводстве. Создание первого папского суда произошло при Николае IVв конце XIII в.