Городские, или государственно-церковные, формы лютеранской, англиканской и реформатской церквей, а также радикальные, или свободные, церковные формы анабаптизма, казалось, уже одержали победу в Европе к северу от Альп к 1545 году. Они пустили корни в Германии, Скандинавии, Франции, Шотландии, Швейцарии и Англии. Протестантизм после 1560 года одержал победу лишь в Голландии, где Римская католическая Церковь вызвала целую религиозную бурю. Правда, протестантизм потерял Польшу и Бельгию. Это было результатом контрреформации Римской католической Церкви, во главе которой стояло высшее духовенство и папа. Контрреформация внесла внутреннее обновление, провела реформы в Церкви и стала внешней реакцией на протестантизм. Она также развязала руки силам, которые в результате начали Тридцатилетнюю войну между протестантами и католиками в Империи с 1618 по 1648 год. Политика контрреформационного католичества проводилась миссионерами в Квебеке, в Латинской Америке и Юго-Восточной Азии.

Протестантизм не победил в Италии по нескольким причинам. Отсутствие единства в Италии вело к доминированию там Испании, которая стояла во главе католичества. В Риме к тому же находился престол папства, которое препятствовало переводу Библии на родной язык итальянского народа.

1. Могущественным фактором, препятствовавшим распространению протестантизма с 1517 по 1527 год, была «Часовня божественной любви». Эта неформальная организация, состоявшая примерно из шестидесяти ведущих церковных деятелей и светской знати, была заинтересована в углублении духовной жизни путем духовных упражнений. Она также поддерживала благотворительную работу и реформы. Самыми известными ее членами были Джованни Петро Караффа (1476–1559), который в 1555 году стал Павлом IV, и Гаэтано ди Тиене (1480–1547), который вдохновлял папские преобразования. Караффа был сильно связан со средневековыми догмами Римской Церкви. Эта группа духовно направленных церковных деятелей помогала любому движению, которое провозглашало личную преданность их любимой церкви.

2. Папа Павел III сделал наиболее способных из этих искренних людей кардиналами. Он в 1536 году создал комиссию из таких людей, как Караффа, Гаспаро Контарини (1483–1542), симпатизировавший протестантскому учению об оправдании верой, комиссию, которая должна была дать ему план религиозной реформы. В 1537 году они представили отчет, где указывалось, что в «порче» Римской Церкви были виновны прежние понтифики и разложившиеся подкупленные кардиналы, которые раздавали должности и диспенсации без разбора.

3. «Часовня божественной любви» также приветствовала новый религиозный порядок, который помог бы остановить распространение протестантизма. Гаэтано ди Тиене при помощи Караффы основал в 1524 году орден театинцев. Этот орден обязывал светских священников жить под тройственным обетом бедности, целомудрия и послушания в религиозном сообществе, но разрешал служить людям так же, как это делали приходские священники. Проповеди, обучение и общественное служение этих священников возрождали авторитет Римской Церкви в Италии, и театинское движение быстро распространялось по стране. Как руководство, так и рядовые члены театинцев были аристократами.

Орден капуцинов, основанный Маттео де Баскио (1495–1552) примерно в 1525 году как реформированное крыло францисканцев, призывал крестьян своим самопожертвенным служением и народным типом проповедей. Этот орден было легко узнать по заостренному капюшону (итал. cappuccio — «капюшон») и тому, что монахи ходили босыми. Их образ жизни и часовни были намного проще и скромнее, чем у ордена театинцев. Папа признал орден капуцинов в 1528 году.

Орден урсулинок для женщин был основан Анжелой Меричи (1474–1540) в 1535 году для заботы о больных и для обучения девушек. Он был признан папой в 1544 году. В этот период было образовано большое количество орденов, и с того времени они служили Римской Церкви. Многие из них по сей день сохраняют силу. Самый важный орден, который будет описан позже, — это «Общество Иисуса». Все эти ордена, находившиеся в распоряжении папы римского, давали ему покорных и послушных людей, посвятивших себя служению Римской Церкви, пытающихся спасти души и вести общественную деятельность на благо людей того времени.

4. Тот факт, что любящие богатство, алчные, но в то же время образованные папы римские эпохи Ренессанса сменились в XVI века папами, которые усердно поддерживали преобразования, также препятствовал росту протестантизма. Павел III (1534–1549) был настолько благоприятно расположен к реформам, что его понтификат является важной ступенью контрреформации. В его понтификат был образован орден иезуитов, была начата инквизиция, был опубликован «Индекс», где перечислялись книги, которые не должны читаться католиками, в 1545 году был созван Тридентский собор. Папа также образовал комиссию из девяти человек, которая в 1537 году составила доклад о злоупотреблениях в Римской Церкви. Кардинал Караффа стал папой Павлом IV (1555–1559) и поддерживал контрреформацию. Будучи еще кардиналом, он вдохновлял Павла III на развитие римской инквизиции и на опубликование Индекса книг, пытаясь избавить церковь от ересей. Как папа римский он сделал эти два оружия еще более мощными. Ему не удалось, однако, освободить папство от политического контроля Испании, кроме того, он был виновен в непотизме.

Пию IV, наследнику Павла IV, удалось ликвидировать непотизм и установить порядок в коллегии кардиналов. Сикст V смог провести финансовую реформу. С обновленным духовным рвением после практических преобразований Церковь в Риме, очищенная в своих высших сферах, смогла провести реформы по всей Европе и попыталась вернуть многих протестантов назад к Риму. К 1590 году папство достигло значительного прогресса благодаря этим реформам.

5. Если, как предполагает Лауретт, XIX век был великим веком протестантских миссий, то можно сказать, что благодаря иезуитам XVI век был великим веком католических миссий. Испанские, португальские, а позже и французские иезуиты распространяли свою веру в Латинской Америке, Квебеке и Юго-Восточной Азии, по мере того как осваивались и заселялись эти районы. Вначале миссиями занимались правители национальных государств, но затем в 1622 году Григорием XV была образована Священная конгрегация по распространению веры. Доминиканский и францисканский ордена также участвовали в этом служении. Некоторые из монахов были даже замучены.

Китай, который принял несторианство в VII веке и католическое христианство примерно в 1300 году через Ионна из Монте-Корвино, в третий раз испытал на себе влияние христианства через иезуитов. Маттео Риччи (1552–1610), знавший математику и астрономию, подаривший часы императору и желавший одеть христианскую культуру в местные одежды и обычаи, прибыв в Пекин в 1601 году, вскоре имел примерно 6 тысяч последователей. К 1700 году иезуиты в Китае, по их свидетельству, имели уже 300 тысяч последователей. В начале XVIII века монахи были изгнаны и против них выступил император.

Франциск Ксавье, который проповедовал во многих местах Дальнего Востока, высадился в Японии в Кагошиме в 1549 году, а в 1614 году, как утверждали монахи, было обращено 300 тысяч японцев. Жестокие гонения с войнами и мучениками разрушили эти усилия в начале XVI века, когда правители Хидиоши и Иазу выступили против монахов, поскольку им казалось, будто монахи были агентами европейских государств.

Роберт де Нобили (1577–1656), который одевался в одежду индейцев высшей касты и изучал их культуру, распространяя католическую веру в Индии. Филиппинцы обратились как нация к католической вере во второй половине XVI века, и эта церковь до сих пор охватывает большинство людей на Филиппинах. Монахи дошли до Индокитая, где тоже была образована сильная католическая церковь.