Движение вальденсов, которое появилось в последней четверти XII века, было больше похоже на течения протестантов и пуритан. Примерно в 1176 году Петр Вальдо, богатый купец из Лиона, прочитал перевод Нового завета и был так поражен заповедями Христа, что отказался от всего своего богатства, за исключением необходимого, чтобы прокормить семью. Затем он организовал отряд под названием «Бедные люди». Они, будучи мирянами, хотели проповедовать, но папа римский запретил это делать. В 1184 году вальденсы были отлучены от Церкви за отказ прекратить проповедь, и, как очень часть случается, меньшинство, желавшее реформы, было вынуждено выйти из Церкви — отделиться от утратившего любовь большинства, которому недоставало качеств, присутствовавших в этой маленькой группе людей.

Вальденсы полагали, что каждый человек должен иметь Библию на своем родном языке и что Библия должна быть главным руководством в вере и в жизни. Следуя примеру Христа, они ходили по двое, одетые в простое платье, и проповедовали бедным на их родном языке. Они принимали каноническое экуменическое вероисповедание, Тайную Вечерю, крещение и светское рукоположение для проповеди и исполнения таинств. Их общество имело свое собственное духовенство с епископом, священниками и диаконами. Вальдо был главой общества вплоть до смерти в 1217 году. У общества были тайные друзья, союзники вальденсов, но им разрешалось оставаться внутри Римской Церкви. Вальденсы во многих отношениях предвосхитили идеи протестантизма эпохи Реформации. Они до сих пор существуют как группа искренних верующих численностью около 35 тысяч в Северной Италии.

Иоахим Флорский (ок. 1132–1202), монах-цистерцианец, полагал, что Бог-Отец играл главную роль в ветхозаветный период закона, описанный Петром, Бог-Сын — в новозаветный период, описанный Павлом и длившийся до 1260 года, в то время как эпоха Святого Духа после 1260 года является новым веком любви, который, как видно из книг Иоанна, придет после недолгого воцарения антихриста.

Реакция Римской Церкви на бунт против ее власти, в котором особенно выделялись катары, была самой разнообразной. Доминиканские братья прилагали все усилия, чтобы проповедями вернуть катаров к вере. Другая реакция — это крестовые походы, которые практически уничтожили албигойцев на юге Франции. Еще один вид реакции — собор в Тулузе в 1229 году. Он запретил мирянам использовать перевод Библии на родные языки, таким образом устранялась возможность выявления различий между Новозаветной и Римской католической Церковью. Еще один тип реакции — распространение инквизиции, тайного церковного суда, который использовал пытки, скрывал имена доносчиков в суде над еретиками и передавал обвиняемых государству для наказания в виде лишения имущества или сожжения на костре. Сначала инквизиция была в руках епископов, но по мере увеличения числа еретиков папство взяло это дело в свои руки: в 1233 году Григорий IX разрешил доминиканцам наказывать за ереси и таким образом избавиться от катаров.

Эти способы уничтожения ересей ожесточили духовенство и мирян, которые включились в борьбу с еретиками. Страх наказания за мнение, отличавшееся от того, которое предписывала Римская Церковь, привел к застою в науке. Гонения, однако, очень часто приводили к обратному результату, и еще больше людей признавало еретическое учение. Нежелание Римской католической Церкви провести духовную реформу, к которой стремились секты, приводило к окостенению и делало неизбежной Реформацию.

XII и XIII века отмечены движениями за внутренние и внешние преобразования. Движение цистерцианцев, символом которого стал Бернард Клервосский, и движение нищенствующих братьев были попытками очистить Римскую Церковь путем возрождения духовности изнутри. Миряне, которые пытались поставить Библию на должное место и исповедовать изложенное в ней христианство, встречали препятствия, и потому среди них зарождались течения, внешние по отношению к Римской Церкви. Хотя монахи, братья и крестоносцы более стремились к созданию организации, нежели к личности Бога, это время было периодом духовного энтузиазма, и остается только сожалеть, что Римская Церковь не использовала его должным образом.

Церковь может находиться по отношению к культуре либо в состоянии диастаза, то есть отделения от нее, либо в состоянии синтеза. Схоласты стремились к последнему состоянию. Схоластика появилась между 1050 и 1350 годами и развивалась параллельно появлению нищенствующих орденов и еретических движений. Прежде всего она обосновалась в школах при соборах и монастырях, а позже, с появлением университетов в XIII веке, вошла в программу европейских университетов. После 1050 года схоласты пришли на смену отцам Церкви в качестве главных охранителей истины, а звание «доктор» стало таким же почетным, как «отец Церкви», которое использовалось прежде.

Слова «схоластика» и «схоласты» появились через латинский язык из греческого слова schole, которое означает «место, где учатся». Схоластами называли учителей при дворе Карла Великого или при дворцовой школе, а также средневековых ученых, которые использовали философию при изучении религии. Эти ученые не пытались найти новую истину, а стремились доказать уже существовавшую путем логических построений. Схоластику можно определить как попытку рационализировать богословие, чтобы поддержать веру рассудком. Богословие должно было исследоваться с философской точки зрения, а не с библейской. Слово Божьего откровения предполагалось систематизировать с помощью аристотелевской дедуктивной логики и привести в гармоничное соответствие с заново открытой философией Аристотеля. Схоласты столкнулись со сходной проблемой, что и Церковь в XIX веке, когда новые научные открытия следовало привести в соответствие с религией. Нужно было примирить общую натуральную философию Аристотеля, выработанную логическими рассуждениями, с богословским откровением Библии, принимавшимся по вере.

Главной причиной появления схоластики было проникновение в Европу философии Аристотеля. За исключением некоторых переводов философских сочинений Аристотеля, сделанных монахами в V веке под руководством Боэция, о его мировоззрении мало знали до латинских переводов, сделанных Вильямом Моербеком (1215–1286) с древнееврейских и арабских источников, которые начали появляться в Западной Европе в XII веке. Переводы Аверроэса (1126–1198), великого арабского философа, пришли на Запад через Испанию к 1200 году. Примерно к тому же времени на Западе стали появляться переводы, сделанные Моисеем Маймонидом (1135–1204) — известным иудейским учителем и философом. Люди типа Александра Галеса (ок. 1186–1245) приветствовали эту философию и пытались соотнести ее с богословием.

Еще одна причина распространения схоластики — интерес новых нищенствующих орденов к использованию философии при изучении Божьего Откровения. Фома Аквинский, величайший схоласт, а также Альберт Великий, его учитель, были доминиканцами, а Вильям Оккам и Бонавентура были францисканцами.

Университеты, появившиеся в XII веке, дали пристанище новому научному направлению и быстро сделали основой программы изучение богословия с помощью логики и рассудка. Парижский университет во времена Абеляра стал ведущим центром схоластики.

Человек, изучающий историю Церкви, должен помнить, что схоласты пытались не столько найти истину, сколько рационально организовать уже существующие общепринятые истины, сделать так, чтобы истина независимо от способа ее получения — по вере из Откровения или с помощью логики из философии — была гармоничным целым. Средневековое сознание пыталось достичь не только политического и церковного, но и философского единства. Появление философии Аристотеля в Европе XIII века побудило выполнить эту великую задачу. Для схоластов факты или содержание учения были устоявшимися, достоверными и абсолютными. Содержанием их учения была Библия, каноны и символы веры экуменических соборов, сочинения отцов Церкви. Целью их было ответить на вопрос, является ли вера разумной.