5. Павел III, казалось, видел потребность преобразований в Римской Церкви более чем кто-либо другой, поскольку именно он утвердил орден иезуитов в 1540 году, начал римскую инквизицию в 1542 году, а в 1544 году издал буллу, которой созывался Тридентский собор. Собор открылся 13 декабря 1545 года и продолжался с длительными перерывами, когда не было совещаний, по 4 декабря 1563 года. Собору не разрешалось распространять власть своих решений на папу римского. Голосование проводилось по голосам, а не по нациям, как было на соборе в Констанце. Количество итальянцев всегда равнялось примерно семи четвертым присутствующих. Таким образом папству и итальянской иерархии было обеспечено большинство. Павел хотел рассмотреть вероучение Римской Церкви, устранить церковные злоупотребления и обдумать возможность крестового похода против неверных. Хотя окончательные декреты подписали 255 духовных служителей, на большинстве из 25 совещаний редко когда присутствовало более 75 человек.

Первые серии совещаний с 1545 по 1547 год были посвящены различным вопросам вероучения. Собор объявил, что не только Библия, но канонические Писания, апокрифы Вульгаты Иеронима, а также предания Церкви имеют окончательный авторитет для верующих. Обсуждение оправдания по вере закончилось решением, что человек оправдывается верой и последующим служением, а не только верой. На соборе было подтверждены семь таинств и были сформулированы декреты о реформе в связи с церковными злоупотреблениями.

В течение следующей серии сессий с 1551 по 1552 год был подтвержден догмат о пресуществлении и были сформулированы дальнейшие решения о реформе. С 1562 по 1563 год состоялись окончательные серии заседаний, которые были посвящены детальному обсуждению таинств, правил семейной жизни, декретов, связанных с чистилищем, и различных вопросов реформы. Власть папы над собором проявилась в том, что собор попросил папу утвердить его решения в папской булле. Следующая папская булла, изданная в 1564 году, содержала обобщение вероисповедания, сформулированного Тридентским собором. Она известна как «Тридентское исповедание веры». Все католическое духовенство и учителя должны были подписываться под нею, равно как и обращенные в веру из протестантизма. Человек, подписывающийся под ней, должен клясться в «истиной покорности папе».

Значение собора заключалось в преобразовании средневекового мистического богословия в авторитетную догму, распространившуюся на всех верующих. Собор указал, что невозможно никакое примирение с протестантизмом, поскольку протестанты не поставят авторитет преданий наравне с Писаниями. Собор, однако, способствовал повышению моральных норм среди духовенства путем реформ. Он открыл семинарии для обучения служителей, содействовал появлению Римского катехизиса 1566 года и утвердил авторитетным переводом Библии Вульгату. Он означил окончательное поражение консилиаризма (теории соборности) и триумф курии, или папского абсолютизма.

Вооруженные догматической системой, распространявшейся верными иезуитами, такими, как Петр Канизий (1521–1597) и миссионеры, а также подкрепленные инквизицией, папство смогло остановить расширение протестантизма — за исключением Голландии — после 1560 года и возвратить себе часть территорий, например Польшу, где протестантизм уже, казалось, одержал победу. Пик католической экспансии (распространения) и реформ был достигнут примерно в 1600 году.

Реформация и контрреформация на Западе не оказала значительного влияния на Византийскую Церковь. Кирилл Лукар (1572–1638), обучавшийся в Женеве и избранный патриархом константинопольским примерно в 1620 году, заинтересовался религиозным кальвинистическим движением на Западе, но это не понравилось его собственному народу и иезуитам, которые не хотели, чтобы Восточная Церковь стала протестантской. Он опубликовал свое «Исповедание веры» в 1629 году, где очень четко проявились кальвинистические склонности. Он также послал один из трех самых старых манускриптов Библии — «Кодекс Александринус» в Англию (это было в правление Карла I). Враги Кирилла убедили султана приговорить его к смерти по обвинению в том, что он якобы подбивал к восстанию казаков. Синод в Вифлееме в 1672 году отверг все аспекты учения Реформации в его «Исповедании» и даже провозгласил, что Кирилл этого исповедания не писал. Таким унизительным образом провалилась попытка сделать Греческую Церковь Протестантской.

Многие католики и лютеране были недовольны тем, что клерикальные правители Германии, ставшие протестантскими сделали свои земли также протестантскими, несмотря на Аугсбургский мирный договор, который постановил, что если правители становятся протестантами, то они отказываются от своих земель. Кальвинизм, который не был признан на переговорах в Аугсбурге, возобладал в некоторых районах Германии, таких, как Пфальц, и кальвинисты желали законного признания. Иезуиты не упускали возможности вмешиваться в политические дела, например, Баварии и Чехии, с тем, чтобы возвратить утерянные земли Римской Церкви. Император Фердинанд II и Максимиллиан Баварский были обучены иезуитами в духе ненависти к протестантизму. Лютеране в Донаворте в 1606 году забили камнями процессию монахов, хотя монахи и согласились не пропагандировать свою веру вне монастырских стен. Максимиллиан встал на сторону монахов, захватил город и ввел туда солдат. Боясь разрыва Аугсбургского соглашения, протестантские правители образовали Евангелический союз в 1608 году, а в 1609 году правители, поддерживающие папу Римского, образовали Католическую лигу. Таким образом, в Империи наметились линии борьбы между двумя соперничавшими вероисповеданиями. Отчетливо видно, что внешняя война против Испании в Голландии и Англии и внутренний конфликт в Германии, Франции, Шотландии и в Цюрихе предшествовали окончательному установлению Реформации на этих землях.

Пражская дефенестрация (от лат. de fenestro — «из окна») в 1680 году дала ту искру, в результате которой разгорелась Тридцатилетняя война. Фердинанд, который стал императором в 1619 году, стал в 1617 году наследником бездетного императора Матфея в качестве правителя Богемии. В 1618 году протестанты выбросили представителей Матфея из окон замка в Праге в грязный ров с водой. Когда Матфей умер, жители Богемии избрали Фридриха, правителя протестантского Пфальца, правителем Богемии.

Начавшаяся в результате война разбивается на 4 фазы. Богемский период продолжался с 1618 по 1623 год. В этот период проходила борьба между императором Фердинандом и Максимиллианом Баварским, с одной стороны, и Фридрихом и богемцами — с другой. В сражении при Белой Горе около Праги в 1620 году Тилли нанес временное поражение протестантизму в Германии.

В датской фазе война с 1625 по 1629 год велась за то, чтобы не дать протестантским государствам Северной Германии пережить судьбу Богемии. Христиан IV Датский пришел на помощь германским правителям, чтобы увеличить свои владения, а не только чтобы помочь протестантизму, но он потерпел поражение от императора Фердинанда II, имевшего способных генералов Тилли и Валенштейна. Император в эдикте о Реституции (возмещении) в 1629 году повелел, что все земли Римской империи, которые были заняты протестантами с 1552 года, должны быть возвращены, что протестанты должны быть изгнаны из районов, где правят католические правители, и признал только лютеран и терпимое отношение лишь к ним.

Распри между правителями католических государств Германии по вопросу о военной добыче и помощь Густава Адольфа Шведского протестантам послужили началом шведской фазы войны (1630–1635). Шведский правитель хотел сделать Балтийское море шведской водной территорией и вдобавок помочь своим друзьям протестантам. В сражении при Лютцене в 1632 году войска Священной Римской империи потерпели поражение от протестантов, а Швеция получила желаемые территории на берегах Балтики. Северная Германия была освобождена от доминирования католиков, хотя Южная Германия не была окончательно завоевана для протестантизма.