В течение года испытаний (с мая 1521-го по март 1522-го) Меланхтон не сидел сложа руки. Его краткое сочинение о богословии реформатора Виттенберга «Loci Communes» вышло в 1521 году. Эта небольшая работа на латинском языке была первым значительным богословским трактатом о Реформации и выдержала многочисленные издания еще при жизни ее автора. Она утвердила Меланхтона как богослова лютеранского движения.

Меланхтон отвергал авторитет Римской Церкви, отцов канонического закона и схоластов. Он ставил Библию выше всех их как основной авторитет для христиан. Его небольшая книга выросла из изучения Послания Павла к Римлянам. В ней Меланхтон попытался отразить «наиболее общие темы богословской науки» методическим образом, для того чтобы «обратить людей к Писаниям». Он отразил в ней человека, скованного грехом и лишенного возможности помочь себе. Закон, писал он, не может помочь из-за того, что его основная функция — открыть грех.

Бог должен начать работу спасения, которое человек получает по вере во Христа. Лютер, который признавал, что он является прямым и жестоким в тех вещах, где Меланхтон является гневным и мягким, полностью одобрил это сочинение как богословское выражение своих идей. Он охарактеризовал его как «бессмертное».

Меланхтон также положил начало германской системе обучения в школе. Он составил Аугсбургское исповедание. В течение тридцати лет мудрый ученый был другом и соратником Лютера.

Лютер тоже не сидел без дела в период своего вынужденного пребывания в Вартбургском замке с мая 1521 по март 1522 года. Используя греческий Новый завет Эразма Роттердамского, он завершил свой перевод Нового завета на немецкий язык менее чем за год. Целиком Библия, включая апокрифы, была переведена с оригинала на немецкий язык к 1534 году. Перевод не только дал немецкому народу Библию на его родном языке, но и утвердил норму немецкого языка. Лютер также написал сочинение «О монашеских обетах», где призывал монахов и монахинь отречься от ложных обетов, покинуть монастыри и вступить в брак.

Лютер был действительно национальным героем, и его высоко ценили правитель и крестьянин, гуманист и рыцарь, но его политика в последующие годы отвратила от него некоторых людей, которые с готовностью пошли за ним поначалу. Когда он находился в Вартбурге, Николай Шторх и Марк Гтубнер, которых называли пророками Цвикау, появились в Виттенберге и начали проповедовать идеи, сходные с идеями анабаптистов. Они учили, что царство Бога скоро придет на землю и что их последователям будут даны особые откровения. Они повлияли на обычно беспокойный Карлштадт. Рискуя своей жизнью, Лютер вернулся в Виттенберг в 1522 году. После восьми пламенных проповедей, в которых он указывал на авторитет Библии и необходимость постепенных изменений в Церкви, он одержал победу над пророками Цвикау. Радикальное крыло Реформации, однако, почувствовало с этого времени, что оно не может рассчитывать на помощь со стороны Лютера, и в 1535 году Лютер открыто порвал с движением анабаптистов.

К 1525 году Лютер также потерял поддержку гуманистов, таких, как Эразм. Прежде Эразм поддерживал требования Лютера о реформе, но отстранился от него, когда увидел, что взгляды Лютера приведут к разрыву с Римом. Он также не был согласен с тем взглядом Лютера, что человеческая воля связана и инициатива в спасении должна исходить от Бога. Эразм возвышал свободу человеческой воли в книге «Свобода воли», которую он опубликовал в 1524 году в ответ на отвержение Лютером свободы воли.

Крестьяне отвернулись от Лютера в 1525 году, когда он осудил крестьянское восстание. Крестьяне слышали, как он низвергал авторитет Церкви и утверждал авторитет Писаний и право человека прямо обращаться к Богу за спасением. Они применили эти доводы к своим социальным и экономическим проблемам. Феодализм обусловил большое угнетение крестьян, и в своих «Двенадцати статьях» в 1525 году они требовали ликвидации тайных злоупотреблений, которые можно было считать противоречащими авторитету Писаний. Сначала в своем «Увещевании к миру» в апреле 1525 года Лютер призвал крестьян к спокойствию, а господ ответить на жалобы крестьянства. Когда же он осознал, что это революционное общественное движение может подорвать основание законного правительства даже в протестантских провинциях, он призвал власти в самых откровенных выражениях покончить с беспорядками в своем памфлете «Против распространения разбойничьих орд крестьянства». Властей не нужно было долго призывать к жестоким мерам, и они уничтожили примерно сто тысяч крестьян. Южногерманские крестьяне остались в католической Церкви отчасти из-за этой явной измены Лютера.

Другие посчитали, что отказ Лютера от монашеской клятвы, когда он вступил в брак с бывшей монахиней Катериной фон Бора в 1525 году, был неоправданно резким разрывом с прошлым. Лютер, однако, всегда чувствовал, что он поступил правильно, и испытывал удовольствие от своей семейной жизни. Его шестеро детей и многочисленные студенты так заполняли его дом, что его жену Кати приходилось буквально заставлять всех накормить.

К сожалению, Лютер не смог ясно увидеть свой путь и объединить усилия с Цвингли, который возглавил Реформацию в северных кантонах Швейцарии. Лютер и Цвингли встретились осенью 1529 года. Встреча известна как «Марбургская беседа», состоявшаяся в Марбургском замке Филиппа Гессы. Они согласились по четырнадцати из пятнадцати положений, но не пришли к согласию о том, каким образом Христос присутствует в элементах причащения. Цвингли утверждал, что причащение совершается в память о смерти Христа, а Лютер настаивал, что Христос истинно физически представлен в причащении, хотя вещества хлеба и вина не изменяются. «Железо остается железом, но становится темно-вишневого цвета, когда его нагревают, точно так же, — утверждал он, — вещество хлеба и вина не изменяется, но помимо и сверх символического наблюдается истинное физическое присутствие Христа».

События в Германии принудили Лютера развить церковную организацию и литургию, приемлемую для его последователей. На рейхстаге в Шпеере в 1526 году последователи Лютера из правящих кругов смогли убедить рейхстаг принять решение, что, пока не соберется всеобщий собор, правитель каждого государства должен быть вправе следовать вере, которую он считает правильной. Принцип cuius regio eius religio — «чья власть — того и религия» был принят на время. Это решение и последующий быстрый рост лютеранского движения можно объяснить тем, что император Карл V старался не дать своему французскому врагу Франциску I подчинить себе Италию в течении 1520-годов, угрозой турок с востока и отсутствием на рейхстаге многих германских князей, исповедующих католичество.

Второй рейхстаг в Шпеере в 1529 году отменил решение предыдущего рейхстага и объявил, что Римская католическая вера является единственно законной. Шесть правящих последователей Лютера и представители четырнадцати свободных городов зачитали «Протест», и с того времени они стали известны как протестанты в кругах их противников. Таково происхождение слова «протестант».

В 1530 году состоялся рейхстаг в Аугсбурге. Меланхтон с согласия Лютера представил там «Аугсбургское исповедание». Оно стало официальным символом веры лютеранской церкви. Это было первое из нескольких символов веры, которые были созданы в период 1517–1648 годов, великий период развития протестантских символов веры. Ему соответствует период 325–451 годов, когда развивались экуменические символы веры в Церкви — например, Никейский. Лишь семь из двадцати девяти статей являлись отказом от религиозных злоупотреблений. Оставшиеся статьи были позитивными утверждениями лютеранской веры. Лютер составил «Немецкую мессу» и «Порядок службы» в 1526 году. Лютер также составил «Краткий катехизис» в 1529 году как полное утверждение десяти заповедей, апостольского символа веры, молитвы «Отче наш» и других составных частей богословия и литургии. Виттенбергский факультет в 1535 году начал принимать экзамены и назначать кандидатов в служители. Лютеранское движение затем быстро разрасталось в северной Германии, несмотря на вооруженную оппозицию императора и католических князей.