Мария Стюарт (1542–1587) после смерти мужа, короля Франции, в 1561 году переехала в Шотландию. Это была красивая и умная женщина, преданная католичка. Суровый и прямой, Джои Нокс имел с ней много бурных бесед, но он ни в коей мере не отказался от своих взглядов, несмотря на ее слезы и лесть. Внутренние проблемы привели к окончательному поражению Марии Стюарт. В 1565 году она вышла замуж за своего двоюродного брата, красивого, но тщеславного и завистливого Дарили, который убил ее итальянского секретаря в ее присутствии, которого, как ему показалось, Мария полюбила. От этого брака родился сын, который стал Яковом VI в Шотландии и Яковом I в Англии. После убийства секретаря Мария отошла от Дарили и вступила в связь с лордом Ботвеллом. Дарили был убит в своем доме в Эдинбурге. В 1567 году Мария вышла замуж за Ботвелла, который, как полагают, и убил Дарили. Это вызвало такую ярость в шотландском парламенте, что он принудил Марию отречься от престола. Она бежала в 1569 году в Англию, где обратилась за помощью к Елизавете. Елизавета заключила Марию в тюрьму на время, пока заговорщики, пытавшиеся возвести Марию на английский престол, угрожали Елизавете убийством. Затем Елизавета облегченно согласилась на казнь Марии в 1587 году.

Джон Нокс умер в 1572 году, когда средний класс уже твердо обосновался в политическом управлении Шотландии и пресвитерианская система управления и кальвинистское богословие стали общепринятыми. Навсегда было покончено с французской угрозой Англии через Шотландию, и были устранены религиозные преграды к политическому единству Шотландии и Англии, так что эти две территории были объединены под одним правителем в 1603 году, а в 1707 году стали одним королевством с одним парламентом. Косвенным образом шотландская Реформация повлияла на Америку, так как многие шотландские пресвитериане в начале XVII века эмигрировали в Северную Ирландию, а оттуда в первой половине XVIII века 2 тыс. человек эмигрировали в Америку. Таким образом, пресвитериане Америки являются линейными наследниками шотландского пресвитерианства.

В 1572 году были предприняты попытки создать епископское церковное управление в Шотландии. Сражение против прелатства (епископского управления) пришло на смену войне против папства. Эндрю Мельвилль (1545–1622), глава университета святого Андрея, повел войну за реставрацию пресвитерианской системы церковного управления. В 1581 году пресвитерии снова утвердились в качестве эксперимента. В 1592 году, несмотря на оппозицию короля Якова VI, пресвитерианство стало государственной религией Шотландии. Ранние Стюарты безуспешно пытались воссоздать епископскую систему между 1603 и 1640 годами, но в 1690 году пресвитерианство окончательно обосновалось в Шотландии.

Хотя англичане смогли объединиться с Уэльсом и в конечном счете с Шотландией, они не смогли привести коренных ирландцев к объединению, кроме как на короткие периоды. Но даже и тогда объединение навязывалось силой. Это было результатом ненависти завоеванной нации к завоевателю, а также результатом экономической зависимости Ирландии от Англии и неудачными попытками обратить Ирландию в протестантизм.

Когда ирландцы восстали против Англии во время Реформации, Парламент в 1557 году законодательным образом конфисковал земли побежденных восставших и даровал две трети из них английским поселенцам. Это было началом политики колонизации, обусловившей впоследствии разделение Ирландии, которое существует в настоящее время. Заговоры испанцев с ирландцами привели к восстанию 1598–1603 годов, которым омрачился конец правления Елизаветы. Когда Яков I взошел на английский престол, он решил колонизировать Северную Ирландию протестантами. Большинство протестантов были шотландскими пресвитерианами, и они в результате стали основной частью населения в северных графствах. Ольстер стал пресвитерианским графством, и Белфаст стал пресвитерианским городом. Эти шотландско-ирландские пресвитериане были предшественниками тех, которые живут сейчас в Северной Ирландии. Когда Англия сделала невыгодным их экономическое положение, лишив их к 1700 году экономических прав, примерно двести тысяч их эмигрировало в Северную Америку. К 1750 году они положили начало пресвитерианству в Америке, особенно вокруг Питтсбурга. Эта колонизация Ирландии шотландскими пресвитерианами была также одной из причин, по которым северная часть Ирландии сегодня объединена в союз с Англией и Шотландией под одной короной, в то время как южная часть является свободной республикой. Южная Ирландия не признала Реформации и оставалась подчиненной папе римскому.

Восстание семи северных провинций Нидерландов, а позже Голландии против папы римского нельзя отделять от политического восстания Нидерландов против испанского владычества. В этой борьбе Англия оказала помощь во время правления Елизаветы для того, чтобы устрашить Филиппа II, который поддерживал Римскую Церковь и предъявлял претензии на английский трон через свою умершую жену Марию Тюдор, бывшую королеву Англии. Голландцы окончательно завоевали свою свободу и признали Реформацию.

Лютеранству не удалось найти в голландцах союзников, хотя оно способствовало религиозному восстанию в Голландии. Однако то, что Лютер настаивал на главенстве короля, выступая против крестьянского восстания, не понравилось голландцам, которые собирались начать восстание против своего испанского правителя. Более демократичный кальвинизм был им ближе как способ избежать коррупции римской системы.

Следует также помнить, что это была страна Эразма Роттердамского и «Братства общинной жизни». Первый голландский Новый завет был опубликован в 1523 году, и голландцы могли сравнивать Римскую Церковь в своей стране с новозаветной церковью.

Все эти силы составили коалицию в политическо-церковном восстании против доминирования испанского короля и папы римского. Голландия была единственной землей, обратившейся к протестантизму после начала Реформации в католичестве.

К 1525 году те, кто принял Реформацию, следовали за Лютером. Анабаптисты имели большое количество последователей с 1525 примерно до 1540 года. С 1540 года Реформация в Голландии шла в русле кальвинизма. К 1560 году большинство протестантов было кальвинистами, а меньшинство анабаптистами, во главе которых стоял Менно Симонс, и небольшое меньшинство следовало за Лютером. Ни пассивное повиновение лютеранства, ни революционный дух анабаптистов не устраивали независимых голландских бюргеров, тогда как кальвинизм привлекал их тем, что настаивал на свободе от тирании. Протестантство распространялось, несмотря на инквизицию, начавшуюся к 1524 году и пытавшуюся искоренить его в этих ценных для испанцев владениях.

Когда Филипп II, искренний и благочестивый католик, взошел на испанский престол вслед за своим отцом Карлом V, отказавшимся от престола в 1555 году, он решил вернуть испанские Нидерланды папе римскому. Метания от терпимости к дикарской жестокости вызвали в Нидерландах восстание против Филиппа. Дворянство Нидерландов образовало «Компромисс Бреды» в 1565 году и представило петицию, просившую приостановить инквизицию и отменить законы против еретиков. Выступив во Фландрии в 1565 году и в Голландии в 1566 году, протестанты разрушили 400 католических церквей и надругались над гостиями (облатками), используемыми в мессе. Это святотатство заставило Филиппа принять крайние меры. Он использовал для этого герцога Альбу, которого сделал регентом Нидерландов в 1569 году. Альба образовал особый трибунал и при поддержке 10 тысяч испанских солдат начал правление террора. Между 1567 и 1573 годами он казнил примерно 2 тысячи человек. К концу века 40 тысяч человек переселились в другие страны. Жестокие налоги испанцев угрожали привести к обнищанию Нидерландов.

Во главе оппозиции испанской политике стал Вильгельм Оранский, известный как Тихий. Флаг восстания был поднят в 1568 году, но армия Вильгельма не могла совладать с обученными солдатами Альбы. Ему пришлось отойти в Германию. Из-за того, что война на суше была безнадежной, голландцы стали «нищими морей». К 1569 году они вышли в море и охотились за испанскими торговыми судами. После долгих осад Альба взял восставшие города и учинил там полное уничтожение людей. Нападение испанцев на один город было остановлено путем разрушения дамбы и затопления полей морской водой. В 1576 году Антверпен был разграблен, и 7 тысяч человек было убито испанскими солдатами, которыми руководили последователи Альбы. Это деяние, известное как «испанская жестокость», возбудило такой националистический дух, что Голландия и Зеландия, которые были явно кальвинистическими, объединились с другими провинциями в Гентский союз в 1576 году, чтобы изгнать испанцев.