Третья сепаратистская группа конгрегационалистов появилась в Гейнсборо и в Скруби в 1606 году. Группу в Скруби возглавлял Джон Робинсон (ок. 1575–1625), под предводительством которого группа в конечном итоге обосновалась в Лейдене в Голландии в 1608 году. Вильям Брэдфорд (1590–1657), ставший известным позже по Плимуту, был членом этой группы. Именно члены этой группы в конечном счете эмигрировали в Америку в 1620 году на корабле «Мэйфлауэр». Интересно отметить, что эмигранты применили идеи завета к политической жизни, когда заключили «Мэйфлауэрское соглашение», прежде чем высадиться в Плимуте. Вследствие гонений группа из Гейнсборо также эмигрировала в Амстердам в 1606 или 1607 году, возглавляемая Джоном Смитом (ок. 1550–1612). Там они попали под влияние меннонитов. В 1608 или 1609 году Смит сам себя крестил, а также крестил Томаса Гельвиса (ок. 1550– ок. 1616) и других членов этого ответвления. Крещение было совершено обливанием. Часть его конгрегации стала меннонитами после долгих переговоров об условиях перехода.

Томас Гельвис, Джон Мортон и их последователи вернулись в Англию примерно в 1612 году и организовали первую английскую Баптистскую Церковь. Эта группа практиковала крещение обливанием и склонялась к вероучению арминианства, с которым она познакомилась во время арминианского диспута в Голландии. Они были известны как «общие баптисты», поскольку проповедовали, что Бог спасает все уверовавших, а не «избранных». Таким образом из группы сепаратистских конгрегационалистов выделилась первая английская Баптистская Церковь.

Более сильная группа кальвинистских, или «частных», баптистов возникла вследствие раскола с конгрегацией Генри Джекоба в Лондоне в 1633 и 1638 годах. Они крестили верующих погружением и придерживались богословия Кальвина, поскольку делали упор на частное, избирательное примирение с Богом. Именно эта конгрегация, вначале возглавляемая Джоном Спилсбери, с 1638 года оказывала главное влияние на развитие баптизма в Англии. В этой группе находились и предшественники американского баптизма. Хотя Рожер Вильямс не был баптистом, когда он отправился в Америку, он впитал принципы баптизма и использовал их, лишь только среди конгрегационалистов появилась оппозиция его проповедям. Пожары в Смитфилде, испанская Армада, книга Фокса «О мучениках» и заговор Гая Фукса сделали англичан противниками католичества.

Религиозные силы, развившиеся вследствие высылок при Марии Тюдор людей, которые познакомились с кальвинизмом в Европе, а также силы, созданные женевской Библией 1560 и недовольные условиями жизни в Англии, бежали в Америку. Примерно 20 тысяч человек уехало из Англии в Америку с 1628 по 1640 год.

Карл назначил Вильяма Лауда (1573–1645), человека неказистой наружности и с узким мировоззрением, архиепископом Кентерберийским, что породило целый ряд обстоятельств, которые в свое время привели к его падению. Лауд благоприятствовал единообразию в политике и богословию арминианства, что не нравилось кальвинистским пуританам, и назначал арминиан на главные церковные должности.

Попытка Лауда распространить новую «Книгу общих молитв» на церковь в Шотландии в 1637 году стала инцидентом, вследствие которого началась борьба между пуританами и их правителем. Шотландцы выступили против попытки изменить их литургию, политику и веру, предпринятой с целью религиозного разнообразия на этих двух территориях. Это был период, когда Дженни Гедд швырнула стул, на котором сидела, в голову служителя за то, что он «сказал ей причастие на ухо» в исторической Церкви Гильберта в Эдинбурге. В 1638 году шотланды подписали национальный договор в защиту пресвитерианства и заполнили Англию. Карл сделал попытку остановить нашествие, но в конечном счете откупился от него. Шотландцы прошли по Англии вторично и продолжали оставаться угрозой вере. Чтобы получить деньги, Карл в 1640 году созвал парламент, который стал известен как «Долгий парламент» из-за того, что не сменялся до 1660 года.

«Долгий парламент», прежде чем оказать какую-либо материальную помощь, заключил в тюрьму или казнил советников Карла, запретил все незаконные суды, взял контроль над финансами в государстве, но он не смог достичь соглашения по вопросу религии. Модераты (умеренные), которые хотели сохранить епископство, стали называться роялистами, или «кавалерами», а пуританское сельское новое дворянство и купечество, которые стремились к пресвитерианскому и конгрегационалистскому управлению в Церкви и вероучению, стали известны как пуритане, или «круглоголовые». В 1642 году роялисты вышли из парламента после того, как Карл безуспешно попытался арестовать пять членов палаты общин за участие в заговоре, и началась гражданская война, продолжавшаяся до 1646 года. Успеха в конфликте добились пуритане из «Долгого парламента» благодаря неожиданно проявившимся умениям Оливера Кромвеля (1599–1658). Хорошо обученная и дисциплинированная кавалерия пуритан, «железнобокие», стала моделью, по которой была организована армия нового образца. К 1646 году король был взят парламентом в плен и после бегства и недолгой второй гражданской войны 1648 года в 1649 году был казнен.

Парламент тем временем в 1643 году упразднил епископство и созвал Вестминстерскую ассамблею, состоявшую из 151 английского пуританина. Чтобы заручиться поддержкой шотландцев в войне, парламент принял «Торжественную лигу и завет» 1638 года и добавил восемь мест для шотландских пресвитериан в качестве советников по политике и символу веры национальной Церкви. Группа провела 1163 дневных заседания с 1643 по 1649 год. В течение этого времени была сделана большая работа, хотя она и не была закончена до 1652 года. «Руководство по поклонению», составленное в духе пресвитерианства, было завершено в 1644 году и принято шотландским и английским парламентами в 1645 году. «Форма управления», в которой защищалось пресвитерианское управление национальной Церковью, была завершена к 1645 году и принята парламентом в 1648 году. Кальвинистическое вестминстерское «Исповедание веры» — самое важное дело ассамблеи — было завершено к 1646 году и принято шотландцами в 1647 году, а англичанами в 1648 году. Таким образом, государственная Церковь Англии к 1648 году стала кальвинистической Пресвитерианской Церковью. Большой и малый катехизисы также были завершены к 1647 году. На этом была завершена деятельность Вестминстерской ассамблеи. Конституции основных американских пресвитерианских церквей включают в себя все вышеуказанные документы.

Пресвитериане в парламенте не уделяли должного внимания армии, которая стала конгрегационалисткой по настроению. Устав от бесконечных отказов пресвитериан заплатить армии задолженность и от их нежелания иметь какую-либо церковь, кроме пресвитерианской государственной, Кромвель, будучи индепендентом (или конгренационалистом), приказал полковнику Прайду в 1648 году «очистить парламент». Пресвитериане были изгнаны, и там осталось «охвостье» Долгого парламента, состоявшее из конгрегационалистов. Кромвель после казни Карла в 1649 году создал республику, во главе которой стал он сам. Он распустил «охвостье» Долгого парламента в 1653 году, установил протекторат и до 1658 года правил как диктатор с помощью армии. Он был терпим в вопросах религии. В 1656 году он разрешил иудеям, которые были изгнаны в 1290 году, вернуться назад.

После смерти Кромвеля «Долгий парламент» в 1660 году проголосовал за прекращение своего существования. Англичане, уставшие от «чистоты» жизни пуритан, призвали Карла II стать их правителем и снова признали епископат. Строгий свод законов, известный как Кларедонский кодекс, предоставил должности государственной церкви и в государстве англиканцам и запретил собрания пуритан. Примерно две тысячи представителей кальвинистского духовенства было изгнано из их церквей, и пуританизм стал частью течения нонконформистов в Англии. Его самыми выдающимися представителями были Джон Мильтон (1608–1647), этическая поэма которого «Потерянный рай» является богословским трактатом в стихотворной форме и трактат которого «Ареопагика» защищал свободу мысли, а также Джон Буньян (1628–1688), который своей аллегорией на развитие христианской жизни «Путешествие Пилигрима», сочиненной в 1678 году, оказал помощь многим людям того времени. Терпимость по отношению к нонконформистам появилась лишь после того, как Яков II был изгнан из Англии во время «Великолепной революции». Англия и Голландия, таким образом, получили государственную Церковь, которая терпимо относилась к другим Церквам.