Поскольку Эдварду VI было лишь девять лет, когда он вступил на трон, брат его матери герцог Самерсет был назначен регентом. Затем через два с половиной года его сменил герцог Нортумберлендский. Самерсет питал симпатии к протестантам и помогал молодому королю проводить изменения, которые сделали бы Реформацию в Англии религиозной и богословской. В 1547 году парламент даровал мирянам чашу во время причащения, отменил законы о заговоре и ересях и «Шесть статей», легализовал вступление в брак священников в 1549 году и в 1547 году приказал упразднить индивидуальные часовни, где совершалась месса для людей, за счет которых эти часовни существовали.

Позитивные преобразования осуществлял и Самерсет. Церковные службы должны были вестись на родном языке, а не на латыни. «Акт о Единообразии» в 1549 году учредил использование «Книги общих молитв», и это было заслугой Кранмера. Книга делала упор на использовании английского языка во время службы, на чтении Библии и не участии конгрегации в поклонении. Второе и более протестантское издание, вышедшее в 1552 году, отражало кальвинистское влияние Бусера. Церквам было приказано использовать ее по второму «Акту о Единообразии». Эта книга молитв с небольшими модификациями, принятыми в правление Елизаветы, используется в англиканской церкви с того времени. Кранмер также участвовал в создании символа веры, используя советы различных богословов, таких, как Джон Нокс. Получившиеся в результате «Сорок две статьи» стали в 1553 году с королевского согласия символом веры Англиканской Церкви. Статьи были кальвинистическими по направленности, особенно в отношении к предопределению и во взглядах на причастие. После утверждения этого акта Эдвард VI умер.

Мария, правившая с 1553 по 1558 год, была дочерью Генриха VIII от Катерины Арагонской. Ее правление совпало с развитием контрреформации в Римской Церкви на континенте и может рассматриваться как английская параллель этому движению. Под влиянием кардинала Реджинальда Мария, убежденная католичка, вынудила парламент восстановить религиозную практику в Англии, которая существовала там до смерти ее отца в 1547 году, и отменить изменения, сделанные при Эдварде. Парламент согласился с необходимыми мерами, но не захотел вернуть земли, которые были взяты у Римской Церкви в правление Генриха VIII. Мария вышла замуж за Филиппа II Испанского в 1554 году, но этот брак не получил поддержки у английского народа, и Филипп не отвечал взаимностью на любовь Марии.

Примерно 800 служителей английского духовенства отказались признать эти изменения и оставили свои приходы. Они были вынуждены бежать в Женеву и во Франкфурт, если не хотели пасть от гонений, которые начала Мария. Приблизительно 300 человек, в основном из торговых районов юго-восточной Англии, были замучены за свою веру. Главными и наиболее известными среди них были Лейтимер и Кранмер. Лейтимер пытался ободрить Ридли перед казнью словами о том, что костер зажжет свечу в Англии, которая по благодати Божией никогда не будет потушена. Кранмер поначалу отрекся от своих взглядов, но позже изменил свое мнение: когда его сжигали, он сделал рукой жест, который означал отказ от отречения; с этим жестом он и был сожжен. Ничто так не усилило протестантизм, как смерть этих храбрых мучеников. Их искренняя убежденность и отвага убеждали англичан в истинности их взглядов. Сочинение Фокса «Книга мучеников» (1563) описывало эти гонения во всех кровавых деталях и будило симпатии к протестантизму. Величайшими ошибками Марии были испанское замужество, реставрация власти папы римского и это гонение. Англичане никогда не склонялись к крайностям, и они выражали протест против крайностей Марии, точно так же как некоторые из них возражали против крайних протестантских реформ Эдварда VI. С приходом к престолу Елизаветы уже наметился путь к компромиссу.

Взойдя на престол в возрасте 25 лет, Елизавета столкнулась со многими проблемами. Мария Стюарт предъявила свои законные претензии на престол. Испания была готова начать вторжение, поддерживая претензии Филиппа на английский престол как мужа прежней королевы Марии Тюдор, а Англию раздирали противоречия между протестантизмом и католичеством. Елизавета вряд ли могла отречься от протестантизма, потому что римское духовенство не признало бы законность брака ее родителей, но она не хотела рисковать и идти на открытый конфликт с силами, поддерживавшими папу римского. По этой причине она благоприятствовала курсу, который был приемлем большинству народа Англии, — умеренное разрешение религиозных проблем и отсутствие крайних отклонений в любую сторону.

При Елизавете в 1559 году парламент принял «Акт о Превосходстве», по которому королева делалась «единственным верховным правителем» в духовных и церковных, а не только в светских делах. Этот титул был менее оскорбительным, чем титул «верховного главы Церкви», на котором настаивал Генрих VIII: хотя первый титул давал королеве административную власть, он предполагал, что дела веры и моральных нравов должны разрешаться самой Английской Церковью.

«Акт о Единообразии» 1552 года разрешал использовать «Книгу молитв», внеся в нее лишь небольшие модификации. Непосещение церкви должно было наказываться штрафом в 1 шиллинг. Были пересмотрены «Сорок две статьи» и в них опущены статьи об осуждении антиномии, анабаптистов и милленариев. Также были пересмотрены другие статьи. Оставшиеся в результате «Тридцать девять статей» были утверждены парламентом в 1563 году как символ веры Англиканской Церкви. От всех пасторов требовалось подписаться под этим символом веры, который, с небольшими модификациями 1571 года, является символом веры Англиканской Церкви с того времени.

Эти шаги, хотя и несколько умеренные, вызвали глубокую враждебность папы римского. К 1570 году папа Пий V издал буллу, отлучившую Елизавету и освободившую ее подчиненных от необходимости подчиняться ей. Елизавета отомстила за это казнью 125 иезуитов, которые хотели вернуть Англию папству (в 1568 году Вильямом Алленом была образована семинария в Дуаи, во Фландрии, где люди могли получать у иезуитов образование, с тем чтобы потом тайно служить папе римскому в Англии). Тогда папа заручился поддержкой испанского короля Филиппа, желая вернуть Англию Римской Церкви. Филиппу было лишь приятно вступить в такой союз, поскольку он был послушным сыном Римской Церкви и знал, что Елизавета тайно помогает голландским подданным в восстаниях против него. В 1588 году он собрал большой флот, известный под названием испанская Армада, и отплыл в Англию. Его флот потерпел позорное поражение от английского флота, состоявшего из более мелких и более маневренных судов, которыми командовали хорошо обученные моряки. Эта победа утвердила Англию как чемпиона протестантизма в Европе и лишила папу последней надежды на возвращение Англии Римской Церкви.

Реформация принесла английскому народу Библию на родном языке. Англия встала во главе протестантизма в Европе и помогала голландским и французским кальвинистам в борьбе против их католических правителей. Была образована государственная Церковь. Углубилась враждебность ирландцев к Англии из-за того, что Ирландия оставалась в подчинении папства. Ирландское восстание в конце правления Елизаветы до предела истощило ее финансы. Распродажа и раздаривание среднему классу земель, взятых у Римской Церкви, привели к появлению нового тюдорианского дворянства. Аббаты, потерявшие свои монастыри, больше не участвовали в деятельности палаты лордов. Потребность в работниках, которые заботились бы о благополучии церковных дел, привела к расширению участия государства в этой области. Действия Елизаветы повернули Англию на путь величия будущей империи, но впереди было много сложностей. Поражение Испании и папы римского дало возможность английской короне уделить больше внимания проблеме пуританизма. С 1567 по 1660 год пуритане были главной силой в английских внутренних делах. Они пытались преобразовать, а не уничтожить Англиканскую Церковь.